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说明 接上一篇。 "【Linux】非root安装Python3及其包管理" 上一篇虽然成功安装了Python3及一些常用的模块，但因为一直装不上SSL模块，导致一些包无法安装，尝试了不少方法都失败了（网上好多教程都是错误的，或者是只针对有root权限的用户）。这次重新编译Python3，并一次性解决 阅读全文
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1. Python 3.8.1安装 源码安装常规操作： make后没报错，但出现了如下提示： 下载libssl（替代openssl） "https://ftp.openbsd.org/pub/OpenBSD/LibreSSL/" 源码编译安装成功。我想指定libssl来编译python3，做了如下尝 阅读全文
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外观 Ctrl+滚轮改变字体大小：file -> Setting ->Editor-〉General -> Mouse； 字体、颜色：file->settings->Editor； 主题：file->settings->Editor->appearance->theme 注释颜色：File-->Se 阅读全文
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ggplot2绘图系统——扩展包ggrepel、ggsci、gganimate、ggpubr等 部分扩展包可在CRAN直接下载，有些需借助devtools包从Github下载。 1. ggrepel包 用来在图上添加文字和标签，相比geom_text和geom_label函数，能将重叠的标签分开，并 阅读全文
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R绘制地图原理： R使用一个个多边形（polygon）来表示每个区域，通过顺次连接GIS数据提供的每个区域多边形的坐标来逐点绘制这些多边形，所以理论上只要得到GIS数据就可绘制相应的地图。 地图绘制说明： 必须使用完整的中国地图（包含台湾及南海九段线）； R中大部分包对于中国地图支持不佳，论文发表中 阅读全文
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sjPlot包 适用于社会科学、流行病学中调查数据可视化，且能和SPSS数据无缝对接（流行病学问卷调查录入Epidata软件后，都会转成SPSS格式或EXCEL格式保存）。 辅助包sjmisc进行数据转换，配合sjPlot一起使用。 1.频数分布直方图 2.分组频数图 3.横向堆栈条图 调查问卷可视 阅读全文
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ggplot2绘图系统——图形组合、字体选择、保存输出 1.图形组合 一页多图在基础包中利用par和layout函数来切分画布。 ggplot2是先铺好网格背景，再进行绘图，所以要通过切分网格背景来实现一页多图。 gridExtra包（grid扩展包）可用于图形排列组合、表格对象排列组合、规则多边形 阅读全文
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ggplot2绘图系统——主题函数 1. theme函数 系列函数提供了9种不同的风格。 都只有2个参数：base_size表示文字大小，base_family表示字体。 2. ggthemes包 ggplot2扩展包，包括主题函数和标度函数。 ggthemes包种最常见的12种主题。 除了ggth 阅读全文
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ggplot2绘图系统——图形分面 ggplot2的分面faceting，主要有三个函数： facet_grid facet_wrap facet_null (不分面） 1. facet_grid函数 facet_grid函数及参数: 基本用法 分面的灵活性。 分别定义不同图形的坐标轴取值范围（sc 阅读全文
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ggplot2绘图系统——标题 在期刊杂志中，需要设置的图形标题并不多。 除了图形标题，还有坐标轴标题（标签)、图例标题、脚注等。 标题函数： ,`labs` 坐标轴标题函数： ,`ylab` labs的参数可以是 ，也可以是映射属性，如 等来表示图例标题。 标题调整 通过theme函数的参数 。 阅读全文
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ggplot2绘图系统——位置调整函数 可以参数 来调整，也有专门的函数 系列来设置。 位置函数汇总： 1.排列 并排排列 堆栈排列 2.扰动点 上图b和c的扰动方式稍有不同。 3.水平和垂直的调整 包括 ，`position_nudge geom_point(position='nudge')` 阅读全文
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ggplot2绘图系统——坐标系转换函数 包括饼图、环状条图、玫瑰图、戒指图、坐标翻转。 笛卡尔坐标系（最常见）。 ArcGIS地理坐标系（地图）。 Cartesian坐标系。 polar极坐标系。 利用ploar坐标系绘图 函数及参数： 1. 饼图 去掉饼图中心的空白，只需将条形图的标准宽度设为1 阅读全文
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ggplot2绘图系统——统计变换函数 在几何对象中以参数stat形式出现。 不同的几何对象对应不同的统计变换函数。 以直方图为例，几何对象 与`stat_bin(.., stat='bar')`的作用是一样的。 一般而言，我们不需要对数据进行额外的统计变换，使用默认的就好。但特殊情况时需要用到，如 阅读全文
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ggplot2绘图系统——图例：guide函数、标度函数、overrides.aes参数 图例调整函数 也属于标度函数，但不能单独作为对象使用，即不能如 使用。 1. guides及guides_legend函数 guide_legend函数参数： 结合 函数调整图例。 图例的四种形式： ，使用gu 阅读全文
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ggplot2绘图系统——坐标轴调节 scale函数：图形遥控器。坐标轴标度函数： `scale_y_continous` `scale_y_discrete` 1. 连续型变量坐标轴 函数及其参数： 统计变换参数备选： 3. theme函数调节坐标轴 标度函数和theme调节坐标轴分工稍有不同，前 阅读全文
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ggplot2绘图系统——几何对象汇总 前面介绍了常见的几种基本的几何对象，并且介绍了scale、stat等其他要素。后续将介绍position、themes、coord和faceting等函数。 这里对ggplot2几何对象进行汇总。 具体如下表： 阅读全文
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ggplot2绘图系统——heatmap、geom_rect 这里不介绍更常见的pheatmap包。 1.heatmap函数 基础包。 2.geom_tile ggplot2 中，热图可看作若干个小矩形组成。其几何对象就是rect（矩形）或tile（瓦片），两者效果相同。 阅读全文
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ggplot2绘图系统——添加标签与文本、数学表达式、条形图文本、注释 1. 文本与标签添加 geom_label的文本将以标签形式出现，即文本会带有一个背景色。 geom_text则是纯文本形式展示。 annotaete函数则在图上添加一个注释图层。 文本与标签区别 将散点与文本组合在一起。 变量 阅读全文
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ggplot2绘图系统——几何对象之线图 曲线：点连线、路径曲线、时间序列曲线、模型拟合曲线...... 直线：水平直线、垂直直线、斜线。 1.曲线 对象及其参数。 示例时间序列曲线。 点连线 需要依靠图层叠加。先画点和先画线有细微的区别，即重叠的部分后一个会覆盖前一个。 线条颜色 2.平滑曲线 参 阅读全文
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ggplot2绘图系统——几何对象之盒形图 参数： 示例。 卡槽设置。 颜色设置。 阅读全文