06 2020 档案
摘要：通常，比对NR库后为m8格式，通过NR和GO数据库对应关系文件，写代码整理为Gene——>GO文件，如下： 这里是一对一的关系，要转换为WEGO格式文件，即一对多关系，如下： 用python脚本处理代码示例如下： #! /usr/bin/env python import optargs impor
阅读全文
摘要：已知KEGG数据库中ko_map.tab文件，K——>ko： 目标文件：map——>K 代码示例： #! /usr/bin/perl -w use strict; my %seq; open IN, "ko_map.tab" or die $!; while(<IN>){ chomp; my ($k
阅读全文
摘要：一般而言，我们修改ggplot2图例标题，常用以下三种方法： + guides(fill=guide_legend(title="New Legend Title")) + labs(fill="New Legend Title") + guides(fill=guide_legend(title=
阅读全文
摘要：初始数据类似： 蛋白质组数据虽不是严格的正态分布，但目前最常用的检验方法还是T检验（两组比较）和方差分析（多组比较）。这个话题值得深究，这里不展开。 主要是求多个蛋白的Pvalue值或FDR，用于差异筛选。 Pvalue <- c() type<-factor(c(rep("S01CC",3),re
阅读全文
摘要：初始数据类似如下： 填充下缺失值 data[data==0] <- NA data[is.na(data)] <- min(data,na.rm = T)*0.01 pheatmap(log10(data)) pheatmap(data,scale = "row") 直接取log绘制不报错，但做sc
阅读全文
摘要：1.皮肤 shinydashboard有很多颜色主题和外观的设置。默认为蓝色，可指定黑丝、紫色、绿色、红色和黄色，如dashboardPage(skin = "black")。 个人认为还是蓝色显得稳重一点。 2.注销面板 当使用Shiny Server Pro运行Shinydashboard应用程
阅读全文
摘要：1.Shiny和HTML Shiny UI的构建方式和网页HTML的对应关系。 div(class = "my-class", "Div content") 对应 <div class="my-class">Div content</div> div(class = "my-class", p("P
阅读全文
摘要：shiny和shinydashboard使用虽然简单，但控件众多，需及时总结归纳。 install.packages("shinydashboard") shinydashboard的UI包括三部分结构：头header，侧边栏siderbar和主体body: ## ui.R ## library(s
阅读全文
