生物信息与育种

2024年6月15日

摘要：推荐一个高效做PCA分析的工具，从VCF文件到直接出图的一键式分析，对于小白非常友好。小明哥刚开发时小编就在用了，那时还叫MingPCACluster，今年五月终于发表见刊，恭喜。 VCF2PCACluster 是基于群体SNP数据VCF格式开发的PCA分析和聚类软件，同时兼并了Genotype 等阅读全文

posted @ 2024-06-15 22:09 生物信息与育种阅读(42) 评论(0) 推荐(0) 编辑

育种 API (BrAPI)：一个植物表型/基因型数据库的标准接口

摘要： The Breeding API (BrAPI) 项目旨在实现植物育种数据库之间的互操作性。 BrAPI 是一个标准化的 RESTful Web 服务 API 规范，用于交流植物育种数据，包括基因型和表型。 BrAPI 非常灵活，可以处理各种用例。社区也非常强大（https://brapi.org/ 阅读全文

posted @ 2024-06-15 22:01 生物信息与育种阅读(5) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2024年5月13日

农业大模型越来越像个笑话

摘要：近期，中国发布了首个种业大语言模型“丰登”（SeedLLM），一搜关键词，满屏都是相关报道。小编向参与该模型的三家单位都申请了测试试用，但都没有收到任何回复。这完全在我的意料之中，因为之前每出来一个农业大模型的重磅消息，我第一时间都是去申请试用，无一例外都是石沉大海，哪怕一个标点符号也没有收到。阅读全文

posted @ 2024-05-13 22:49 生物信息与育种阅读(119) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2024年1月9日

由基因型-组织表达项目（GTEx）联想开去

摘要：近日，由丹麦奥胡斯大学、华南农业大学、中国农科院基因组所、美国农业部、马里兰大学、爱丁堡大学和等多家单位联合发起的猪基因型-组织表达计划（PigGTEx）取得阶段性进展，成功构建猪基因型-组织表达图谱，相关文章 “A compendium of genetic regulatory effects 阅读全文

posted @ 2024-01-09 21:34 生物信息与育种阅读(286) 评论(0) 推荐(0) 编辑

AI白皮书 | 人工智能历史与现状

摘要：目录1.1 人工智能的概念和起源1.1.1 人工智能的概念1.1.2 人工智能的起源1.2 人工智能的黄金时代1.2.1 感知机1.2.2 贝叶斯网络1.2.3 模式识别1.2.4 人机对话1.2.5 知识表示1.2.6 计算机视觉1.3 人工智能的冬天1.4 人工智能的复兴期1.4.1 机器学习1 阅读全文

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机器学习应用于基因组预测，以苜蓿为例

摘要：目录目的示例代码表型文件预处理基因型文件预处理机器学习建模预测绘图其他结果利用代码复现一个机器学习应用于基因组预测的项目，张志武老师于2023年发表在《园艺研究》上的一篇文章。目的使用 GWAS 和 GP 结合重测序数据和从世界各地收集的 220 份紫花苜蓿种质的秋季休眠（Fall dorma 阅读全文

posted @ 2024-01-09 21:33 生物信息与育种阅读(192) 评论(0) 推荐(1) 编辑

推荐 | 现代生物学的现代统计学

摘要：上世纪30年代，受Fisher关于显著性和假设检验的影响，统计数据分析流程一般如下图所示。 70年代，Tukey推荐使用探索性数据分析（EDA）进行统计分析。EDA 建立在数据可视化的基础上，然后辅以验证性数据分析（CDA）：假设驱动的推理方法，理想情况下应该是稳健的，而不是依赖于复杂的假设。 9 阅读全文

posted @ 2024-01-09 21:33 生物信息与育种阅读(49) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2023年终总结，但是废话版.....

摘要：大家好，这里是生物信息与育种。值此年末之际，一年的尾巴也就到来了。在这里我要对过去的一年做出总结，来总结我这一年所做的事。这一年过得非常忙碌，但在忙碌的同时也很颓废，在颓废的同时又很焦虑。这一年有开心也有难过，有收获也有失去。当然相信每个人也都是如此。在工作中，我一直在自己的岗位上勤勤恳恳阅读全文

posted @ 2024-01-09 21:32 生物信息与育种阅读(55) 评论(0) 推荐(0) 编辑

生物农学就业投票结果出炉

摘要：前段时间发牢骚写了一篇推文：论农业院校对于农学人才培养的缺失，引发了大家对于生物和农学方向就业问题的一些讨论（虽然推文并不是说这个问题）。随后，为了解大家具体的就业情况，小编随便设计了几个简单的问题来进行投票：关于生物农学方向就业情况的调查。截止目前，共有179人参与投票。让我们一起来看看结果吧。阅读全文

posted @ 2024-01-09 21:32 生物信息与育种阅读(27) 评论(0) 推荐(0) 编辑

基于无人机高通量植物表型大数据分析及应用研究综述

摘要：目录数据采集无人机系统数据预处理图像拼接颜色转换和校正图像分割数据分析图像分析关键技术作物株高提取叶面积指数提取技术植物病害检测技术基于无人机系统的作物表型分析方法集数据采集、处理和分析于一身，大大缩短和精简了作物表型研究的时间和过程。首先，利用小型无人机在作物种植区域进行图像数据的采集；获取完毕阅读全文

posted @ 2024-01-09 21:32 生物信息与育种阅读(50) 评论(0) 推荐(0) 编辑

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