生物信息与育种

摘要： [toc] ## 需求描述 vcf是标准的基因型格式文件，其中包含的信息可多可少。主要在于INFO可无限扩展特征，以及每个样本的FORMAT信息，会大大增加vcf文件的大小。一般来说，GATK等软件得到的基因型都会有这些信息，初始变异我们最好保留它们，因为这是过滤位点/样本的依据。但是当我们确定了最 阅读全文

摘要： [toc] >来自徐云碧老师的《大数据与智能育种》报告的问答记录 ## 问题 1、大数据育种在国内外的发展现状？ 2、国内大数据育种的主要玩家及其优劣势？ 3、大数据育种企业的发展路径？ 4、大数据育种的盈利模式？ 5、未来行业政策的评估与预测？ ## 徐老师回复 这些问题覆盖面广，不是简单几句就能 阅读全文

摘要： [toc] >搜集一些主要农作物的已定位、克隆的重要功能基因，以供应用开发。 参考一些文章，不必自己一一去找，当然这只是极少的一部分。 # 农作物分子标记开发和利用研究进展 DNA分子标记是实现作物精准育种、提高育种效率的关键技术, 先后经历了以分子杂交、PCR扩增及可视化检测、高通量测序及序列解码 阅读全文

摘要： [toc] > 徐扬老师综述得很到位，读完此文基本能对目前植物GS有个大概的了解。 ![Schematic-drawing-of-a-generalised-genomic-selection-strategy-showing-the-training.png](https://upload-ima 阅读全文

摘要： 这个问题网上已经有一堆回答了，如： [解决Jupyter-notebook不自动跳转浏览器的详细方法](https://zhuanlan.zhihu.com/p/435414400) [Python基础090：解决jupyter notebook无法自动跳转chrome浏览器的问题](https:/ 阅读全文

摘要： [【育种+俱乐部】2023第4期 西北农林安小鹏：奶山羊基因组育种液相芯片的研制及新品种培育](https://wx.vzan.com/live/page/1055811882?shauid=R7LDSUF2AcVCp0ZJZgKSRg**&vprid=0&sharetstamp=168612107 阅读全文

摘要： ## 环境依赖 ``` sudo yum update -y && \ yum groupinstall -y 'Development Tools' && \ yum install -y \ openssl-devel \ libuuid-devel \ libseccomp-devel \ w 阅读全文

摘要： 本地上传测序文件到Linux系统，做md5时发现有少数文件失败。 $ cat md5.check 84305_FDSW190448400-1a_1.fq.gz: OK 84305_FDSW190448400-1a_2.fq.gz: FAILED md5sum: WARNING: 1 computed 阅读全文

摘要： 最近在想，水稻起码已经测序了上万份材料，为什么还没有开发出一个像样的imputation panel？ 网上一查，实际上很多人有想过，有做过，也发表过高水平文章。 比如3K数据一发表，康奈尔大学的Susan McCouch就在NC上发表了panel及其imputation pipeline。 An 阅读全文

摘要： 登录 客户数据分享： 连接登录： sftp -o port=xxxx username@remote_ip 上传 上传文件 把本地服务器的/www/wwwroot目录下面的study.log文件上传到远程服务器的/www/server目录下。 sftp> lcd /www/wwwroot sftp> 阅读全文