10 2024 档案
摘要：要找到基因组上特定位置，仅凭标记引物序列，可以采用以下几种方法： 利用在线工具进行In-Silico PCR： 可以使用UCSC Genome Browser提供的In-Silico PCR工具（http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgPcr）进行在线分析。这个工具允许你输
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摘要：导读：七月份，李恒开发的基因内容图谱构建软件——Pangene，以标题为：Exploring gene content with pangene graphs 的论文论文形式一并发表，发表期刊为Bioinformatics杂志。该软件迎合了群体基因组学时代数据井喷的现状，而一定程度上分析工具和软件算
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摘要：植物的信息化时代，各种植物的多样性信息，包括名称、图像数据、标本、文献资料等，都在经历数字化，由此诞生了一系列数据库来汇总这些信息，提供线上的查阅，为科研、学术交流、个人兴趣和学习提升提供了极大便利。小编汇总了以下常见植物数字化网站，对植物学感兴趣的朋友们，赶快收藏玩起来吧。 国内植物数字化网站 植
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摘要：我们团队本身有做基因功能研究出身的，也了解一点分子实验方面的套路。但在这一领域，我们不打算延伸，因为已经有很多公众号做得非常好了，比如说伯远生物。 推荐几篇伯远发布的相关文章，希望喂饱你的收藏夹，吃吃灰。 基因功能研究的那些套路你知道多少？（上） 基因功能研究的那些套路你知道多少？（中） 基因功能研
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摘要：CherryPy 是一个用于构建 Web 应用的微框架。它通过简洁的 API 和强大的功能，使开发者能够快速创建高性能的 Web 应用。在生物信息开发中，数据库搭建和模型部署等场景可能会用到，因此记录下。 学习资源 官方文档：https://docs.cherrypy.dev/en/latest/
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摘要：2024年6月，北京大学高歌教授课题组在Quantitative Biology期刊上发表了一篇题为“Foundation models for bioinformatics”的前瞻性综述。文章从基于文本的大语言模型在生物学信息任务上的应用与基于生物学数据预训练的基础模型两个角度探讨了基础模型对生物
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摘要：2024年2月22日，中国科学院遗传与发育生物学研究所田志喜课题组在《遗传》杂志“优博专栏”发表了题为“大豆泛基因组研究进展”综述文章。该综述总结了作物泛基因组的研究脉络，并且以大豆为例介绍了泛基因组研究的一般策略和研究内容，为研究者开展泛基因组工作提供了参考。 DOI: 10.16288/j.yc
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摘要：所有的软件产品都值得用AI重塑一次，基因组工具也不例外。 今日分享一篇发表在Nature子刊上的文章：Neural ADMIXTURE for rapid genomic clustering。Neural Admixture可替代Admixture，实现快速计算。 原理 Neural ADMIXT
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摘要：文章摘要 上海师范大学杨仲南教授团队在《中国水稻科学》发表综述，回顾了中国两系杂交水稻的发展历史；介绍了两系法中光/温敏型核不育系遗传资源的发现和选育，重点介绍了农垦58S的光敏位点, 安农S-1的温敏位点, 衡农S-1的温敏位点及其作用机理, _tms10, tms15和 tms18_位点及其作用
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摘要：在育种计划中，品种测试占据了成本的很大一部分，预计这一成本将会持续增加。与此同时，基因分型的成本每年都在降低，而每个样本的信息量（数据点）却在显著增加。 随着预测基因型表现及其与田间表现相关性的工具开发，基因组预测正成为常规育种计划中越来越受欢迎的组成部分，它将对植物育种产生重大影响。 育种周期的最
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摘要：近期，德国波恩大学作物功能基因组实验室Frank Hochholdinger教授和于鹏博士在Trends in Plant Science发表了题为Molecular concepts to explain heterosis in crops的综述文章，该文章以玉米为例深入探讨了杂种优势的分子机理
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摘要：01 新生人数 2024年秋季入学新生共2168人，其中硕士生1495人，占比68.96%，博士生673人，占比为31.04%。 全日制学术学位硕士生550人，其中推免硕士生153人，占27.82%。全日制专业学位硕士生933人，其中推免硕士生31人。非全日制硕士生12人，均为在职定向人员。 全日制
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摘要：2024年9月18日，袁隆平农业高科技股份有限公司（以下简称“隆平高科”）发布投资者关系活动记录表显示，公司全面熟化运用水稻商业化育种信息化系统，进一步提升分子育种信息化，升级规范化、标准化的基因型鉴定流程和实验室信息管理系统，研发的全基因组选择模型已在长江流域杂交中籼水稻育种中取得显著成效，在淘汰
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摘要：分享一篇近期发表在 Bioinformatics 上的文章：AssemblyQC: A Nextflow pipeline for reproducible reporting of assembly quality，这是一个基因组组装质量评估的综合性流程，集合了准确性、连续性和完整性等多项指标（这
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摘要：分享一篇近期发表在 Genome Biology 上 的一个基因家族分析软件：Seqrutinator。该软件用于识别和去除基因家族数据集中的无功能基因，包括假基因、测序错误、基因结构错误、比对错误等，从而避免基因家族鉴定中的假阳性结果，进一步确保基因家族注释的准确性，以便于后续系统发育分析和功能聚
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摘要：分享一篇Y叔（余光创）联合同行老师近期在The Innovation Life上发表的综述文章：Bioinformatics software development: Principles and future directions。文章主要讨论了生物信息学软件开发的原则和未来的发展方向，强调了人
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摘要：来源：soybean informations
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摘要：近日，四川农业大学玉米研究所兰海教授团队在《Frontiers in Plant Science》上发表了题为“Genomic prediction of yield-related traits and genome-based establishment of heterotic pattern
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摘要：近期，看了不少表型组论文，发现越来越多的高通量表型组相关的学术研究开始往实际育种上面靠拢，这是一个非常好的趋势和现象。 我们之前关注这一块比较少，虽然零星分享过几篇推文，但阅读量都不高，受众群体比较少。比如，之前做过一个合集：高通量表型组在作物育种上的研究与应用合集。但现在它也是育种的重要技术之一，
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摘要：GATK（Genome Analysis Toolkit）中的joint calling是一种变异检测策略，它允许同时对多个样本进行变异位点的分析，以提高变异检测的准确性和效率。 以下是joint calling的一些关键原理和优势： 数据共享：在joint calling过程中，信息在所有样本间共
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摘要：分享一篇最近发表《New Phytologist》上一篇文章：Genomic selection in western redcedar: from proof of concept to operational application。文章主要研究了基因组选择（GS）在西部红杉（western r
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