04 2020 档案

摘要:表达矩阵 要做两两样本的相关性散点图,并计算标明相关系数。 编写函数要点: 直接在aes中传参是不行的 线性回归表达式 函数 方法1:用!!ensym myplot Ref: "https://stackoverflow.com/questions/15323269/addressing x and 阅读全文
posted @ 2020-04-27 16:29 生物信息与育种 阅读(1750) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:1. docker是啥? 自行Google或百度去。。。 "https://yeasy.gitbooks.io/docker_practice/introduction/what.html" 重要概念: 镜像 image :一个特殊的 root 文件系统,除了提供容器运行时所需的程序、库、资源、配置 阅读全文
posted @ 2020-04-23 11:40 生物信息与育种 阅读(209) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:[toc] 1. eggNOG简介 最近考虑到所用的一些数据库太旧了,需要更新。在整理的时候发现eggNOG数据库在去年的时候已经做了一次更新 "eggNOG 5.0: a hierarchical, functionally and phylogenetically annotated ortho 阅读全文
posted @ 2020-04-22 17:47 生物信息与育种 阅读(10322) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:三联密码表 测试 结果 MFGDAT_R 阅读全文
posted @ 2020-04-20 23:25 生物信息与育种 阅读(3166) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:概念 双核苷酸由任意2个碱基组成 测试1 测试2 结果 AA AT AC TG 阅读全文
posted @ 2020-04-20 23:24 生物信息与育种 阅读(291) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:题目: 随便给定一条序列,如果GC含量超过65%,则认为高。 编程: 测试 解析 Python提供了__future__模块,把下一个新版本的特性导入到当前版本,于是我们就可以在当前版本中测试一些新版本的特性。 主要解决python2版本中和python3不同的一些问题,如print、整数除法、wi 阅读全文
posted @ 2020-04-20 23:23 生物信息与育种 阅读(944) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:输入 input.txt 编码 输出 trimmed.txt 阅读全文
posted @ 2020-04-20 23:22 生物信息与育种 阅读(324) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:已知 genomic_dna.txt exons.txt 编码 结果 coding_sequence.txt 阅读全文
posted @ 2020-04-20 23:21 生物信息与育种 阅读(620) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:本次课程主题为《基于LC MS的非靶向代谢组学》,主要分为 代谢组学简介 、 代谢组学技术简介 、 非靶向代谢组学方法和数据采集 、 非靶向代谢组学数据分析 和 代谢物结构鉴定 几个方面。 一、代谢组简介 基因组学——What can happen;转录组学——What appears to be  阅读全文
posted @ 2020-04-19 18:00 生物信息与育种 阅读(7008) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:代谢是生命体内化学反应的总称,其所包含的代谢物变化规律可直接反映生命体的健康状态。非靶向代谢组学(untargeted metabolomics)可以在系统水平测量生命体内生理或病理状态下所有代谢物的含量变化,为研究其生物学机理提供依据。液相色谱 质谱联用(LC MS)技术是代谢组学研究的主要工具之 阅读全文
posted @ 2020-04-19 17:59 生物信息与育种 阅读(1783) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:Proteoforms/Protein species这个概念还是比较有意义的。 人类结构基因组测序接近尾声,人们就从 结构基因组学研究转向功能基因组学 研究,即对转录组和蛋白质组进行研究。1995年正式提出了”蛋白质组”和”蛋白质组学”的概念,距今已有25年历史了。 蛋白质组学的主要技术包括蛋白质 阅读全文
posted @ 2020-04-19 17:57 生物信息与育种 阅读(1093) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:mGWAS(metabolome based genome wide association studies)的研究方法和GWAS类似,只是将代谢物含量作为表型性状来与基因位点进行关联。但同时它也有自己独特的优势,首先,因为表型测定是比较复杂的,尤其是数量性状表型,极易受环境影响,人为测量可能会有偏 阅读全文
posted @ 2020-04-03 12:10 生物信息与育种 阅读(1826) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:前言 关于蛋白质组学,你是不是已经听了太多公司的宣讲,介绍了一大堆的技术名词,反而越听越懵懂,脑袋一团乱麻?就和传话游戏一样,当我们接收了多手信息以后,得到的信息就越不准确。那么,何不自己看一看第一手信息呢?比如说DIA。 这里只推荐两篇综述。 第一篇是蛋白质组学泰山北斗的Ruedi Aeberso 阅读全文
posted @ 2020-04-02 23:16 生物信息与育种 阅读(5781) 评论(0) 推荐(0) 编辑

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