摘要：
本文内容整理自科迪华农业科学公司（Corteva Agriscience）的数量遗传学家Alencar Xavier博士几年前做的报告。Alencar Xavier在统计遗传学方面的工作是基因组辅助育种，重点是数据驱动的植物育种的理论和计算方面，例如使用各种信息来源进行建模、预测和选择。其研究涉及使 阅读全文
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目录问题解决 问题 Python通过pip安装PyVCF成功，但运行脚本时出现问题： File "/home/theo/anaconda3/lib/python3.9/site-packages/vcftoolz/vcftoolz.py", line 19, in <module> import v 阅读全文
摘要：
看到很多基因组选择教程，包括文献资料、R包文档和demo，都是很学术化的：划分训练集和测试集后，一股脑儿建模预测跑下来，比较下准确性。 但在实际应用中，建模和预测并非连在一起，通常是分开进行的。用参考群构建好了模型，用测试群来代入模型做预测。不理解这个过程，你都不知道模型到底是个啥，长什么样，有哪些 阅读全文
摘要：
来自Paulino Pérez-Rodríguez和José Crossa两位GS领域大佬的报告。 从GBLUP到RRBLUP，再到BRR理论 使用经典数据集CIMMYT wheat 599 BGLR示例 更多信息请关注微信公众号： 阅读全文
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目录关于GLNexus由于重叠变异产生的half-callsGATK joint calling对于half-calls的处理建议处理 关于GLNexus GLnexus是由DNAnexus开发，用于可扩展的gVCF合并和联合变异（joint calling）要求群体测序项目，GL即genotype 阅读全文
摘要：
目录BSA的发展BSA分析框架BSA流程及影响因素BSA的群体BSA的算法BSA的软件BSA遗传群体、算法和软件的对应关系 BSA作为基因组学中基因挖掘的三板斧之一，最大优点是高效、经济、简便。通过选择双亲群体分离后代中具有极端表型的个体进行混样，然后比较不同极端混样池之间的多态性并结合表型进行目标 阅读全文
摘要：
目录结构变异SV基于单个参考基因组鉴定SV通过构建泛基因组来鉴定SV转座元件与作物改良的相关性利用pan-genome进行QTL定位和GWAS利用pan-genome进行基因组预测泛基因组应用育种的挑战与机遇多倍体基因组的复杂性研究不足的作物基因组资源快速驯化新物种 结构变异SV 基于单个参考基因组 阅读全文
摘要：
[toc] ## 机器学习与GP 与动物育种相比，植物的基因组选择必须通过环境相互作用来考虑更大的基因型，并且需要添加适当的多环境试验数据。 机器学习 （ML） 和深度学习 （DL） 算法比线性预测模型更复杂，可以发现数据集中的非线性关系。与以前的方法相比，随机森林、支持向量机和人工神经网络由于其非 阅读全文
摘要：
在基因组选择领域，"准确性"（Accuracy）和"预测能力"（Prediction Ability）是两个常用的评价指标，用于衡量基因组选择模型的性能。 在学术研究中，两者都有用到，但没有明显区分，容易出现混用情况。 以下是一篇文章中的定义： https://bmcgenomics.biomedc 阅读全文
摘要：
[人工智能推动作物育种新绿色革命](http://genetics.cas.cn/dtxw/zhxw/202306/t20230621_6785491.html#:~:text=2023%E5%B9%B46%E6%9C%8813%E6%97%A5%EF%BC%8C%E4%BD%9C%E7%89%A9 阅读全文