摘要：
说明 最近在用Python的join函数连接多个列表时，出现了如下两个错误，即合并类型不一致。折腾了很久才找到原因，真是基础不牢，地动山摇。 TypeError: sequence item 3: expected str instance, int found 或 TypeError: can o 阅读全文
摘要：
人类微生物组计划HMP https://commonfund.nih.gov/hmp 国家基因库MDB https://db.cngb.org/microbiome/ Human Gut (9.9M) https://db.cngb.org/microbiome/genecatalog/geneca 阅读全文
摘要：
MEGAN（Metagenome Analyzer）是宏基因组学进行物种和功能研究的常用软件，实际上现在的Diamond+MEGAN6已经是一套比较完整的物种和功能注释流程了。 但是由于各种原因，我们在流程中使用的并非最新版。不同版本的MEGAN使用方法差别较大，尤其在命令行模式下。网上的关于这方面 阅读全文
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需求 我有一个物种taxonomy ID的list，想获得相应的物种名，不要一个个去NCBI Taxonomy官网查。反之根据物种名list查询对应的taxid。 实现 因为之前没怎么用过，我的第一个想法是通过下载到集群的taxonomy数据库文件来匹配。一般下载下来的数据库会有names.dmp和 阅读全文
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入门课程 伯明翰大学： Metabolomics: Understanding Metabolism in the 21st Century 数据处理 阿拉巴马大学伯明翰分校5年（2013-2018）workshop： Metabolomics Workshop 阅读全文
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1.实验及质控 ####（1）项目流程 代谢组学分析的特点： 流程长； 样品量大，项目周期长； 个体差异大； 设备不稳定性； 样品复杂，基质效应显著。 所以，质量控制是代谢组学研究基础。 项目流程 样本制备——质谱仪分析——数据预处理——定量及统计分析——定性分析——生信及后续分析 （2）非靶代谢质 阅读全文
摘要：
目的 和转录组或蛋白组的分析原理类似，目的是： 将大量的差异代谢物降维到少量的显著富集的代谢通路，方便解释科学问题； 从通路水平上可以更好解释表型背后的生物学原理/过程。 富集分析方法 富集分析的本质：某个代谢通路在不同的状态下（如疾病与健康）是否发生了显著变化？ ORA富集 回答的问题：一个代谢物 阅读全文
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概念 生物标志物，即传说中的biomarker，是一类可测量的，用来表征疾病状态的物质，通常用于表征： 疾病的状态（是否为某种疾病/某种亚型）； 药物敏感性，用于用药指导； 生理状态监测。 类型 预后指标 预测疾病的预后效果（独立于治疗），如AB1-42可用于诊断老年痴呆预后。 预测型标志物 预测疾 阅读全文
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非靶向代谢组实验设计 1.代谢物提取，一般要求每组至少10个样； 2.在所有提取好的样本中取等量混合作为QC； 3.QC样本与实验样本穿插上机，开始十个QC，结尾三个QC，中间每十个样本穿插一个QC样本 。 得到质谱谱图数据经软件处理后得到峰表。 峰表格式一般为：每行为一个m/z，每列为一个样本 数 阅读全文
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代谢物的鉴定流程 蛋白组比基因组和转录组落后一档次，代谢组学比蛋白组又落后一档次，仅化合物的鉴定就让人头疼。 流程如下： 化合物精确质量数 数据库检索 一级鉴定（筛选分子量相同的离子）。解决质量数问题。 一级鉴定（通过同位素分布比对，筛选分子量和元素组成相同的离子）。解决同位素问题。 二级鉴定。通过 阅读全文
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基本概念 代谢物：所有分子量小于1500Da的小分子物质，包括糖类、核苷、有机酸、酮类化合物、多肽、氨基酸、有机胺类、醛类化合物、脂质、萜类、类固醇、生物碱、小分子药物等等。 代谢组：一个细胞、组织、器官中所有代谢物的集合。 代谢组学：利用高通量的技术来鉴定和定量一个细胞、组织或器官中所有小分子或代 阅读全文