08 2022 档案

摘要:Science Bulletin | 中国农科院作科所徐建龙&邱丽娟:大豆种质资源组学数据库SoyFGBv2.0搭建 A general model for “germplasm-omics” data sharing and mining: a case study of SoyFGB v2.0 阅读全文
posted @ 2022-08-28 15:54 生物信息与育种 阅读(384) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:Hortic Res | 武汉大学李家儒:盾叶薯蓣高质量基因组解析与薯蓣皂苷生物合成进化 **The genome of Dioscorea zingiberensis sheds light on the biosynthesis, origin and evolution of the medi 阅读全文
posted @ 2022-08-28 15:52 生物信息与育种 阅读(271) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:限制智能育种的最大因素无疑仍是成本。 现代育种真的已经能动辄几百上千群体测序来进行辅助育种了吗?实际育种中恐怕芯片测序的钱都舍不得花,成本如何降低? 水稻已组装或重测序近万份骨干系材料,如何有效利用到育种?每年品比、区试积累的大量数据如何积累、规范并辅助育种? 未测序材料及后续无数后代材料,单样几十 阅读全文
posted @ 2022-08-26 15:03 生物信息与育种 阅读(80) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:从杂交基因组到杂种优势性状输出:挑战与机遇 From hybrid genomes to heterotic trait output: Challenges and opportunities. Current Opinion in Plant Biology 2022, 66:102193 北京 阅读全文
posted @ 2022-08-26 14:50 生物信息与育种 阅读(2271) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:围绕故事设计实验 统计学意义-实验重复的重要性 避免数据堆积 自己完成数据后期挖掘工作 让数据说话-寻找突破口 图形让我们更好理解数据 讨论-深入了解数据背后的故事 来自海南大学夏志强老师的建议 阅读全文
posted @ 2022-08-26 14:26 生物信息与育种 阅读(116) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:[toc] # 1.GO富集 ## 使用orgDb 通过使用Bioconductor的AnnotationHub在线检索并抓取OrgDb。 [非模式基因GO富集分析:以玉米为例+使用OrgDb](https://guangchuangyu.github.io/cn/2017/07/clusterpr 阅读全文
posted @ 2022-08-18 17:09 生物信息与育种 阅读(1305) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:KASP的特点 在过去30 年中,分子标记从低通量限制性片段长度多态性(RFLP)开始,到最近达到的基于NGS 技术的SNP 标记,已经经历了三代。竞争性等位基因特异性PCR(kompetitive allele-specific PCR,KASP)是一种基于荧光的同质基因分型技术,最初由英国KBi 阅读全文
posted @ 2022-08-17 15:23 生物信息与育种 阅读(1425) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:问题描述 客户一个测序原始数据在百度网盘上待分析。一般思路是下载到本地,再转移到服务器。但这样相当于数据转移两次,如果客户不给你账号密码,可能还得转移三次。而百度网盘这尿性,下载会很慢很慢。 解决方案 网上查了下,百度网盘提供了一个开放的api,使用服务器的命令行即可直接下载数据。 pip inst 阅读全文
posted @ 2022-08-12 17:48 生物信息与育种 阅读(3689) 评论(1) 推荐(0) 编辑
摘要:1. SNP芯片 目前最常用的全基因组SNP分型方法,主流的SNP芯片: Illumina Infinium技术。全基因组扩增,不需PCR,采用50 mer寡核苷酸探针退火,利用特异荧光基团判定基因型。 Axiom原位光刻技术(原Affymetrix公司,后被Thermo收购)。需对DNA定量后进行 阅读全文
posted @ 2022-08-10 23:53 生物信息与育种 阅读(955) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:目前水稻、小麦和玉米等作物GS应用主要在两个有代表性的国际组织开展,一是国际玉米小麦改良中心(CIMMYT),二是国际水稻所(IRRI),这两个都是国际农业研究协商小组(CGIAR)下属16个国际农业研究中心之一。本文(Genomic Prediction: Progress and Perspec 阅读全文
posted @ 2022-08-10 21:51 生物信息与育种 阅读(907) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:问题描述 测序公司产出的数据到阿里云OSS,随手一个数据链接。 直接复制到本地浏览器没问题: 但在服务器用wget或curl却出现403 Forbidden: 解决 URL 里面包含特殊字符 比如 &,导致 URL 被截断,造成请求 URL 不完整,OSS 中不存在对应的文件信息,所以访问被拒绝提示 阅读全文
posted @ 2022-08-10 18:10 生物信息与育种 阅读(624) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:一大早起来又是噩耗,PBJ也拒了,fuck。 文章被抢后,投的很艰难。 MP——>GB——>GR——>NewP——>PBJ,希望一次次破灭,现在只求快点投出去,>5就行了。 阅读全文
posted @ 2022-08-09 12:47 生物信息与育种 阅读(113) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:基本介绍 作物智能设计育种是基于作物重要农艺性状形成的遗传和分子基础,通过人工智能决策系统设计最佳育种方案,进而定向、高效改良和培育作物新品种的一门新兴前沿交叉学科。 根据理论基础和技术手段的不同,未来智能设计育种可以分为两种范式: 一是智能化的杂交育种,根据作物目标性状的遗传结构,采用分子标记辅助 阅读全文
posted @ 2022-08-08 23:49 生物信息与育种 阅读(465) 评论(0) 推荐(0) 编辑

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