06 2024 档案

摘要:分享一篇农业大模型综述。 官网全文免费阅读 知网阅读 农业大模型:AI领域的新热点 农业大模型,基于Transformer架构,通过自监督学习方法,在大规模数据上进行训练,展现出了卓越的通用能力和强大的下游任务适应性。这些模型不仅能够处理复杂的关联表示,还在多模态信息处理等方面具有显著优势。 核心技 阅读全文
posted @ 2024-06-29 20:55 生物信息与育种 阅读(311) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:20世纪30年代,Boysen和Heath通过分析叶片结构与净同化率的关系,提出了作物株型概念,明确作物生产过程中叶形和叶片数量的重要性,并进一步揭示了株型对作物生产的决定作用。随后,Donald提出有利于提高光合效率,促进作物生长发育以达高产的多性状综合的株型为理想株型。随着有关理想株型的相关研究 阅读全文
posted @ 2024-06-29 20:54 生物信息与育种 阅读(216) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:近日,中国农业大学农学院汪海团队联合美国康奈尔大学、丹麦奥胡斯大学、北京大学现代农业研究院、坦桑尼亚农业科学院等单位在_PNAS在线发表了题为Modeling 0.6 million genes for the rational design of functional cis-regulatory 阅读全文
posted @ 2024-06-29 20:03 生物信息与育种 阅读(57) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:在作物功能基因组学、数字育种与智慧栽培等的需求牵引下,作物表型组学近年来发展迅速。然而,作物表型组学技术及装备产品的研发与应用缺乏标准规范已成为限制作物表型产业高质量发展的瓶颈问题。 2024年6月,北京市农林科学院信息技术研究中心数字植物北京市重点实验室联合华中农业大学在中国工程院院刊_Engin 阅读全文
posted @ 2024-06-29 19:55 生物信息与育种 阅读(106) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:近日,中国农业大学农学院汪海团队联合美国康奈尔大学、丹麦奥胡斯大学、北京大学现代农业研究院、坦桑尼亚农业科学院等单位在_PNAS在线发表了题为Modeling 0.6 million genes for the rational design of functional cis-regulatory 阅读全文
posted @ 2024-06-27 21:52 生物信息与育种 阅读(28) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:前几天(2024.6.20)科睿唯安发布了《期刊引证报告》,公开2023年期刊最新影响因子。本号对植物科学领域和农林科学领域期刊做了及时分享:重磅出炉!2024植物科学领域&农林科学领域期刊影响因子 参与本号运营的小伙伴们基本都是生物信息、植物科学类的背景,因此我们对这类期刊近五年来的影响因子做了一 阅读全文
posted @ 2024-06-23 10:38 生物信息与育种 阅读(35) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:目前,《生物信息与育种》公众号已经发布了50来篇有关基因组选择(GS)的推文,包括了一些教程、书籍、文献、工具、案例等,基本上阅读了这些文章,对GS有个较为全面的了解应该是没问题的。 《生物信息与育种》GS合集 近期,中国农科院团队首席将于6月28~30日举办第三期全基因组选择学习交流会,从经典数量 阅读全文
posted @ 2024-06-22 16:56 生物信息与育种 阅读(213) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:千呼万唤始出来,大家翘首以盼的期刊最新影响因子新鲜出炉了!IF普降(包括顶刊),同时也有黑马,真是几家欢喜几家愁。 这里小编分享下植物科学领域和农林科学领域的主要期刊排名及影响因子。 植物科学领域: 农林科学领域: 关注微信公众号“生物信息与育种”,后台回复:2024IF,获取全部期刊的影响因子Ex 阅读全文
posted @ 2024-06-22 16:55 生物信息与育种 阅读(1188) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:近期,中国农科院作物所联合国内多家单位,构建了用于水稻基因组选择的大规模中国栽培稻群体数据集,提出了配套的全基因组预测深度学习模型DeepCCR,为育种者快速、高效地培育优良品种提供了有利工具。相关研究成果以简讯方式在线发表在《Plant Biotechnology Journal》上。 水稻是世界 阅读全文
posted @ 2024-06-18 22:55 生物信息与育种 阅读(260) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:随着人们对农作物性状的遗传规律、调控基因功能及发育规律等方面的深入研究,以及生物、信息、新材料、自动化等科学技术的快速发展农作物育种技术正在发生着巨大变革,已经从单一的生物学领域向多领域多学科渗透和发展。截至目前,育种模式的发展已经历了三个阶段,并且逐渐进入第四阶段。 育种1.0时代或者农家育种阶段 阅读全文
posted @ 2024-06-16 15:44 生物信息与育种 阅读(128) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:几年前做的机器学习与R语言相关笔记,迁移到公号记录之。 1-机器学习简介 2-懒惰学习K近邻(KNN) 3-概率学习朴素贝叶斯(NB) 4-决策树 5-规则学习算法 6-线性回归 7-回归树和模型树 8-神经网络 9-支持向量机 10-关联规则 11-Kmeans聚类 12-如何评估模型的性能? 1 阅读全文
posted @ 2024-06-16 15:27 生物信息与育种 阅读(32) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:从去年年末开始到现在,大语言模型(Large Language Models,LLM)热度依旧不减。 有实力烧钱的机构在训练自己的LLM,没实力想凑热闹的更聚焦在垂直领域的应用上,绝大多数企业属于后者。 每个行业多多少都有人在做基础模型的微调和打造私有知识库,以期不被时代抛弃。 医疗、法律、金融、教 阅读全文
posted @ 2024-06-16 15:15 生物信息与育种 阅读(61) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:简介 不同划分方法: 自交和回交群体 人工和自然群体 双亲和多亲群体 遗传和育种群体 临时性和永久性群体 初级和次级群体 遗传分析中常用作图群体来构建遗传图谱或进行基因定位。作图群体是进行QTL定位的基本材料,其基本步骤如下: 首先选择在目标性状上差异较大的亲本,选择一种杂交策略构建分离群体; 记录 阅读全文
posted @ 2024-06-16 14:57 生物信息与育种 阅读(605) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:今年4月,华中农业大学焦文标团队在Genome Biology上发表论文:A comprehensive benchmark of graph‑based genetic variant genotyping algorithms on plant genomes for creating an a 阅读全文
posted @ 2024-06-16 11:25 生物信息与育种 阅读(39) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:作物模型提出很早,但应用有限。看起来复杂,其实解决的是环境与表型间的关联,可参考前期推文:作物生长模型CropGrow。环境组的复杂,关键在于数据的准确性获取。对于数据分析人员来说,如果不care数据准确性,分析其实很简单的,就是经典的机器学习流程。 这里提供一段伪代码仅供参考。 1. 导库 imp 阅读全文
posted @ 2024-06-16 11:24 生物信息与育种 阅读(79) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:近日,中国农科院植保所联合扬州大学、湖南农大等在中国工程院主刊 Engineering (一区top, IF=12.8)上发表了题为《Development of Machine Learning Methods for Accurate Prediction of Plant Disease Re 阅读全文
posted @ 2024-06-16 11:22 生物信息与育种 阅读(217) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:本文来自CABI的一篇综述要点。文章探讨了通过选择、杂交、诱变和重组实现的新的遗传变异性,以及植物育种技术创新如何为作物改良提供更精准和更高分辨率的方法。 引言 随着全球人口的增长和气候变化带来的挑战,粮食安全成为全球关注的重点。预计到 2050 年,世界人口将达到 100 亿,这要求我们不仅要养活 阅读全文
posted @ 2024-06-16 11:21 生物信息与育种 阅读(31) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:分享来自张学勇老师的一篇综述。 遗传多样性是一个物种在自然界生存的基础,也是作物遗传改良的基石。经过近100年的考察、收集、评价、编目、入库,全球收集种质资源约740万份,存放在1750个种质库中;我国收集各类作物种质资源总量达50万份。丰富的资源一方面为作物改良奠定了基础,另一方面也带来了困扰,即 阅读全文
posted @ 2024-06-16 11:20 生物信息与育种 阅读(120) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:北京市农林科学院信息技术研究中心赵春江院士团队联合华中农业大学杨万能教授团队发布在PBJ上的综述文章:Plant microphenotype: from innovative imaging to computational analysis,深入探讨了植物微观表型(microphenotype) 阅读全文
posted @ 2024-06-16 11:18 生物信息与育种 阅读(80) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:分享一篇水稻种质资源创新研究与利用的相关综述,内容比较全面,包括了我国水稻种质资源收集、评价与精确鉴定、水稻新品系创制、水稻杂种优势利用、水稻种质创制新技术、新方法以及水稻优异基因资源的挖掘与利用等方面。 截止到2023 年,我国保存的作物种质资源有超过54 万份,其中有8 万多份是水稻种质资源,数 阅读全文
posted @ 2024-06-16 11:09 生物信息与育种 阅读(184) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:本综述系统梳理了近20年来开发的水稻生物信息数据库和在线分析工具,并基于内置数据集和功能对它们进行了分类和总结。 水稻基因组数据库 水稻转录和转录后调控数据库 水稻基因网络数据库 水稻种质资源信息数据库 水稻常用的基因编辑系统 水稻基因编辑生物信息工具与数据库 水稻智能育种生物信息工具 专家简介: 阅读全文
posted @ 2024-06-16 11:07 生物信息与育种 阅读(62) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:全球主要可用的高通量表型分析设施列表 参考1 参考2 来源:赵春江,植物表型组学大数据及其研究进展 参考3 来源:High-Throughput Phenotyping: A Platform to Accelerate Crop Improvement 阅读全文
posted @ 2024-06-16 11:06 生物信息与育种 阅读(27) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:4 月在南京参加了第七届全国玉米生物学学术研讨会,诚如大会名字所言的“学术研讨”,邀请了国内外相关领域具有重要学术影响力的专家学者和优秀青年科学家进行学术报告及成果展示,与育种产业相关的内容很少。但能够看到的是,接地气的研究越来越多(最多的还是功能基因组学研究),学术与产业融合得越来越紧密。 今年( 阅读全文
posted @ 2024-06-16 11:05 生物信息与育种 阅读(9) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:品种是玉米高产的基础,进一步提高品种耐密性和种植密度是提高玉米单产的关键。 在近80 年中,美国玉米单产提升了近8 倍,这个过程中种植密度从平均每亩2000 多株增加到近6000 株,种植密度贡献显著。 我国高产玉米新品种更新迭代过程中,玉米株型也逐渐从平展型演变成紧凑型,品种的耐密性明显提高,但和 阅读全文
posted @ 2024-06-16 11:04 生物信息与育种 阅读(27) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:2024年世界农业科学大学最新排名是由EduRank.org网站数据整理翻译而来,根据农业科学研究表现排名得到的世界最佳大学名单。 不同于常见的世界大学排名如QS、USNews等,EduRank学科专业排名主要由Publication + Citation组成的学术性排名,根据全球4195 所大学发 阅读全文
posted @ 2024-06-16 11:03 生物信息与育种 阅读(218) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:植物和动物在GS实施上有很大的差异,这一点很多学者做过系统的比较,只能说各有优劣。不管如何,动物的GS走在了前列,有很多地方值得植物借鉴。 GS技术最早在奶牛育种得到广泛应用,因此我们来看看奶牛GS的发展及国内外现状。 2001年,Meuwissen等首次提出GS的概念,其基本思想是利用覆盖个体基因 阅读全文
posted @ 2024-06-16 11:03 生物信息与育种 阅读(62) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:昨天被首个种业大语言模型“丰登”刷屏,崖州湾实验室、中农、上海AI实验室三家单位共同发布,官方报道侧重各有不同,这里放到一起看看。没测试,不做评价。 崖州湾实验室发布 4月28日,崖州湾国家实验室精准设计与智造团队,中国农业大学和上海人工智能实验室共同发布了首个种业大语言模型“丰登” ,英文名称La 阅读全文
posted @ 2024-06-16 11:02 生物信息与育种 阅读(188) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:大语言模型LLM综述文章《A Survey of Large Language Models》已经更新到第13个版本。该综述系统梳理LLM的研究进展与核心技术,讨论了大量的相关工作。 2023年12月底作者们继续启动了中文书的编写工作,并且于近期完成初稿。与英文综述定位不同,中文书籍更注重大模型技术 阅读全文
posted @ 2024-06-16 11:00 生物信息与育种 阅读(168) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:近日,《生物技术通报》特邀浙江大学农业与生物技术学院陈露研究员(原严建兵老师学生)团队发表综述《玉米野生种基因组研究进展及应用》。本文主要综述了大刍草的基因组进化、数量遗传学、群体遗传学等方面的研究进展,同时对大刍草在未来玉米遗传育种中的应用进行了展望。 玉米的野生近缘种,被统称为大刍草(teosi 阅读全文
posted @ 2024-06-16 10:59 生物信息与育种 阅读(177) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:近日,《生物技术通报》特邀扬州大学农学院徐辰武教授团队发表综述《作物全基因组选择育种技术研究进展》。本文首先分析了影响作物GS功效的主要因素,继而从非加性效应模型、群体构建方案、多性状与多环境预测、多组学预测和育种芯片技术现状等方面阐述了GS技术在作物育种中的研究进展,并指出研究所面临的问题和发展前 阅读全文
posted @ 2024-06-16 10:58 生物信息与育种 阅读(280) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:基因组选择(GS)被认为是加速优良基因型评估和选择的关键方法,可以在传统育种中实施。GS通过基因组预测(GP)模型预测目标性状的基因型值,并在育种方案中使用这些预测值进行选择。GS实现了基于预测基因型值的个体选择和杂交选择,减少了目标性状的田间评估次数,从而实现高效快速的育种。然而,GS本身并不旨在 阅读全文
posted @ 2024-06-16 10:57 生物信息与育种 阅读(38) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:拜耳的数字化农业平台有FieldView,先正达有Cropwise。 FieldView其实来源于孟山都收购的Climate,而Cropwise同样来源于先正达收购的Strider。 大鱼吃小虾,科技创新小公司最好的归宿好像就是被大厂收编。 先正达的数字农业之路至少在2020年推出Cropwise就 阅读全文
posted @ 2024-06-16 10:56 生物信息与育种 阅读(69) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:尽管基因组预测的育种值通常是基于各种统计方法计算的,如基因组最佳线性无偏预测(GBLUP)、贝叶斯回归模型等,但这些方法通常假设复杂性状受许多微效基因影响,且基因型和表型之间的关系是线性的。虽然有效,但线性假设可能限制了它们在全基因组预测上的表现。 机器学习模型的发展允许进行高维非线性回归,有效捕捉 阅读全文
posted @ 2024-06-16 10:55 生物信息与育种 阅读(67) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:近期,安徽农业大学信息与人工智能学院在期刊 npj | systems biology and applications 上发表论文:Crop-GPA: an integrated platform of crop gene-phenotype associations。提出了Crop-GPA( h 阅读全文
posted @ 2024-06-16 10:52 生物信息与育种 阅读(107) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:背景 现代植物育种是一个数据密集型过程,需要整合和评估多种不同的数据集以支持决策制定。传统的植物育种通过有意的亲本杂交来产生具有优良表型特征的后代,而现代育种方法则结合了标记辅助选择和基因组选择(GS)来增强表型选择。随着高通量表型技术的出现,可以追踪的潜在表型数量大大增加。基因分型技术的低成本化使 阅读全文
posted @ 2024-06-16 10:51 生物信息与育种 阅读(80) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:Y叔团队参与开发的一个R包RIdeogram,可用来绘制基因组染色体的可视化图形,如基因密度、分子标记等。 直接上代码。 #install.packages("RIdeogram") library(RIdeogram) data(human_karyotype, package="RIdeogra 阅读全文
posted @ 2024-06-16 10:50 生物信息与育种 阅读(342) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:近期,瑞典Rodomiro Ortiz团队在Molecular Plant发表综述:Genomic selection in plant breeding: Key factors shaping two decades of progress,总结了近20年植物基因组选择育种的影响因素和重要进展。 阅读全文
posted @ 2024-06-16 10:49 生物信息与育种 阅读(434) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:分享一个智慧农业开源项目:农场数据中继系统(Farm Data Relay System, FDRS)。这是一个利用现代信息技术,如物联网(IoT)、大数据和云计算等,为农业生产提供数据支持和管理优化的系统。该系统的核心功能是收集、处理和分析农场相关数据,帮助农民更精准地进行作物种植和管理。 两年前 阅读全文
posted @ 2024-06-16 10:48 生物信息与育种 阅读(72) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:近期,华中农大严建兵团队在Journal of Genetics and Genomics上发表综述:Engineering the future cereal crops with big biological data: towards an intelligence-driven breedi 阅读全文
posted @ 2024-06-16 10:46 生物信息与育种 阅读(137) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:SV鉴定方法概述 近日,范德堡大学发表一篇关于长读长鉴定SV比较的文章。 Tradeoffs in alignment and assembly-based methods for structural variant detection with long-read sequencing data 阅读全文
posted @ 2024-06-16 10:44 生物信息与育种 阅读(171) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:farmOS简介 farmOS 是一个基于 Web 的应用程序,用于服务器场管理、规划和记录保存。它由农民、开发人员、研究人员和组织组成的社区开发,旨在为农业数据收集和管理提供标准平台。 farmOS服务器建立在Drupal之上,这使得它模块化、可扩展和安全。farmOS Field Kit 应用程 阅读全文
posted @ 2024-06-16 10:43 生物信息与育种 阅读(231) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:油菜综述刚发JIPB(往期:),又见Plant Com,同一家单位同一作物连综述内容都及其相似,这么严重的撞车还能接连发不同的国产期刊,也是少见。 近日,华中农大刘克德&洪登峰团队在Plant Communications上发表了综述:The story of a decade: genomics, 阅读全文
posted @ 2024-06-16 10:42 生物信息与育种 阅读(139) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:我们中国人喜欢搞排名,什么事情都要分出个三六九等来。 学术期刊也不例外,尤其作者排名更是伤透了大家的脑筋。 突发奇想,如果把植物科学以及生信相关领域期刊用中国高校等级来划分,会是怎样? 985级别 清北:CNS正刊当之无愧。从历史影响力和权威性来说,可能Nature>Science>Cell。 C9 阅读全文
posted @ 2024-06-16 10:41 生物信息与育种 阅读(438) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:几位好友跟我抱怨,现在博士出路太窄,压力太大,去高校越来越难了。 我笑了,博士不缺出路,是你的长衫穿太久了。 在博士眼中,好像只有去高校才是正经的工作,才是唯一的出路。即便考核重重,非升即走,依然义无反顾。 实在不行,那就农科院吧,省级不行,市级总可以吧? 什么!去企业?不存在。 现状是,明明农学博 阅读全文
posted @ 2024-06-16 10:40 生物信息与育种 阅读(18) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:近期,华中农大赵虎&郭亮团队在JIPB上发表发表综述:Functional genomics of Brassica napus: Progresses, challenges and perspectives,总结了近年来油菜功能基因组学的研究进展,包括种质资源、组学数据库和克隆功能基因的可用性以 阅读全文
posted @ 2024-06-16 10:39 生物信息与育种 阅读(441) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:近期,拜耳公布了一项开创性的试点计划,引入了一个专业的生成式人工智能(GenAI)系统,旨在提高效率,并增强农艺师的日常工作能力。利用专有的农艺数据,拜耳利用其全球农艺师网络数百年的丰富经验,训练了一个复杂的大型语言模型(LLM)。 GenAI系统代表了农业技术的重大飞跃,可以快速准确地回答与农艺学 阅读全文
posted @ 2024-06-16 10:38 生物信息与育种 阅读(49) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:long long ago,小野记录了关于重测序基因定位和GWAS相关的笔记。打开古老的文件夹,发现有些东西依然不过时,零零散散,随意发布。 QTL定位策略: 群体类型:作图群体,自然群体 选材策略:全群个体分析,选择基因型分析,混合分组分析 优点:适合稀有基因研究;群体可控,目的性和结果预期性强 阅读全文
posted @ 2024-06-16 10:36 生物信息与育种 阅读(54) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:近日,Wing-Kin Sung(宋永健)博士在Nature Methods发文Creating diploid assemblies from Nanopore and Illumina reads with hypo-assembler,报道其开发的基因组组装新工具hypo-assembler, 阅读全文
posted @ 2024-06-16 10:35 生物信息与育种 阅读(109) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:摘要:为探究我国智慧农业未来发展的目标、任务与政策,本文基于系统工程学视角,阐释了智慧农业的概念与内涵,介绍了国外智慧农业相关战略布局与行动计划,分析了我国智慧农业发展现状、特点以及与国际上的差距,提出了我国智慧农业未来发展目标、重点任务与政策建议。美、德、英、日等国在农业传感器、农业大数据智能、农 阅读全文
posted @ 2024-06-16 10:35 生物信息与育种 阅读(178) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:近日朋友圈又被“智慧育种”刷屏了,源自于中国农科院李慧慧老师团队和阿里巴巴联合在Mol Plant上发布的首个全流程智慧育种平台。详见:Mol Plant | 中国农科院作科所和阿里巴巴联合发布首个全流程智慧育种平台,恭喜李老师! 据网上资料显示,中国农科院作科所与阿里巴巴(公益)于2021年达成合 阅读全文
posted @ 2024-06-16 10:33 生物信息与育种 阅读(330) 评论(0) 推荐(1) 编辑
摘要:分享一篇近期来自华中农大王旭彤老师(即SoyDNGP作者)的综述,以SoyDNGP为例。建议参考之前的推文:基于深度学习框架的基因组预测新模型SoyDNGP。 摘要 人工智能(AI)与作物育种的结合代表了向数据驱动型农业实践的范式转变,旨在提高作物改良的效率和精度。本文对大豆深度神经网络等基因组预测 阅读全文
posted @ 2024-06-16 10:32 生物信息与育种 阅读(568) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:通过代码指导 Minimmap2 基因组比对和 seq-seq-pan 泛基因组比对,并在 R 中进行可视化。本教程提供了一个示例,该示例使用Heliconius butterflies中optix基因位点的两种单倍型。 教程: https://stevenvb12.github.io/ 代码: h 阅读全文
posted @ 2024-06-16 10:29 生物信息与育种 阅读(66) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:mapmixture简介 群体结构(admixture)绘图,R包pophelper是神器(https://github.com/royfrancis/pophelper),立个flag,下次投稿。今天给大家介绍的是另一个R包mapmixture,同样可绘制群体结构图,并与地图分布相结合。小小R包竟 阅读全文
posted @ 2024-06-16 10:28 生物信息与育种 阅读(250) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:近日,扬州大学张韬团队在aBIOTECH发表综述“Integrating machine learning and genome editing for crop improvement”。 随着大数据的积累,越来越多基于机器学习的方法被应用于植物科学研究,包括功能性基因和调控元件的挖掘,蛋白质结构 阅读全文
posted @ 2024-06-16 10:27 生物信息与育种 阅读(79) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:在基因组选择领域,"准确性"(Accuracy)和"预测能力"(Prediction Ability)是两个常用的评价指标,用于衡量基因组选择模型的性能。 在学术研究中,两者都有用到,但没有明显区分,容易出现混用情况。 以下是一篇文章中的定义: https://bmcgenomics.biomedc 阅读全文
posted @ 2024-06-16 10:26 生物信息与育种 阅读(56) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:本文旨在比较机器学习方法在基因组预测中的表现,并评估其对高维数据的处理能力。作者使用了正则化回归、深度学习、集成和实例基础学习等不同类型的监督学习方法,分别应用于模拟动物育种数据集和三个实际玉米育种数据集中。 结果表明,机器学习方法的表现和计算成本取决于数据和目标性状,简单线性混合模型和正则化回归方 阅读全文
posted @ 2024-06-16 10:25 生物信息与育种 阅读(55) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:如题,如何从vcf文件中快速提取基因型Genotype,得到基因型表格文件? vcf作为标准的存储变异的文件格式。虽是标准格式,但可扩展性极强,变异属性可随意添加,真是很妙的设计!其实vcf格式和vcftools软件文章发表也不过13年而已。 基因型矩阵,类似于HapMap格式,市场上大多数芯片也是 阅读全文
posted @ 2024-06-16 10:24 生物信息与育种 阅读(347) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:中国农业科学院作物科学研究所联合国际玉米小麦改良中心(CIMMYT)等单位在《The Crop Journal》发表论文:Genomic prediction of yield performance among single-cross maize hybrids using a partial 阅读全文
posted @ 2024-06-16 10:23 生物信息与育种 阅读(29) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:最近国人有几个新的基因定位方法发表,记录下备忘。 Mol Plant | 中国农科院蔬菜所开发异交物种基因高效定位的新算法工具OcBSA 经典的基因位点快速定位方法Bulked Segregant Analysis(BSA,集群分离分析法)具有适用范围广、实验成本低的优势,但现有BSA算法(例如SN 阅读全文
posted @ 2024-06-16 10:21 生物信息与育种 阅读(123) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:近日,四川农业大学刘登才组在《The Crop Journal》发表了综述文章:Towards cultivar-oriented gene discovery for better crops,回顾了引起基因发掘与品种创新“脱节”的几个常见问题,并提出了一些建议。 许多基因在论文中被描述为有利于提 阅读全文
posted @ 2024-06-16 10:19 生物信息与育种 阅读(38) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:尽管国内外已针对玉米建立以育成品种为主体的DNA 指纹数据库(PIDS: A user-friendly plant DNA fingerprint database management system),但尚未建立玉米种质资源分子身份证数据库。已建成的数据库实现了品种全过程管理,并被用来开发新的分 阅读全文
posted @ 2024-06-15 23:22 生物信息与育种 阅读(88) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:春节时跟几位老同学、老朋友闲聊,问了下近况。 毕业十年了,每个人的发展轨迹都不同,差异巨大。 在生物和农业方向继续耕耘的,基本上都走上了学术体制化道路,即农大、农科院、农业局任职。 然而在学术上继续深造的同学,学术成果和待遇差距比人和狗都大。 同样的专业和大的研究方向,为何如此大相径庭? 结合身边的 阅读全文
posted @ 2024-06-15 23:20 生物信息与育种 阅读(22) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:好文配好图,好图胜千言! 一篇高水平科研论文肯定少不了漂亮的图片。 今天给各位学术界的小伙伴推荐一个操作简单、制作精良、专业又高级的科研绘图神器——BioRender(https://www.biorender.com/)。小编最近发表的一篇文章的图片有用到。而恰好,上次分享Rajeev Varsh 阅读全文
posted @ 2024-06-15 23:19 生物信息与育种 阅读(187) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:我们的粮食作物从何而来? 国际农业研究磋商组织(CGIAR)旗下子机构国际热带农业中心(CIAT)早前发表了全球农作物起源和主要多样性区域的交互式地图,以及其与饮食、产量之间的关系。 交互地图详见: https://blog.ciat.cgiar.org/origin-of-crops/ 起源中心与 阅读全文
posted @ 2024-06-15 23:18 生物信息与育种 阅读(34) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:介绍一篇Rajeev Kumar Varshney于2021年在Trends in Plant Science专题《养活世界:植物育种的未来》上的综述,强调了基因组学辅助育种(genomics-assisted breeding, GAB)的作用和意义。 关于Rajeev Kumar Varshne 阅读全文
posted @ 2024-06-15 23:12 生物信息与育种 阅读(116) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:总体概况 自2017年以来,我国种子市场规模围绕1200亿元波动,2022年市场规模达到1313.55亿元,同比增长1.14%,2023年约为1367.63亿元。中商产业研究院分析师预测,2024年市场规模将超过1400亿元。 目前,我国玉米、水稻、小麦、马铃薯、大豆种子市值占比分别占比22.87% 阅读全文
posted @ 2024-06-15 23:09 生物信息与育种 阅读(47) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:本文来自《基因组选择对培育气候适应性作物的意义》一些研究和观点。 重点摘要 基因组选择是改善植物复杂性状(如生物和非生物胁迫耐受性)和实现可持续生产的有力工具。基因组选择能够显著提高植物的气候适应性和产量,并且预测准确性高。 不同统计模型对预测精度的影响:比较了单因素线性模型(SSGBLUP)、半参 阅读全文
posted @ 2024-06-15 23:08 生物信息与育种 阅读(36) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:今年1月底,由深圳理工大学(筹)计算机科学与控制工程学院院长潘毅和陕西师范大学计算机科学学院教授雷秀娟共同编著的《人工智能在生物信息学中的应用》出版发行。 该书以人工智能方法和生物组学数据分析为主线,阐述了人工智能中的群智能优化、机器学习、深度学习等算法的基本原理,探讨了如何将算法应用于生物信息学相 阅读全文
posted @ 2024-06-15 23:06 生物信息与育种 阅读(177) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:2021年初,随着我国“十三五规划”的落幕和“十四五规划”的开启,农业农村部种业司组织有关专家,分物种开展种业科普宣传,以客观的情况、科学的声音,回应近期社会关注关切。小编汇总统计了主要农作物和畜禽相关的种业科普文章,供大家参考。 请直接点击下方标题链接查看原文。 水稻种业的昨天、今天和明天 作者: 阅读全文
posted @ 2024-06-15 23:05 生物信息与育种 阅读(20) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:近日,中国农科院深圳基因组所程时锋团队在aBIOTECH发表上综述:Innovations in Functional Genomics and Molecular Breeding of Pea: Exploring Advances and Opportunities,总结了豌豆功能基因组学和分 阅读全文
posted @ 2024-06-15 23:02 生物信息与育种 阅读(146) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:番茄的基因组研究是比较靠前的,其分子育种、生物技术和智能育种应用也是走在了前列(包括MAS和GS),可以为其他作物参考。近几年国内也有了很大进展,尤其是黄三文院士连续发表的几篇顶刊。 番茄育种简介 番茄是世界上种植范围最广、消费量最大的蔬菜作物,是茄科家族中的重要一员。其适应性强,在多种环境条件下均 阅读全文
posted @ 2024-06-15 23:00 生物信息与育种 阅读(258) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:本文介绍了一个名为SeqBreed的Python工具,用于评估基因组预测在复杂情况下的表现。该工具可以模拟任何数量的由任意数量的因果位点决定的复杂表型,可实现了GBLUP、SSGBLUP、PBLUP等,并支持多种基因组预测方法和复杂染色体类型。作者使用了果蝇和四倍体马铃薯的数据集进行了测试,并展示了 阅读全文
posted @ 2024-06-15 22:59 生物信息与育种 阅读(38) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:这是美国爱荷华州立大学工业工程系王立志老师联合同校老师发表的一篇文章。Front. Plant Sci.虽然影响因子不高(大家应该都知道偏应用的数量遗传学发表的期刊普遍不高),但本文的引用还是蛮高的,好像是年度最佳论文之一吧。 本文介绍了一种基于深度学习的框架,用于预测作物产量。该框架结合使用卷积神 阅读全文
posted @ 2024-06-15 22:58 生物信息与育种 阅读(89) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:今天小编给大家推荐一本关于基因编辑的科普故事书。此书曾入选中信出版2022年度好书,豆瓣读书评分也高达8.7分,值得一阅。 此书作者沃尔特·艾萨克森(Walter Isaacson)是美国知名传记作家,杜兰大学历史学教授,《时代周刊》前主编,CNN前董事长兼首席执行官。其他畅销传记作品有《史蒂夫·乔 阅读全文
posted @ 2024-06-15 22:57 生物信息与育种 阅读(37) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:通用集成多组学数据集包 MOFA2 包含一系列用于训练和分析多组因子分析 (MOFA) 的工具。MOFA是一种概率因子模型,旨在从可以包含多个组学层和/或样本组的数据集中识别变异的主轴。有关样品的其他时间或空间信息可以使用MEFISTO框架进行合并,该框架是MOFA2的一部分。下游分析功能可用于检查 阅读全文
posted @ 2024-06-15 22:56 生物信息与育种 阅读(208) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:问题 群友发来一个问题,来自一篇文献中的图。 分析 这幅图很明显是一个对角矩阵的统计图形,用R中GGally包的ggpairs() 函数就可以快速绘制。 案例如下: library(GGally) head(tips) pm <- ggpairs(tips) pm 绘图 我将模拟一个数据绘制。 li 阅读全文
posted @ 2024-06-15 22:55 生物信息与育种 阅读(23) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:《生物信息学》联合国内高校学者,紧密跟踪学科发展,提炼学科精华,编写完成。全书涵盖了生物信息学、系统生物学、合成生物学的相关内容,以及应用于第二代测序技术的相关软件和算法。第一、二、三版出版以来,越来越多的高校将其作为首选专业教材或选修教材。作为科学出版社普通高等教育“十四五”规划教材,第四版在修订 阅读全文
posted @ 2024-06-15 22:52 生物信息与育种 阅读(2840) 评论(1) 推荐(0) 编辑
摘要:推荐一本理论与实践相结合的作物育种教材——《作物育种理论与案例分析(第二版)》,由科学出版社2022-03出版,作为“十三五”普通高等教育研究生规划教材、创新型现代农林院校研究生系列教材、全国农业专业学位研究生教育指导委员会推荐教材。 该书由中国农业大学校长孙其信院士主编,总体内容比较新,引进大量的 阅读全文
posted @ 2024-06-15 22:51 生物信息与育种 阅读(61) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:目录论文概述论文速读论文方法论文实验论文总结 论文概述 本文主要探讨了第三代测序技术在不同基因组中的组装策略比较。随着长读序列技术的发展,如Pacific Biosciences和Oxford Nanopore技术,组装精度和计算成本得到了显著提高。然而,从头组装仍然存在计算成本高、结果质量差等挑战 阅读全文
posted @ 2024-06-15 22:49 生物信息与育种 阅读(172) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:目录GS架构GS模型GS论文GS工具影响GS因素总结 过去的二十年,GS已被全球动物育种计划广泛采用,因为它有可能提高选择准确性,最大限度地减少表型,缩短周期和增加遗传增益。此外,鉴于GS在提高小麦、玉米和水稻等谷类作物的产量、生物和非生物胁迫耐受性以及品质方面取得了可喜的初步评估结果,因此正在探索 阅读全文
posted @ 2024-06-15 22:48 生物信息与育种 阅读(49) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:现代玉米育种中,提高品种耐密性和种植密度是提高玉米单产的关键措施。玉米密植后群体通风、透光性降低,会引起避荫反应,造成株高和穗位高增加、抗生物和非生物胁迫能力降低、植株抗倒性降低,并最终导致产量损失。因此,培育耐密理想株型玉米是提高玉米耐密性的重要途径。 2023年12月22日,华南农大王海洋教授与 阅读全文
posted @ 2024-06-15 22:46 生物信息与育种 阅读(88) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:这篇论文介绍了一种使用YOLO算法进行植物检测和计数的技术,旨在为农业实践提供一种自动化、有效的解决方案。作者通过收集大量的农田照片,并对每张照片中的植物实例进行精确的边界框标注,训练了这个算法。YOLO算法以其实时物体检测能力而闻名,在图像中将输入图像划分为网格,并预测每个网格单元格的边界框和类别 阅读全文
posted @ 2024-06-15 22:46 生物信息与育种 阅读(210) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:在GS领域,虽然已经开发了众多统计模型,但其中大多数是针对数量连续性状的,只有少数是针对离散性状。近日,CIMMYT的Jose Crossa(数量遗传学领域大佬,详见:https://www.cimmyt.org/people/jose-crossa/)针对离散性状提出了一个在贝叶斯框架下的离散对数 阅读全文
posted @ 2024-06-15 22:44 生物信息与育种 阅读(17) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:2015年,我开通了微信公众号。自诩文青,发过几篇疼痛文字。现在大多已删,由于太尬,能抠出三室两厅那种。现在能看到的最早一篇是张泉灵的央视离职日记:生命的后半段,您看了就知道有多尬。 后面几年,粉丝寥寥,阅读可数,也很少更新,没想着做大做强,甚至有意回避推广,怕别人看到。 工作做生信搞数据分析,慢慢 阅读全文
posted @ 2024-06-15 22:43 生物信息与育种 阅读(39) 评论(0) 推荐(1) 编辑
摘要:2024年1月13日,中国农科院深圳基因组研究所武志强教授团队综述了植物细胞器基因组研究进展,文章发表在《Trends in Plant Science》,题为:Plant organellar genomes: much done, much more to do。 质体和线粒体是唯一具有内共生起 阅读全文
posted @ 2024-06-15 22:41 生物信息与育种 阅读(83) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:今日介绍一家大数据AI超级独角兽公司,以及它如何与当前生物基因组学相结合。它就是Databricks,没错,俗称“砖厂”。 Databricks简介 Databricks公司诞生于2013年,是属于Spark的商业化公司,创始人来自Apache Spark大数据处理系统的创始团队,包括加州大学伯克利 阅读全文
posted @ 2024-06-15 22:40 生物信息与育种 阅读(882) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:今天处理一个客户的基因型数据,遇到了一个格式转化的问题。 我想将标准vcf转为某特定格式(类hapmap),之前基于pysam库写了一个比较成熟的脚本,运行了n年都没问题。 但这次出错如下: a,b = v['GT'] ValueError: not enough values to unpack 阅读全文
posted @ 2024-06-15 22:37 生物信息与育种 阅读(56) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:今年4月,华中农业大学焦文标团队在Genome Biology上发表论文:A comprehensive benchmark of graph‑based genetic variant genotyping algorithms on plant genomes for creating an a 阅读全文
posted @ 2024-06-15 22:32 生物信息与育种 阅读(52) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:昆士兰大学Robert J. Henry教授团队利用改进的单倍型水平基因组组装揭示更多的水稻基因。 本研究利用更准确的测序技术,分析组装了一个改进的单倍型水平水稻基因组。该改进的基因组组装包含了早期基因组序列中缺失的区域,并且基于更高的序列准确性注释了3000多个新的基因。这个单倍体型基因组将成为水 阅读全文
posted @ 2024-06-15 22:31 生物信息与育种 阅读(38) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:今年2月,Nature Biotechnology在线发表论文:Quality assessment of gene repertoire annotations with OMArk,描述了一个用于评估蛋白质编码基因注释质量的OMArk软件包。 许多研究直接依赖于从基因组组装中预测的蛋白质编码基因 阅读全文
posted @ 2024-06-15 22:28 生物信息与育种 阅读(311) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:Sandbox.bio 是一个生物信息学沙盒平台,允许用户在安全隔离的环境中运行生物信息学实验。它提供各种工具和资源,包括数据库、算法和工具包,可用于各种生物信息学任务,例如数据分析、模型构建和机器学习。 网站:https://sandbox.bio/ 可以从零练习Linux基本操作,以及生信相关的 阅读全文
posted @ 2024-06-15 22:23 生物信息与育种 阅读(141) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:推荐一个高效做PCA分析的工具,从VCF文件到直接出图的一键式分析,对于小白非常友好。小明哥刚开发时小编就在用了,那时还叫MingPCACluster,今年五月终于发表见刊,恭喜。 VCF2PCACluster 是基于群体SNP数据VCF格式开发的PCA分析和聚类软件,同时兼并了Genotype 等 阅读全文
posted @ 2024-06-15 22:09 生物信息与育种 阅读(282) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:The Breeding API (BrAPI) 项目旨在实现植物育种数据库之间的互操作性。 BrAPI 是一个标准化的 RESTful Web 服务 API 规范,用于交流植物育种数据,包括基因型和表型。 BrAPI 非常灵活,可以处理各种用例。社区也非常强大(https://brapi.org/ 阅读全文
posted @ 2024-06-15 22:01 生物信息与育种 阅读(36) 评论(0) 推荐(0) 编辑

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