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Nature | 瑞典隆德食品科学组织：燕麦基因组为健康谷物提供新见解 The mosaic oat genome gives insights into a uniquely healthy cereal crop 栽培燕麦 (Avena sativa L.) 是一种异源六倍体 (AACCDD, 阅读全文
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简介 R包SpATS （Spatial Analysis of field Trials with Splines） 通过使用P-splines方法，校正植物育种田间试验中的空间异质性，如不同田间地块的管理措施（施肥打药等）或其他各种不稳定的空间趋势带来的影响。 以使用二维（2-D）平滑表面模拟随机 阅读全文
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最近调研，总结了一些公司推出的基因组计算加速产品和方案。简单罗列下几个平台，主要针对GATK流程加速。 腾讯云：双螺旋 2017年发布，一体化的数据管理PaaS平台，可进行传、存、算、管等工作。 加速原理：FPGA极光异构系统。 30x WGS运行时间：2.8h。 http://www.baiema 阅读全文
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Nature Genetics | 福建农林大学等：揭示植物基因枪介导的转基因过程及番木瓜的驯化历史 SunUp and Sunset genomes revealed impact of particle bombardment mediated transformation and domest 阅读全文
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WDL可以使用本地、集群、云端三种模式来跑流程，本地运行是不需要服务器后台配置文件，而另外两种需要配置文件。 本地运行 下载cromwell和womtool到本地服务器，地址：https://github.com/broadinstitute/cromwell/releases 不建议下载最新版本， 阅读全文
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这个报告来自扬州大学徐辰武老师，比较系统地总结了他们在GS应用于作物（主要是水稻）方面的研究，值得一看。 动物育种一般只考虑加性效应，而在植物育种中，除了加性效应，往往还需考虑显性和上位性效应，尤其是对杂交种预测。 MV-ADV：其他性状对目标性状有影响，作为协变量处理。 以上是测试群体有表型的情况 阅读全文
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功能 使用BWA + GATK进行变异检测的最佳实践流程，且优化为按染色体切分，并行进行变异检测和BQSR步骤，加快分析进度。 流程图 input.json { "wgs.apply_bqsr.cpu": 32, "wgs.apply_bqsr.disks": "local-disk 250 clo 阅读全文
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功能 输入（Pair End）测序序列文件，利用fastp进行QC和质量过滤（包括质量QC统计，Adapter去除，序列trimming，过滤等），生成Clean Reads文件，以及html的报告。 input.json { "fastp.pair_end.adapter_sequence": " 阅读全文
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WDL开发工具IDE介绍 vim-wdl插件：https://github.com/broadinstitute/vim-wdl Vscode插件：推荐 语法校验：WOMtool https://cromwell.readthedocs.io/en/stable/WOMtool/ 脚本实践 应用示例 阅读全文
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变量 WDL的变量不同于一般语言变量，应该叫“占位符”——一旦赋值之后，不能在后续运行中变化 “先声明，再使用”，变量类型有严格规定，主要体现在String和File 变量可出现在workflow和task，也可以在runtime属性中，使用变量，提高流程灵活性 基础数据类型 File File是指 阅读全文