02 2020 档案
摘要：Comprehensive Python Cheatsheet =============================== "Download text file" , "Buy PDF" , "Fork me on GitHub" or "Check out FAQ" . Contents 1
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摘要：表的绘制，主要是临床三线表。 1.tableone包 table1结果： table2结果： 快速导出tableone产出的表格。 ReporteRs包安装失败。 2.table1包 修饰表格。 进一步细节修饰。 这个包更多使用参考： "临床三线表"
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摘要：1.生存曲线 基础包survival+扩展包survminer。 survival包内置肺癌数据集lung。 生存曲线进一步修饰。 其他类型生存曲线绘制。 fun参数默认pct (survival probability in percentage)，即累计生存率，此外fun还可设为cumhaz（c
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摘要：1.海盗图 参数众多，其语法与基础包类似。 基础图。 散点图展示年龄分布，盒形图展示平均年龄，beans展示年龄大致分布，越胖越集中。 不同主题的海盗图。 设置透明度。 自定义坐标轴。 2.词云图 3.日历图 可展示随时间的变化。 如一年中每一天的大气污染物数据。 只展示前3个月的数据。 从上看出计
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摘要：1.plotly包 动态散点图 其他动态图 2. recharts包 接近基础绘图语法。 散点图 其他动态图 3. rChart包 语法近似于lattice绘图系统。在R中实现Polychart、Morris、NVD3等多个js绘图库。 "https://github.com/ramnathv/rC
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摘要：说明 接上一篇。 "【Linux】非root安装Python3及其包管理" 上一篇虽然成功安装了Python3及一些常用的模块，但因为一直装不上SSL模块，导致一些包无法安装，尝试了不少方法都失败了（网上好多教程都是错误的，或者是只针对有root权限的用户）。这次重新编译Python3，并一次性解决
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摘要：1. Python 3.8.1安装 源码安装常规操作： make后没报错，但出现了如下提示： 下载libssl（替代openssl） "https://ftp.openbsd.org/pub/OpenBSD/LibreSSL/" 源码编译安装成功。我想指定libssl来编译python3，做了如下尝
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摘要：外观 Ctrl+滚轮改变字体大小：file -> Setting ->Editor-〉General -> Mouse； 字体、颜色：file->settings->Editor； 主题：file->settings->Editor->appearance->theme 注释颜色：File-->Se
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摘要：ggplot2绘图系统——扩展包ggrepel、ggsci、gganimate、ggpubr等 部分扩展包可在CRAN直接下载，有些需借助devtools包从Github下载。 1. ggrepel包 用来在图上添加文字和标签，相比geom_text和geom_label函数，能将重叠的标签分开，并
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摘要：R绘制地图原理： R使用一个个多边形（polygon）来表示每个区域，通过顺次连接GIS数据提供的每个区域多边形的坐标来逐点绘制这些多边形，所以理论上只要得到GIS数据就可绘制相应的地图。 地图绘制说明： 必须使用完整的中国地图（包含台湾及南海九段线）； R中大部分包对于中国地图支持不佳，论文发表中
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摘要：sjPlot包 适用于社会科学、流行病学中调查数据可视化，且能和SPSS数据无缝对接（流行病学问卷调查录入Epidata软件后，都会转成SPSS格式或EXCEL格式保存）。 辅助包sjmisc进行数据转换，配合sjPlot一起使用。 1.频数分布直方图 2.分组频数图 3.横向堆栈条图 调查问卷可视
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摘要：ggplot2绘图系统——图形组合、字体选择、保存输出 1.图形组合 一页多图在基础包中利用par和layout函数来切分画布。 ggplot2是先铺好网格背景，再进行绘图，所以要通过切分网格背景来实现一页多图。 gridExtra包（grid扩展包）可用于图形排列组合、表格对象排列组合、规则多边形
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摘要：ggplot2绘图系统——主题函数 1. theme函数 系列函数提供了9种不同的风格。 都只有2个参数：base_size表示文字大小，base_family表示字体。 2. ggthemes包 ggplot2扩展包，包括主题函数和标度函数。 ggthemes包种最常见的12种主题。 除了ggth
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摘要：ggplot2绘图系统——图形分面 ggplot2的分面faceting，主要有三个函数： facet_grid facet_wrap facet_null (不分面） 1. facet_grid函数 facet_grid函数及参数: 基本用法 分面的灵活性。 分别定义不同图形的坐标轴取值范围（sc
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摘要：ggplot2绘图系统——标题 在期刊杂志中，需要设置的图形标题并不多。 除了图形标题，还有坐标轴标题（标签)、图例标题、脚注等。 标题函数： ,`labs` 坐标轴标题函数： ,`ylab` labs的参数可以是 ，也可以是映射属性，如 等来表示图例标题。 标题调整 通过theme函数的参数 。
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摘要：ggplot2绘图系统——位置调整函数 可以参数 来调整，也有专门的函数 系列来设置。 位置函数汇总： 1.排列 并排排列 堆栈排列 2.扰动点 上图b和c的扰动方式稍有不同。 3.水平和垂直的调整 包括 ，`position_nudge geom_point(position='nudge')`
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摘要：ggplot2绘图系统——坐标系转换函数 包括饼图、环状条图、玫瑰图、戒指图、坐标翻转。 笛卡尔坐标系（最常见）。 ArcGIS地理坐标系（地图）。 Cartesian坐标系。 polar极坐标系。 利用ploar坐标系绘图 函数及参数： 1. 饼图 去掉饼图中心的空白，只需将条形图的标准宽度设为1
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摘要：ggplot2绘图系统——统计变换函数 在几何对象中以参数stat形式出现。 不同的几何对象对应不同的统计变换函数。 以直方图为例，几何对象 与`stat_bin(.., stat='bar')`的作用是一样的。 一般而言，我们不需要对数据进行额外的统计变换，使用默认的就好。但特殊情况时需要用到，如
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摘要：ggplot2绘图系统——图例：guide函数、标度函数、overrides.aes参数 图例调整函数 也属于标度函数，但不能单独作为对象使用，即不能如 使用。 1. guides及guides_legend函数 guide_legend函数参数： 结合 函数调整图例。 图例的四种形式： ，使用gu
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摘要：ggplot2绘图系统——坐标轴调节 scale函数：图形遥控器。坐标轴标度函数： `scale_y_continous` `scale_y_discrete` 1. 连续型变量坐标轴 函数及其参数： 统计变换参数备选： 3. theme函数调节坐标轴 标度函数和theme调节坐标轴分工稍有不同，前
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摘要：ggplot2绘图系统——几何对象汇总 前面介绍了常见的几种基本的几何对象，并且介绍了scale、stat等其他要素。后续将介绍position、themes、coord和faceting等函数。 这里对ggplot2几何对象进行汇总。 具体如下表：
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摘要：ggplot2绘图系统——heatmap、geom_rect 这里不介绍更常见的pheatmap包。 1.heatmap函数 基础包。 2.geom_tile ggplot2 中，热图可看作若干个小矩形组成。其几何对象就是rect（矩形）或tile（瓦片），两者效果相同。
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摘要：ggplot2绘图系统——添加标签与文本、数学表达式、条形图文本、注释 1. 文本与标签添加 geom_label的文本将以标签形式出现，即文本会带有一个背景色。 geom_text则是纯文本形式展示。 annotaete函数则在图上添加一个注释图层。 文本与标签区别 将散点与文本组合在一起。 变量
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摘要：ggplot2绘图系统——几何对象之线图 曲线：点连线、路径曲线、时间序列曲线、模型拟合曲线...... 直线：水平直线、垂直直线、斜线。 1.曲线 对象及其参数。 示例时间序列曲线。 点连线 需要依靠图层叠加。先画点和先画线有细微的区别，即重叠的部分后一个会覆盖前一个。 线条颜色 2.平滑曲线 参
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摘要：ggplot2绘图系统——几何对象之盒形图 参数： 示例。 卡槽设置。 颜色设置。
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摘要：ggplot2绘图系统——几何对象之散点图 以geom开头的函数超过30个。几何对象和标度函数scale密不可分。只有在aes中传入某个变量，scale才能发挥作用。 所谓标度scale，就是图形遥控器，用于控制元素属性。相对于color/shape等参数而言，可以进行更多、更精确的设置。 颜色标度
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摘要：ggplot2绘图系统——几何对象之直方图、密度图 1.直方图 参数。 示例。 2.概率密度曲线 三种方法： `
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摘要：ggplot2绘图系统——几何对象之条图（包括误差条图） 1.条图 格式： positon: dodge并排 fill堆叠填充标准化为1 stack堆栈 identity不做调整 jitter点扰动 前四种排列方式分别如下图： 条形含义。 自定义条图颜色。 标度函数： type的三种类型与RColo
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摘要：ggplot2绘图系统——图形映射 颜色的映射。 填充映射。 大小的映射。 形状的映射。
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摘要：ggplot2绘图系统 基础绘图包向ggplot2过渡——qplot 绘图理念的不同： 基础绘图包是先铺好画布，再在这张画布上作图（常规思维）； ggplot2打破常规，采用图层叠加的方法。 qplot函数既有plot特点，又体现了ggplot2的特征，是一个过渡函数。 其他类型图形。 透明度。 分
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摘要：R语言基础绘图系统 基础绘图包之低级绘图函数——内置颜色、 1.内置颜色选取 功能657种内置颜色。 调色板函数： 。 palette默认8种颜色。 rgb（red,green,blue)函数，分别加入多少红绿蓝成分，取值0 1。 hsv函数（hue色调，saturation饱和度，value纯度）
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摘要：R语言基础绘图系统 基础绘图包之低级绘图函数——定义坐标轴、图例、文本 低级绘图函数：本身不具备图形绘制能力，只是在已有图形基础上添加元素。 函数|功能 | arrows|添加箭头 axis|坐标轴 box|图形边框 abline|添加直线 clip|修剪图形 locator|识别图中点的坐标 la
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摘要：R语言基础绘图系统 基础绘图包之低级绘图函数——气泡图、一页多图、背景网格、添加线条和散点、数学表达式 4.气泡图 symbols是高级绘图函数，可在图上添加标记，标记的形状包括： . 默认标记圆圈，可用于绘制气泡图 重叠点透明色气泡图. 5. 一页多图 mfrow/mfcol是等距切分画布，不等面
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摘要：R语言基础绘图系统 基础图形——饼图、克利夫兰点图、条件图 6.饼图 7.克利夫兰点图 一种散点图，功能与条形图类似。通过散点位置来展示数据大小。 8.条件图 coplot(condition plot)随着变量变化而变化。 条件公式： 一般形式； 在变量a存在的条件下，y随x变化而变化； 多重条件
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摘要：R语言基础绘图系统 基础图形——直方图、金字塔图 3.直方图 参数设置及比较。 直方图叠加。 背靠背直方图（back to back histogram）。 镜面图（mirror plot） 与背靠背直方图类似，只是展示的是概率密度曲线或其他曲线，而非条柱。 4.金字塔图 如展示不同年龄组男女人口数
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摘要：R语言基础绘图系统 基础图形——条形图、误差图 3.条形图 barplot接收的数据是矩阵而非数据框。 更多参数用法。 4.误差条图 没有直接可用的函数来绘制误差条图。 自定义函数来绘制误差条图。
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摘要：R语言基础绘图系统 基础图形——散点图、盒形图 plot是一个泛型函数（generic method），对于不同的数据绘制不同的图形。 par函数的大部分参数在plot中通用。 1.散点图 plot绘制散点图类型，type有6种，即 。 2.盒形图 原始图 添加参数 多个盒子比较 突出某个盒子，如阳
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摘要：张铁军，陈兴栋等 著 R语言基础绘图系统 基础绘图包之高级绘图函数——par函数 基础绘图包并非指单独某个包，而是由几个R包联合起来的一个联盟，比如graphics、grDevices等。 掌握par函数（作为20个主要统计图形函数之一）的主要参数。 adj 微调图中字符位置。adj=c(x,y)，
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摘要：前言 我在微信读书APP上看了一些书，但很多都只是过了一遍，看完了也就忘了。这对于专业书籍来说，读一遍相当于没读，所以把自己做的笔记导出来看看增强记忆，是很有必要的。 遗憾的是微信读书APP只提供了将笔记复制到剪切板，然后粘贴到其他地方，而PC端版本连剪切的功能都没有，更不用说导出了。更为操蛋的是这
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