07 2024 档案

摘要:RNAseqQC通过一个提供一系列数据可视化功能来帮助RNAseq数据质量控制的R包,它允许识别具有不需要的生物或技术影响的样品,并探索差异测试结果。 源码:https://github.com/frederikziebell/RNAseqQC 安装指南 安装过程简单明了,只需在R环境中执行以下命令 阅读全文
posted @ 2024-07-28 17:35 生物信息与育种 阅读(68) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:分享中国农业大学数字农业创新团队马韫韬老师报告。 声明:本文仅用于学习交流,不用于任何商业用途。文中所有转载的图片、音频、视频文件等知识归该权利人所有。如不慎侵犯权益,请后台联络,我们将第一时间删除。 视频(阅读原文跳转): https://www.bilibili.com/video/BV1zS4 阅读全文
posted @ 2024-07-28 17:33 生物信息与育种 阅读(31) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:❝ 我们能教会计算机理解人类语言,同样也能让它们读懂DNA。 2023年10月31日,加利福尼亚大学伯克利分校的科学家们在《美国科学院院刊》(PNAS)上发表了一篇突破性研究,提出了一种基于无监督DNA语言模型的新方法,该方法在全基因组范围内预测基因变异效果上,超越了现有的保守性评分模型。 研究团队 阅读全文
posted @ 2024-07-28 17:32 生物信息与育种 阅读(67) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:Resistify是一个用于快速且准确地注释植物中的NLRs(Nucleotide-binding domain Leucine-rich Repeat,核苷酸结合域富含亮氨酸重复序列)并提供准确结构分类的工具。NLRs是植物先天免疫系统的关键组成部分,具有显著的存在/缺失变异和序列多样性。Resi 阅读全文
posted @ 2024-07-28 17:31 生物信息与育种 阅读(191) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:植物细胞具有异质性,同一基因的表达量在同一组织的不同细胞类型中可能不同,当我们挖掘胁迫响应基因或发育相关基因时,如果利用传统的转录组测序(Bulk RNA-seq)策略去检测基因的表达模式,一些细胞类型特异性基因的表达信号将会被掩盖,也使我们很难从细胞水平检测出最先响应的因子,以及探究逆境或发育信号 阅读全文
posted @ 2024-07-28 17:31 生物信息与育种 阅读(31) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:果树基因组与遗传改良 2023年,南京农业大学吴俊教授团队发表在Plant Physiology的题为 “Genomic insights into domestication and genetic improvement of fruit crops”的长篇综述,系统总结了果树基因组学与遗传改良 阅读全文
posted @ 2024-07-28 17:30 生物信息与育种 阅读(67) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:来源:第一届全国作物杂种优势与生物育种学术大会,严建兵老师报告《玉米基因组育种的理论与实践》。 声明:本文仅用于学习交流,不用于任何商业用途。文中所有转载的图片、音频、视频文件等知识归该权利人所有。如不慎侵犯权益,请后台联络,我们将第一时间删除。 阅读全文
posted @ 2024-07-28 17:29 生物信息与育种 阅读(25) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:农作物种质资源是新品种选育的基础,是遗传信息由上一代传给下一代的载体,是人类生存不可或缺的重要资源之一。截至目前,我国已建成了由1座长期库、1座复份库、15座中期库、56个种质圃、214个原生境保护点,以及种质资源信息中心组成的国家作物种质资源保护体系。 国家作物种质库新库(2021年落成,方沩供图 阅读全文
posted @ 2024-07-28 17:29 生物信息与育种 阅读(22) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:分享一篇来自南洋理工大学Marek Mutwil团队发表在《Trends in Plant Science》上有关植物生物学方向的大语言模型综述:Large language models in plant biology。生物序列本身就是一种自然语言,与LLM是天作之合,实际上生物大模型已有很多开 阅读全文
posted @ 2024-07-28 17:28 生物信息与育种 阅读(103) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:整理了下最近(按时间顺序)举办的一部分与植物科学、基因组学、生物育种、智慧农业等相关会议。点击链接查看详情,供大家参考。 第十一届国际园艺研究大会 会议时间:2024年7月14日至18日 会议地点:云南昆明海埂会堂 2024植物分子育种与生物技术学术交流研讨会 大会时间:2024年7月19-21日( 阅读全文
posted @ 2024-07-28 17:27 生物信息与育种 阅读(47) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:你了解AGI吗?你通过什么渠道来了解这方面的动态? 小编今天分享一个平台WaytoAGI:https://www.waytoagi.com/,即通往AGI之路。如果你是这方面的爱好者,相信你会喜欢。 WaytoAGI是一个专注于通用人工智能(AGI)领域的综合性平台,其主要功能可以概括如下: 知识分 阅读全文
posted @ 2024-07-28 17:27 生物信息与育种 阅读(557) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:作物品种改良主要得益于育种过程带来的遗传获得。传统育种技术受制于表型观察准确性和遗传累赘效应等影响,其育种目标随机且费时费力,需要多个世代的自交才能获得性状稳定的品种。因此,生产上迫切需要高效、快速、精准改良作物性状的技术来加速作物的育种进程。 单倍体诱导(haploid induction, HI 阅读全文
posted @ 2024-07-28 17:26 生物信息与育种 阅读(41) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:机器学习有很多模型算法,比如线性回归、逻辑回归、KNN分类、支持向量机、随机森林等,一般需要我们一个个地调用多个模型的拟合和预测。那么,有没有一个可自动执行机器学习建模过程、以及输出诸如准确率、精准率、召回率、F1、ROC、AUC等指标的工具?当然有,LazyPredict就是一个专为懒人打造的建模 阅读全文
posted @ 2024-07-28 17:23 生物信息与育种 阅读(122) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:vcf2gwas 是一个 Python 构建的 API,用于 GEMMA、PLINK 和 bcftools,直接从 VCF 文件执行 GWAS 以及多个分析后操作。 如何使用? vcf2gwas的使用非常简单。用户只需提供变异调用格式(VCF)文件和表型数据文件,即可通过一条命令行启动GWAS分析。 阅读全文
posted @ 2024-07-28 17:22 生物信息与育种 阅读(184) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:黄学辉教授师从韩斌院士,韩是国内数量遗传学应用作物育种研究的先驱者,黄是实践者,名师出高徒的典范。 来源:https://pms.shnu.edu.cn/36/64/c26333a734820/page.htm 课题组网站:http://www.xhhuanglab.cn/index.html 让我 阅读全文
posted @ 2024-07-28 17:20 生物信息与育种 阅读(93) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:近期,可以看到,AI育种入局者越来越多,产品、报告、论文、会议、新闻也越来越多,这是好事,大家一起把蛋糕做大。 (点击标题链接,查看详情) 华智生物联合多家单位启动生物育种大模型计划 7月5日,在2024世界人工智能大会暨人工智能全球治理高级别会议期间,中信农业旗下华智生物联合中国农业科学院生物技术 阅读全文
posted @ 2024-07-28 17:19 生物信息与育种 阅读(81) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:VIPdb简介 VIPdb(Variant Impact Predictor database)是一个专门收集和总结变异影响预测工具(Variant Impact Predictors,简称VIPs,也称为Variant Effect Predictors,简称VEPs)的数据库。这些工具用于帮助科 阅读全文
posted @ 2024-07-28 17:10 生物信息与育种 阅读(57) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:当今的生物育种,生物技术正扮演着越来越重要的角色。中国种业市场,一个超过千亿元规模的庞大领域,正迎来以转基因、基因编辑和单倍体育种为代表的技术革新。这些技术不仅极大地加速了作物品种改良的进程,也重塑了种业的市场格局。随着政策的积极推动和企业创新的不断涌现,我们正站在一个新时代的门槛上,一探究竟这些技 阅读全文
posted @ 2024-07-28 17:08 生物信息与育种 阅读(81) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:分享一篇水文,来自海南热带农业资源研究所今年发表在《分子植物育种》上的一篇综述。 摘要 植物育种的未来正在朝着更高的精度、效率和可持续性发展。育种5.0代表了未来植物育种的前沿,通过基因组编辑、人工智能和大数据分析等创新技术和方法彻底改变了该领域,实现了遗传信息的整合和编辑。这将给全球农业带来革命性 阅读全文
posted @ 2024-07-28 16:56 生物信息与育种 阅读(232) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:水稻、小麦和玉米是我国三大主粮作物,种植面积大,产量较高,是人们日常饮食中的主要来源。水稻主要分布在南方地区,小麦主要分布在北方地区,而玉米则在全国各地都有广泛种植。这些粮食作物的种植和收成情况对于我国的粮食安全和经济发展具有重要意义。 其中,水稻在我国的分布很广,在秦岭、淮河一线以南的长江流域和华 阅读全文
posted @ 2024-07-28 16:50 生物信息与育种 阅读(191) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:2024年6月13日,华中农业大学严建兵教授团队在Molecular Plant发表综述:Doubled Haploid Technology and Synthetic Apomixis: Recent Advances and Applications in Future Crop Breedi 阅读全文
posted @ 2024-07-28 16:48 生物信息与育种 阅读(286) 评论(0) 推荐(0) 编辑

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