生物信息与育种

2023年12月10日

摘要：目录标题: Big Data and AI Revolution in Precision Agriculture: Survey and Challenges 单位：台湾清华大学关键词：精准农业，大数据分析，机器学习，可持续农业，智能农业，数字农业本文通过分析2000-2020年间的主要相关阅读全文

posted @ 2023-12-10 16:53 生物信息与育种阅读(41) 评论(0) 推荐(0) 编辑

国家生物信息中心和表型组学研究中心公开植物图像及相关性状开放归档库OPIA

摘要：目录植物图像承载着丰富的信息，反映了植物的颜色、形态、生长和健康状态等关键特征。高通量植物表型采集技术广泛用于植物表型组学研究，产生了大量基于图像的性状数据，对种质筛选、植物病虫害鉴定和农艺性状挖掘等方面具有重要价值。为了提供有效的数据管理和支持智慧农业，中科院遗传与发育所作物表型组学研究中心与阅读全文

posted @ 2023-12-10 16:53 生物信息与育种阅读(36) 评论(0) 推荐(0) 编辑

国际水稻所为你提供了一套免费开源的表型育种数据分析流程

摘要：背景每年国际水稻所（IRRI）的雨养稻育种（Rainfed Rice Breeding,RRB；所谓雨养就是无人工灌溉，仅靠自然降水作为水分来源）计划都会与区域合作伙伴共享耐旱、耐盐、耐热和耐淹的育种种质进行表型评估，从不同地点的几项试验中获得原始表型数据。例如，RRB在2019年从NARES合作阅读全文

posted @ 2023-12-10 16:51 生物信息与育种阅读(65) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2023年11月11日

T2T组装时代的多基因组比对MGA

摘要：多基因组比对（multiple genome alignment, MGA）首先要定义多序列比对（multiple sequence alignment, MSA）。MSA 是将同源关系分配给 3 个或更多序列的方法（对于 2 个序列，使用“成对”而非“多个”），其中一组核苷酸是同源的，如果它们阅读全文

posted @ 2023-11-11 16:38 生物信息与育种阅读(91) 评论(0) 推荐(0) 编辑

哪个才是首个（中国）大豆的T2T基因组版本？

摘要：目录主要结果主要方法数据策略工具问题来了 2023年9月29日，哈尔滨工业大学王亚东团队联合中国农科院韩天富团队在bioRxiv发表了题为“A telomere-to-telomere genome assembly of Zhonghuang 13, a widely-grown soybean 阅读全文

posted @ 2023-11-11 16:37 生物信息与育种阅读(189) 评论(0) 推荐(0) 编辑

再试GPT4 文生图DALL-E3

摘要： 11月6日，OpenAI在旧金山举办首届开发者大会，发布了更强大、更便宜（根本不！）的GPT-4Turbo，做出六大升级：更长的上下文长度、更强的控制、知识升级、多模态、模型微调定制和更高的速率限制。每个功能又强化了，于是我再次试了下文生图工具DALL·E，看看它的绘图功能到底如何了。试试领域相阅读全文

posted @ 2023-11-11 16:36 生物信息与育种阅读(78) 评论(0) 推荐(0) 编辑

Nature Plants | 从卫星监测的全大陆田间试验数据中获得主要作物性状的可解释机器学习模型

摘要：目录背景信息论文背景:过去方案:论文的Motivation:实验方法主要结果代码获取澳大利亚国立大学生物研究院研究团队使用机器学习模型分析了大规模农田试验数据和卫星数据，成功预测了重要农作物特征，并揭示了作物行为的驱动因素和复杂相互作用。背景信息论文背景: 预计到2050年，全球人口将增加20 阅读全文

posted @ 2023-11-11 16:36 生物信息与育种阅读(21) 评论(0) 推荐(0) 编辑

R语言模型部署方法总结

摘要：目录模型部署概述R语言模型云端/服务器部署httpuvjugopencpufieryplumberRserveRestRserve结语模型部署概述数据科学项目的生命周期通常以迭代方式执行以下主要阶段：业务理解（Business understanding）数据采集和理解（Data acqui 阅读全文

posted @ 2023-11-11 16:35 生物信息与育种阅读(60) 评论(0) 推荐(0) 编辑

康奈尔大学生物信息中心主任关于基因组组装报告

摘要： Dr. Qi Sun是康奈尔大学高级研究员和生物信息学中心主任，长期以来从事生物信息学工作，在大数据的管理与分析上，特别是Genotype-By-Sequence (GBS)，RNA-seq，ChIP-seq，small RNA，基因调控网络等方面积累了丰富的经验。在Science，Cell，Nat 阅读全文

posted @ 2023-11-11 16:34 生物信息与育种阅读(21) 评论(0) 推荐(0) 编辑

如何快速纠正VCF文件中REF和ALT的位置错误？

摘要：目录需求描述尝试解决正确解决需求描述一个很简单的需求：一批水稻材料的芯片数据（位点少），想看看它们在3K Rice中处于何种亚群和位置。就需要将芯片位点与3K RG位点整合后进行分析。已知3K Rice位点可从SNP-Seek中下载：https://snp-seek.irri.org/_dow 阅读全文

posted @ 2023-11-11 16:34 生物信息与育种阅读(231) 评论(0) 推荐(0) 编辑

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