摘要: 目的 和转录组或蛋白组的分析原理类似,目的是: 将大量的差异代谢物降维到少量的显著富集的代谢通路,方便解释科学问题; 从通路水平上可以更好解释表型背后的生物学原理/过程。 富集分析方法 富集分析的本质:某个代谢通路在不同的状态下(如疾病与健康)是否发生了显著变化? ORA富集 回答的问题:一个代谢物 阅读全文
posted @ 2020-01-15 21:54 生物信息与育种 阅读(2792) 评论(0) 推荐(1) 编辑
摘要: 这个需求是在生信分析中几乎天天用到,各种语言都能实现,也都各有特点。这次以 为例。 已知 文件 为全部蛋白表达矩阵及其差异分析结果。 文件 为蛋白KEGG注释结果。 文件 为蛋白鉴定数据库(有的序列以多行展示)。 需求 将以上三表整合为一个表,输出需要的信息。 实现 编写的特点是 ,条条大道通罗马, 阅读全文
posted @ 2020-01-15 21:23 生物信息与育种 阅读(762) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 1. 实验设计与技术路线 (1) 常用流程 流程|说明 | | 1.材料收集|细胞、细胞上清、组织、血浆、血清、脑脊液、外泌体、尿液...... 2.定量技术|蛋白组:iTRAQ/TMT、LabelFree、SILAC、修饰;代谢组:靶向、非靶 3.数据验证|蛋白组:PRM、WB、ELISA;代谢组 阅读全文
posted @ 2020-01-15 21:19 生物信息与育种 阅读(5762) 评论(0) 推荐(0) 编辑