12 2020 档案
摘要：说明 最近在用Python的join函数连接多个列表时，出现了如下两个错误，即合并类型不一致。折腾了很久才找到原因，真是基础不牢，地动山摇。 TypeError: sequence item 3: expected str instance, int found 或 TypeError: can o
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摘要：人类微生物组计划HMP https://commonfund.nih.gov/hmp 国家基因库MDB https://db.cngb.org/microbiome/ Human Gut (9.9M) https://db.cngb.org/microbiome/genecatalog/geneca
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摘要：MEGAN（Metagenome Analyzer）是宏基因组学进行物种和功能研究的常用软件，实际上现在的Diamond+MEGAN6已经是一套比较完整的物种和功能注释流程了。 但是由于各种原因，我们在流程中使用的并非最新版。不同版本的MEGAN使用方法差别较大，尤其在命令行模式下。网上的关于这方面
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摘要：需求 我有一个物种taxonomy ID的list，想获得相应的物种名，不要一个个去NCBI Taxonomy官网查。反之根据物种名list查询对应的taxid。 实现 因为之前没怎么用过，我的第一个想法是通过下载到集群的taxonomy数据库文件来匹配。一般下载下来的数据库会有names.dmp和
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摘要：入门课程 伯明翰大学： Metabolomics: Understanding Metabolism in the 21st Century 数据处理 阿拉巴马大学伯明翰分校5年（2013-2018）workshop： Metabolomics Workshop
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摘要：1.实验及质控 ####（1）项目流程 代谢组学分析的特点： 流程长； 样品量大，项目周期长； 个体差异大； 设备不稳定性； 样品复杂，基质效应显著。 所以，质量控制是代谢组学研究基础。 项目流程 样本制备——质谱仪分析——数据预处理——定量及统计分析——定性分析——生信及后续分析 （2）非靶代谢质
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摘要：目的 和转录组或蛋白组的分析原理类似，目的是： 将大量的差异代谢物降维到少量的显著富集的代谢通路，方便解释科学问题； 从通路水平上可以更好解释表型背后的生物学原理/过程。 富集分析方法 富集分析的本质：某个代谢通路在不同的状态下（如疾病与健康）是否发生了显著变化？ ORA富集 回答的问题：一个代谢物
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摘要：概念 生物标志物，即传说中的biomarker，是一类可测量的，用来表征疾病状态的物质，通常用于表征： 疾病的状态（是否为某种疾病/某种亚型）； 药物敏感性，用于用药指导； 生理状态监测。 类型 预后指标 预测疾病的预后效果（独立于治疗），如AB1-42可用于诊断老年痴呆预后。 预测型标志物 预测疾
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摘要：非靶向代谢组实验设计 1.代谢物提取，一般要求每组至少10个样； 2.在所有提取好的样本中取等量混合作为QC； 3.QC样本与实验样本穿插上机，开始十个QC，结尾三个QC，中间每十个样本穿插一个QC样本 。 得到质谱谱图数据经软件处理后得到峰表。 峰表格式一般为：每行为一个m/z，每列为一个样本 数
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摘要：代谢物的鉴定流程 蛋白组比基因组和转录组落后一档次，代谢组学比蛋白组又落后一档次，仅化合物的鉴定就让人头疼。 流程如下： 化合物精确质量数 数据库检索 一级鉴定（筛选分子量相同的离子）。解决质量数问题。 一级鉴定（通过同位素分布比对，筛选分子量和元素组成相同的离子）。解决同位素问题。 二级鉴定。通过
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摘要：基本概念 代谢物：所有分子量小于1500Da的小分子物质，包括糖类、核苷、有机酸、酮类化合物、多肽、氨基酸、有机胺类、醛类化合物、脂质、萜类、类固醇、生物碱、小分子药物等等。 代谢组：一个细胞、组织、器官中所有代谢物的集合。 代谢组学：利用高通量的技术来鉴定和定量一个细胞、组织或器官中所有小分子或代
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摘要：2020年10月张志武老师联合多家单位的大佬撰写的植物GS育种的最新进展，目前还只是预印版（改到第二版）。这篇综述涉及到GS在植物领域应用的最新进展，长达48页。不同于其他的综述描写空洞宽泛，这一篇特别对模型方法进行了介绍，正好解决了我的需求。缺点就是可能重点说明了他们自己开发的算法，其他模型算法介
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摘要：简介 R包sommer内置了C++，运算速度还是比较快的，功能也很丰富，可求解各种复杂模型。语法相比于lme4包也要好懂一些。 建议查看文档：vignette("v1.sommer.quick.start") 混合线性模型关键在于协方差结构的建立，有以下几类： 复合对称（Compound Symme
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摘要：Wox是快速搜索小工具，内置了everything（需要先安装），但比everything好用。不止是搜文件，网页、系统等都可以快速搜索，还可以自定义。 下载安装 地址：https://github.com/Wox-launcher/Wox/releases 插件地址：http://www.wox.
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摘要：1. 优势杂交育种预测 杂交育种：选育优良纯合亲本，再进行亲本配组。 杂种优势与亲本间的遗传差异有关，前人通过遗传标记计算亲本间的遗传距离。但遗传距离和杂种优势的相关性只能在一定程度上定性地评价杂交组合的表现，并不能定量地预测表现。 从利用遗传标记的QTL到早期家畜的BLUP方法，GS应用初具雏形，
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摘要：一文读懂最大似然估计(附R代码) R语言中的最大似然估计 最大似然估计(Maximum likelihood estimation)(通过例子理解) https://blog.csdn.net/qq_39355550/article/details/81809467
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摘要：我们最常用最熟悉的功能数据库之一：GO（gene onotology），基因本体论。其实是一套标准词汇术语，目的是从不同角度来描述某个基因的特点和功能，三大本体如生物学进程（BP）、分子功能（MF）和细胞组分（CC）。 看文献的时候，偶然看到了TO（trait onotology）和CO（crop
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摘要：说明 Admixture通过EM算法一般用于指定亚群分类；或者在不知材料群体结构背景下，通过迭代交叉验证获得error值，取最小error对应的K值为推荐亚群数目。如果我们预先已知群体的类型（百分百确信），那么可以考虑监督分类方法，设置标签，提高分群的准确性。 Admixture目前是1.3.0，文
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摘要：最近看了不少统计基因组方面的资料，以为懂了，其实懵逼。实在是因为统计学基础太菜，似懂非懂，似是而非。记录下自己的理解，求轻喷。 1.GWAS模型 GWAS是表型和基因型之间的相关性分析，然而这个相关性用什么统计方法？ GWAS模型的发展： 1.1卡方检验 实际比例是否符合预期分离比例，若不符合则认为
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摘要：说明 Enhancing Genetic Gain through Genomic Selection: From Livestock to Plants 这篇是徐云碧老师2019年发表在《Plant Communications》上的综述。徐老师是农科院作科所以及CIMMYT的分子育种专家，著有《
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摘要：中国农业大学等多家单位2017年合作发表在《遗传》杂志上的综述，笔记之。 作者中还有李宁院士，不胜唏嘘。 1.概述 GS的两大难题：基因组分型的成本，基因组育种值（genomic estimted breeding value, GEBV）的准确性。 基于个体的基因组估计育种值GEBV比传统基于系谱
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摘要：一个简单的需求： 拼接两个图，一行两列，但不要一样大，让主图占的比例大些（如2/3），另一个图小一些（如1/3） 如上，我想突出曼哈顿图。 R相关的拼图函数及包： 基础函数如par(mar =c(3, 2, 2, 1)), par(mfrow=c(1,2))，layout(matrix(c(2,1)
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摘要：参考： 视频PPT来自欧易生物讲座：如何开启一个动植物基因组三代de novo项目？
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摘要：注：此PPT来自上海交通大学附属第六人民医院陈璐老师的讲座，侵权删。\ 陈老师主要做代谢疾病的，讲座中提到的两个工具可下源码：https://github.com/chentianlu 另外，想要代谢入门的同学可读读她写的代谢组学数据分析综述文章： 梁丹丹，李忆涛，郑晓皎，陈天璐等，代谢组学全功能软
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摘要：1.混合测序基础 测序成本虽然下降了，但对于植物育种应用研究来说还是很高，动不动就上百群体，小小植物个体价值又低，测完了很可能后面就用不到了。这时，混合样本测序是一种省钱的好办法。 混池测序（Pool-seq）相对于GWAS或其他精细定位策略而言，其实是一个初定位产品，其结果很有可能是跟性状相关的候
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摘要：1. 理论 rrBLUP是基因组选择最常用的模型之一，也是间接法模型的代表。回顾一下，所谓间接法是指：在参考群中估计标记效应，再结合预测群的基因型信息将标记效应累加，最终获得预测群的个体估计育种值。而直接法则是指：将个体作为随机效应，参考群体和预测群体遗传信息构建的亲缘关系矩阵作为方差协方差矩阵，通
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摘要：虽然接触了好几年python，但一些细节没有注意。最近看网课，看到这个Windows系统下Python多版本管理的问题，记录下备忘。 假设现在windows环境中有python2，python3和anaconda三个python不同的版本，如何高效随意调用我们想要的那个Python呢？ 我理解的环境
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摘要：最近安装github上的R包，经常显示Error in utils::download.file(url, path, method = method, quiet = quiet, : 无法打开URL'https://api.github.com/repos/之类的错误。起初以为是网络的问题，换了
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