摘要：
非靶向代谢组实验设计 1.代谢物提取，一般要求每组至少10个样； 2.在所有提取好的样本中取等量混合作为QC； 3.QC样本与实验样本穿插上机，开始十个QC，结尾三个QC，中间每十个样本穿插一个QC样本 。 得到质谱谱图数据经软件处理后得到峰表。 峰表格式一般为：每行为一个m/z，每列为一个样本 数 阅读全文
摘要：
代谢物的鉴定流程 蛋白组比基因组和转录组落后一档次，代谢组学比蛋白组又落后一档次，仅化合物的鉴定就让人头疼。 流程如下： 化合物精确质量数 数据库检索 一级鉴定（筛选分子量相同的离子）。 解决质量数问题。 一级鉴定（通过同位素分布比对，筛选分子量和元素组成相同的离子）。 解决同位素问题。 二级鉴定。 阅读全文
摘要：
基本概念 代谢物 ：所有分子量小于1500Da的小分子物质，包括糖类、核苷、有机酸、酮类化合物、多肽、氨基酸、有机胺类、醛类化合物、脂质、萜类、类固醇、生物碱、小分子药物等等。 代谢组 ：一个细胞、组织、器官中所有代谢物的集合。 代谢组学 ：利用高通量的技术来鉴定和定量一个细胞、组织或器官中所有小分 阅读全文
摘要：
导入数据 BGI开发的一款web工具，用于可视化GO注释结果。自己平时不用，但要介绍给别人，简单记录下要点，避免每次授课前自己忘了又要摸索。 地址： "http://wego.genomics.org.cn/" 导入文件到灰色框中，可同时导入多个文件进行比较（点一次弹出一次）。支持多种文件格式导入， 阅读全文
摘要：
前言 pathview是一个通路可视化友好的R包，最主要的是它支持多组学数据映射（基因/蛋白 代谢）。自己用过它的R包，后来发现有网页版的，果断介绍给学员。因为不常用，记录要点，以后温习备用。 目前web版本和R包访问和应用次数如下，显然R群体用户占主导。Web界面是在PHP上使用Laravel F 阅读全文
摘要：
在文章或宣传稿中经常看到两者滥用，实际上是不同的。 首先是各个字母的含义： 16S中的"S"是一个沉降系数，亦即反映生物大分子在离心场中向下沉降速度的一个指标，值越高，说明分子越大。 rDNA 和rRNA中的小写字母"r"是ribosome(核糖体)的缩写。 rDNA指的是基因组中编码核糖体RNA（ 阅读全文