05 2021 档案
摘要：问题 原问题来自：How to calculate overlapping genes between two genome annotation versions？ 其实可分为两个问题： 一是我组装了一个新的基因组，做了多个注释版本，如何比较它们的feature？比如gene 二是我组装了一个新的
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摘要：基因组长度 利用seqkit统计长度 seqkit stat test.fa 结果如下： file format type num_seqs sum_len min_len avg_len max_len test.fa FASTA DNA 149 396,098,845 10,246 2,658,
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摘要：1. FastqCount简介 快速实用小工具：FastqCount https://github.com/zhimenggan/FastqCount 统计指标包括： Total Reads Total Bases N Bases Q20 Q30 GC 2. 使用 压缩文件可搭配pigz使用更香。
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摘要：记录下braker2的使用要点，以备忘记。 流程使用 braker2有很多流程，根据你的数据：组装的基因组、转录组、蛋白（同源，包括近缘或远缘）选择不同流程，官网有说明： https://github.com/Gaius-Augustus/BRAKER 现在的动植物组装，大多数都含有以上三类数据吧，
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摘要：samtools用conda安装后，总是出现共享库缺失的报错。即便你刚安装samtools时可以用，但后面在同一环境中安装其他相关软件，有可能产生了冲突，导致库替换，因而报错。 避免这种情况，可能最好是给samtools单独一个环境。但我不喜欢这样，我的习惯是一般做一件事才建一个环境，不然环境太多了
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摘要：之前最多只做过两类单水平的分面，即两两组合的面板图。如果某类超过两个水平呢？ 一类的分面：facet_wrap(~ align) 两类的分面（x轴和y轴）：facet_grid(align ~ gender) 如果某类超过两水平，如何实现？ 很简单：facet_wrap(~ align + gend
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摘要：前言 通常我们用rbind和cbind合并相同行列的数据框。当两个数据框具有不同行列数目时，直接用会报错。 > df1 <- data.frame(a = c(1:5), c = c(6:10));df1 a c 1 1 6 2 2 7 3 3 8 4 4 9 5 5 10 > df2 <- dat
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摘要：生信其实很简单，就是用别人的工具调参就行了。生信也很折腾，哪一步都可能遇到问题，随时让你疯掉（老辩证法了~）。但是，你遇到的问题大部分人也都经历过。这时，检索技能就显得很重要了。平时Biostar和StackOverflow之类的网站肯定要经常光顾的。 另外，Researchgate论坛上有一些整理
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摘要：ggplot虽然好用，但base才是真正的瑞士军刀，什么都能用，各种自定义图形自由组合，出版级图片用base才是王道。但要达到随心所欲，需要熟练掌握。 legend是比较重要的低级函数，有很多细节处理，用的时候记不起来，实践的时候也要调来调去。这里转载一篇博文，比较详细，不要刻意去记，用的时候对照一
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摘要：在GWAS分析的结果中，偶尔会遇到到pvalue为0的SNP位点，这时如果直接做曼哈顿或QQ图，会出错，因为log0无意义。 此时，该如何处理？ 如果你用的是Plink1.9来做的GWAS，可加一个参数： --output-min-p 1e-99，即将小于1e-99的pvalue都当成1e-99，0
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