11 2023 档案

摘要:多基因组比对 (multiple genome alignment, MGA)首先要定义多序列比对 (multiple sequence alignment, MSA)。MSA 是将同源关系分配给 3 个或更多序列的方法(对于 2 个序列,使用“成对”而非“多个”),其中一组核苷酸是同源的,如果它们 阅读全文
posted @ 2023-11-11 16:38 生物信息与育种 阅读(170) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:目录主要结果主要方法数据策略工具问题来了 2023年9月29日,哈尔滨工业大学王亚东团队联合中国农科院韩天富团队在bioRxiv发表了题为“A telomere-to-telomere genome assembly of Zhonghuang 13, a widely-grown soybean 阅读全文
posted @ 2023-11-11 16:37 生物信息与育种 阅读(280) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:11月6日,OpenAI在旧金山举办首届开发者大会,发布了更强大、更便宜(根本不!)的GPT-4Turbo,做出六大升级:更长的上下文长度、更强的控制、知识升级、多模态、模型微调定制和更高的速率限制。 每个功能又强化了,于是我再次试了下文生图工具DALL·E,看看它的绘图功能到底如何了。 试试领域相 阅读全文
posted @ 2023-11-11 16:36 生物信息与育种 阅读(108) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:目录背景信息论文背景:过去方案:论文的Motivation:实验方法主要结果代码获取 澳大利亚国立大学生物研究院研究团队使用机器学习模型分析了大规模农田试验数据和卫星数据,成功预测了重要农作物特征,并揭示了作物行为的驱动因素和复杂相互作用。 背景信息 论文背景: 预计到2050年,全球人口将增加20 阅读全文
posted @ 2023-11-11 16:36 生物信息与育种 阅读(43) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:目录模型部署概述R语言模型云端/服务器部署httpuvjugopencpufieryplumberRserveRestRserve结语 模型部署概述 数据科学项目的生命周期通常以迭代方式执行以下主要阶段: 业务理解(Business understanding) 数据采集和理解(Data acqui 阅读全文
posted @ 2023-11-11 16:35 生物信息与育种 阅读(92) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:Dr. Qi Sun是康奈尔大学高级研究员和生物信息学中心主任,长期以来从事生物信息学工作,在大数据的管理与分析上,特别是Genotype-By-Sequence (GBS),RNA-seq,ChIP-seq,small RNA,基因调控网络等方面积累了丰富的经验。在Science,Cell,Nat 阅读全文
posted @ 2023-11-11 16:34 生物信息与育种 阅读(42) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:目录需求描述尝试解决正确解决 需求描述 一个很简单的需求:一批水稻材料的芯片数据(位点少),想看看它们在3K Rice中处于何种亚群和位置。就需要将芯片位点与3K RG位点整合后进行分析。 已知3K Rice位点可从SNP-Seek中下载:https://snp-seek.irri.org/_dow 阅读全文
posted @ 2023-11-11 16:34 生物信息与育种 阅读(483) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:目录深度学习:概念、工具和注意事项沿着分子生物学的中心法则进行深度学习DNA和基因特性蛋白质特性模型和数据共享理解基因组变异:从关联到因果关系和分子机制深度学习育种4.0:编辑育种结论 植物基因组学取得了巨大进步,其特点是高通量技术的爆炸式增长,以低成本识别多维全基因组分子表型。更重要的是,基因组学 阅读全文
posted @ 2023-11-11 16:32 生物信息与育种 阅读(107) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:目录课程介绍培训形式课程对象课程收获课程安排主讲专家收费标准扫码报名交费方式联系方式 课程介绍 全基因组选择(Genomic selection, GS)是一种利用覆盖全基因组的高密度标记进行选择育种的新方法,简言之就是在全基因组范围内的标记辅助选择。全基因组选择作为新一代的育种技术,通过构建预测模 阅读全文
posted @ 2023-11-04 22:28 生物信息与育种 阅读(161) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:代谢组学(Metabolomics)是在20世纪90年代末兴起的新兴学科,它是在基因组学和蛋白质组学之后发展起来的一项新的组学技术,同时也是系统生物学的重要组成领域。 代谢组学探讨了在生物体受到干扰后(如基因改变或环境变化)其内源性代谢物种类、数量和变化规律。它着眼于研究生物整体、器官或组织中代谢途 阅读全文
posted @ 2023-11-03 22:44 生物信息与育种 阅读(206) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:最近看到微信公众号:“生物信息与育种” 的文章阅读量太低了,粉丝量基础也很少。可能是做动植物基因组和育种相关工作的人员基数相对较少,而且我也没有主动去推。于是想着把以前做的的蛋白质组学部分笔记迁移到公众号上,一是为内容备份,二是为增加粉丝和阅读量。不过这些笔记是几年前的了,可能已经跟不上前沿的发展, 阅读全文
posted @ 2023-11-03 21:50 生物信息与育种 阅读(328) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:目录图形泛基因组的构建图泛构建方法获取和合并PAV变异图泛的存储格式线性参考基因组坐标的恢复图泛的可视化图泛的注释基因结构注释图泛的变异注释结构变异鉴定与基因分型图泛比对软件的优势图泛的应用功能元件的鉴定现有物种中的图泛规模基于图泛的GWAS未来应用结论与未来展望 图形泛基因组(图泛)以节点和路径的 阅读全文
posted @ 2023-11-02 22:24 生物信息与育种 阅读(1238) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:目录深度学习:概念、工具和注意事项沿着分子生物学的中心法则进行深度学习DNA和基因特性蛋白质特性模型和数据共享理解基因组变异:从关联到因果关系和分子机制深度学习育种4.0:编辑育种结论 植物基因组学取得了巨大进步,其特点是高通量技术的爆炸式增长,以低成本识别多维全基因组分子表型。更重要的是,基因组学 阅读全文
posted @ 2023-11-02 22:23 生物信息与育种 阅读(112) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:目录GS应用的四个场景情景1情景2情景3情景4 本文整理自Giovanny E Covarrubias Pazaran博士的报告《Genomic Selection in R》,他是国际水稻研究所植物育种和遗传学博士,具有强大的统计学背景以及具有从事育种计划和实践研究的丰富经验,是R和SAS等不同软 阅读全文
posted @ 2023-11-01 20:35 生物信息与育种 阅读(147) 评论(0) 推荐(0) 编辑

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