05 2022 档案
摘要：变异、基因表达和表型三者之间的关系很复杂，近期研究相关，头都想破了。然而很早以前就有人研究并总结过了。这里贴一个2015年发表NG上的TWAS综述，备忘。 TWAS研究路线： SNP、基因表达和表型三者之间的关系类型划分： Gusev A et al., Integrative approaches
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摘要：Cell | 黄学辉/黄三文/韩斌/李家洋受邀发表作物驯化育种的遗传学研究综述 The integrated genomics of crop domestication and breeding 该论文系统梳理了近十年作物遗传学领域的重要研究进展，包括对作物遗传信息的读取（作物参考基因组和群体基因
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摘要：由临床蛋白质组学转化医学界的黑马——西湖欧米公司（西湖大学郭天南创办）组织的科技论文写作，主要针对蛋白质组学领域。 目前由Torsten Juelich培训英文写作的基本语法与规范。往期视频可在西湖欧米官网或者微信视频号观看。 https://westlakeomics.com/news/styli
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摘要：BQSR vs. VQSR BQSR (Base Quality Score Recalibration)表示碱基质量值重校正。简言之，这是一个检测系统性错误的数据预处理步骤，用于检查测序仪估计每个碱基检测的准确性。 主要考虑了碱基在reads中的位置、上下文环境和原始质量值这三个因素，首先计算出原
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摘要：给一起学习基因组云计算的小伙伴推荐一本书，《Genomics in the Cloud：Using Docker, GATK, and WDL in Terra》，作者是GATK社区管理员，2020年出版，还算比较新吧。 Github地址： genomics-in-the-cloud 本书涵盖内容：
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摘要：Nature | 瑞典隆德食品科学组织：燕麦基因组为健康谷物提供新见解 The mosaic oat genome gives insights into a uniquely healthy cereal crop 栽培燕麦 (Avena sativa L.) 是一种异源六倍体 (AACCDD,
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摘要：简介 R包SpATS （Spatial Analysis of field Trials with Splines） 通过使用P-splines方法，校正植物育种田间试验中的空间异质性，如不同田间地块的管理措施（施肥打药等）或其他各种不稳定的空间趋势带来的影响。 以使用二维（2-D）平滑表面模拟随机
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摘要：最近调研，总结了一些公司推出的基因组计算加速产品和方案。简单罗列下几个平台，主要针对GATK流程加速。 腾讯云：双螺旋 2017年发布，一体化的数据管理PaaS平台，可进行传、存、算、管等工作。 加速原理：FPGA极光异构系统。 30x WGS运行时间：2.8h。 http://www.baiema
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摘要：Nature Genetics | 福建农林大学等：揭示植物基因枪介导的转基因过程及番木瓜的驯化历史 SunUp and Sunset genomes revealed impact of particle bombardment mediated transformation and domest
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摘要：WDL可以使用本地、集群、云端三种模式来跑流程，本地运行是不需要服务器后台配置文件，而另外两种需要配置文件。 本地运行 下载cromwell和womtool到本地服务器，地址：https://github.com/broadinstitute/cromwell/releases 不建议下载最新版本，
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摘要：这个报告来自扬州大学徐辰武老师，比较系统地总结了他们在GS应用于作物（主要是水稻）方面的研究，值得一看。 动物育种一般只考虑加性效应，而在植物育种中，除了加性效应，往往还需考虑显性和上位性效应，尤其是对杂交种预测。 MV-ADV：其他性状对目标性状有影响，作为协变量处理。 以上是测试群体有表型的情况
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摘要：功能 使用BWA + GATK进行变异检测的最佳实践流程，且优化为按染色体切分，并行进行变异检测和BQSR步骤，加快分析进度。 流程图 input.json { "wgs.apply_bqsr.cpu": 32, "wgs.apply_bqsr.disks": "local-disk 250 clo
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摘要：功能 输入（Pair End）测序序列文件，利用fastp进行QC和质量过滤（包括质量QC统计，Adapter去除，序列trimming，过滤等），生成Clean Reads文件，以及html的报告。 input.json { "fastp.pair_end.adapter_sequence": "
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摘要：WDL开发工具IDE介绍 vim-wdl插件：https://github.com/broadinstitute/vim-wdl Vscode插件：推荐 语法校验：WOMtool https://cromwell.readthedocs.io/en/stable/WOMtool/ 脚本实践 应用示例
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摘要：变量 WDL的变量不同于一般语言变量，应该叫“占位符”——一旦赋值之后，不能在后续运行中变化 “先声明，再使用”，变量类型有严格规定，主要体现在String和File 变量可出现在workflow和task，也可以在runtime属性中，使用变量，提高流程灵活性 基础数据类型 File File是指
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摘要：内置函数主要分为三大类： 输入输出：stdout, stderr,read_tsv 信息获取类：defined, glob, basename, select_first 变量操作：prefix, sub WDL函数的目的主要在于粘合task，不要用于一般的数据处理操作（放在task中处理） 输入输
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摘要：WDL（Workflow Description Language）Broad Institute推出，描述流程。 解决的核心问题：复杂问题的执行和资源管理。将更多精力放在如何实现功能（如比对、处理、绘图等 ），而作业运行（执行顺序、软件版本记录等）交给WDL。 语法定义参考Python。 版本：d
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摘要：WDL语言基本概念 两级结构：workflow, task runtime：镜像，memory等 output可以没有，如重命名等操作。 A、B无顺序要求 WDL脚本基本结构 task 1. 输入 文件、数值、字符串等信息 task fastq_to_bam{ File fastq File ref
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摘要：背景 调控基因的表达可实现植物表型和重要农艺性状的定向改变 • SV影响基因表达 （2020，Cell: Major Impacts of Widespread Structural Variation on Gene Expression and Crop Improvement in Tomat
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摘要：Plant Com | 浙大张国平&湖南农大吴德志：解析盐生植物海大麦基因组及其耐盐机制 The genome and gene editing system of sea barleygrass provide a novel platform for cereal domestication a
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