摘要：
随着人们对农作物性状的遗传规律、调控基因功能及发育规律等方面的深入研究，以及生物、信息、新材料、自动化等科学技术的快速发展农作物育种技术正在发生着巨大变革，已经从单一的生物学领域向多领域多学科渗透和发展。截至目前，育种模式的发展已经历了三个阶段，并且逐渐进入第四阶段。 育种1.0时代或者农家育种阶段 阅读全文
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几年前做的机器学习与R语言相关笔记，迁移到公号记录之。 1-机器学习简介 2-懒惰学习K近邻（KNN） 3-概率学习朴素贝叶斯（NB） 4-决策树 5-规则学习算法 6-线性回归 7-回归树和模型树 8-神经网络 9-支持向量机 10-关联规则 11-Kmeans聚类 12-如何评估模型的性能？ 1 阅读全文
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从去年年末开始到现在，大语言模型（Large Language Models，LLM）热度依旧不减。 有实力烧钱的机构在训练自己的LLM，没实力想凑热闹的更聚焦在垂直领域的应用上，绝大多数企业属于后者。 每个行业多多少都有人在做基础模型的微调和打造私有知识库，以期不被时代抛弃。 医疗、法律、金融、教 阅读全文
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简介 不同划分方法： 自交和回交群体 人工和自然群体 双亲和多亲群体 遗传和育种群体 临时性和永久性群体 初级和次级群体 遗传分析中常用作图群体来构建遗传图谱或进行基因定位。作图群体是进行QTL定位的基本材料，其基本步骤如下： 首先选择在目标性状上差异较大的亲本，选择一种杂交策略构建分离群体； 记录 阅读全文
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今年4月，华中农业大学焦文标团队在Genome Biology上发表论文：A comprehensive benchmark of graph‑based genetic variant genotyping algorithms on plant genomes for creating an a 阅读全文
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作物模型提出很早，但应用有限。看起来复杂，其实解决的是环境与表型间的关联，可参考前期推文：作物生长模型CropGrow。环境组的复杂，关键在于数据的准确性获取。对于数据分析人员来说，如果不care数据准确性，分析其实很简单的，就是经典的机器学习流程。 这里提供一段伪代码仅供参考。 1. 导库 imp 阅读全文
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近日，中国农科院植保所联合扬州大学、湖南农大等在中国工程院主刊 Engineering （一区top, IF=12.8）上发表了题为《Development of Machine Learning Methods for Accurate Prediction of Plant Disease Re 阅读全文
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本文来自CABI的一篇综述要点。文章探讨了通过选择、杂交、诱变和重组实现的新的遗传变异性，以及植物育种技术创新如何为作物改良提供更精准和更高分辨率的方法。 引言 随着全球人口的增长和气候变化带来的挑战，粮食安全成为全球关注的重点。预计到 2050 年，世界人口将达到 100 亿，这要求我们不仅要养活 阅读全文
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分享来自张学勇老师的一篇综述。 遗传多样性是一个物种在自然界生存的基础，也是作物遗传改良的基石。经过近100年的考察、收集、评价、编目、入库，全球收集种质资源约740万份，存放在1750个种质库中；我国收集各类作物种质资源总量达50万份。丰富的资源一方面为作物改良奠定了基础，另一方面也带来了困扰，即 阅读全文
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北京市农林科学院信息技术研究中心赵春江院士团队联合华中农业大学杨万能教授团队发布在PBJ上的综述文章：Plant microphenotype: from innovative imaging to computational analysis，深入探讨了植物微观表型（microphenotype） 阅读全文
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分享一篇水稻种质资源创新研究与利用的相关综述，内容比较全面，包括了我国水稻种质资源收集、评价与精确鉴定、水稻新品系创制、水稻杂种优势利用、水稻种质创制新技术、新方法以及水稻优异基因资源的挖掘与利用等方面。 截止到2023 年，我国保存的作物种质资源有超过54 万份，其中有8 万多份是水稻种质资源，数 阅读全文
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本综述系统梳理了近20年来开发的水稻生物信息数据库和在线分析工具，并基于内置数据集和功能对它们进行了分类和总结。 水稻基因组数据库 水稻转录和转录后调控数据库 水稻基因网络数据库 水稻种质资源信息数据库 水稻常用的基因编辑系统 水稻基因编辑生物信息工具与数据库 水稻智能育种生物信息工具 专家简介: 阅读全文
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全球主要可用的高通量表型分析设施列表 参考1 参考2 来源：赵春江，植物表型组学大数据及其研究进展 参考3 来源：High-Throughput Phenotyping: A Platform to Accelerate Crop Improvement 阅读全文
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4 月在南京参加了第七届全国玉米生物学学术研讨会，诚如大会名字所言的“学术研讨”，邀请了国内外相关领域具有重要学术影响力的专家学者和优秀青年科学家进行学术报告及成果展示，与育种产业相关的内容很少。但能够看到的是，接地气的研究越来越多（最多的还是功能基因组学研究），学术与产业融合得越来越紧密。 今年（ 阅读全文
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品种是玉米高产的基础，进一步提高品种耐密性和种植密度是提高玉米单产的关键。 在近80 年中，美国玉米单产提升了近8 倍，这个过程中种植密度从平均每亩2000 多株增加到近6000 株，种植密度贡献显著。 我国高产玉米新品种更新迭代过程中，玉米株型也逐渐从平展型演变成紧凑型，品种的耐密性明显提高，但和 阅读全文
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2024年世界农业科学大学最新排名是由EduRank.org网站数据整理翻译而来，根据农业科学研究表现排名得到的世界最佳大学名单。 不同于常见的世界大学排名如QS、USNews等，EduRank学科专业排名主要由Publication + Citation组成的学术性排名，根据全球4195 所大学发 阅读全文
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植物和动物在GS实施上有很大的差异，这一点很多学者做过系统的比较，只能说各有优劣。不管如何，动物的GS走在了前列，有很多地方值得植物借鉴。 GS技术最早在奶牛育种得到广泛应用，因此我们来看看奶牛GS的发展及国内外现状。 2001年，Meuwissen等首次提出GS的概念，其基本思想是利用覆盖个体基因 阅读全文
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昨天被首个种业大语言模型“丰登”刷屏，崖州湾实验室、中农、上海AI实验室三家单位共同发布，官方报道侧重各有不同，这里放到一起看看。没测试，不做评价。 崖州湾实验室发布 4月28日，崖州湾国家实验室精准设计与智造团队，中国农业大学和上海人工智能实验室共同发布了首个种业大语言模型“丰登” ，英文名称La 阅读全文
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大语言模型LLM综述文章《A Survey of Large Language Models》已经更新到第13个版本。该综述系统梳理LLM的研究进展与核心技术，讨论了大量的相关工作。 2023年12月底作者们继续启动了中文书的编写工作，并且于近期完成初稿。与英文综述定位不同，中文书籍更注重大模型技术 阅读全文
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近日，《生物技术通报》特邀浙江大学农业与生物技术学院陈露研究员（原严建兵老师学生）团队发表综述《玉米野生种基因组研究进展及应用》。本文主要综述了大刍草的基因组进化、数量遗传学、群体遗传学等方面的研究进展，同时对大刍草在未来玉米遗传育种中的应用进行了展望。 玉米的野生近缘种，被统称为大刍草（teosi 阅读全文