09 2019 档案
摘要：vennDiagram包中的主函数绘图时，好像不直接支持PDF格式文件： dat = list(a = group_out[[1]][,1],b = group_out[[2]][,1]) names(dat) Ref: "https://stackoverflow.com/questions/14
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摘要：需求 系统自带的python2版本太低，且没有想要的模块，非root用户无法安装。有些模块是python2写的，无法用python3，所以自己下载一个高版本的python2，可以自由下载模块。 实现 1.安装python2.7.15 最新的2.7.16可能不稳定，下了个2018年的修复版本。 可以把
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摘要：说明 软件是宏组学物种研究常用软件，一般大家用在线版本即可。但要搭建在 集群环境中有点烦，记录一下折腾过程。 安装 这个软件是 写的，因此假设我已经安装好了较高版本的 以及 等工具，在此基础上来安装 。 下载地址： "https://bitbucket.org/nsegata/lefse/src/d
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摘要：一个很简单的命令，使用频率非常高，但一没注意就会失策。 我将别人盘下的 目录软连接到自己盘中，想要删除时： 结果： 试了多次也删除不了，最后发现原因： 会把原来 下的内容删除，我因为没有权限，自然删除不了原内容。 正确地写法不应该加斜杠，即 ，这样就只删除软链接，而不删除实际数据。 Ref: "ht
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摘要：最近测试某流程时，跑的过程报错了，于是检查脚本修改后重新测试。脚本是改过来了，但在 中运行某步时碰到了如题报错！ $ mv MP_genus_network_files/ tax_network mv: cannot move tax_network/MP_genus_network_files':
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摘要：图例太多时，会挤压正图，显得正图展示区域很小，这时有必要缩小图例。 减小ggplot图例 library(ggplot2) p
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摘要：爬取豆瓣相册 library(RCurl) library(XML) myHttpheader
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摘要：以为对 很熟了，谁知又掉坑里了。 我有个3万多行的数据集，包括样品表达量和注释信息。大概长这样： 本来3万多行，可是读进来的时候变成了1万多行，而且read.delim和read.table减少的行数还不一样。我用Excel打开，再另存为txt格式读入后，数据行数变回正常的3万多。 MP
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摘要：最近我用cbind函数整合数据后，再用filter过滤数据，碰到了一个大坑。 以两组独立样本t检验筛选差异蛋白为例进行说明吧。 pro2 % filter(log2_FC =0.58,Pvalue% filter(log2_FC
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[R] 添加误差棒的分组折线图：geom_path: Each group consists of only one observation. Do you need to adjust the...
摘要：想做一个简单的分组折线图，并添加误差棒，类似下面这样的： 用ggplot似乎很简单就能实现： ，重点在于计算误差棒。 还是看示例数据吧： Type是转录和蛋白两个组学，Region是某个组织的不同区域。想作如上图的样子，即不同区域在两个组学的折线图分布。 计算误差需要安装Rmisc包中的summar
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摘要：dplyr的优点很明显，数据框操作简洁，如 等于 。然而优点也是缺点，因为它的的参数不是透明的，这意味着你不能用一个看似等价的对象代替一个在别处定义的值。 自然想到编写类似下面的函数： my_summarise % group_by(group_var) % % summarise(a = mean
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摘要：关于这两个函数，官方是这么定义的： substitute returns the parse tree for the (unevaluated) expression expr, substituting any variables bound in env. quote simply retur
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摘要：tidyverse系列的R包虽然解放了大家的双手，但同时也束缚了我们重新编写函数的能力。在这一套语法中，要实现作为函数参数的字符串和变量之间的相互转换困难重重，但只要掌握了其中原理后，也就能够游刃有余地处理了。 首先要理解基础R中几个重要又易忽略的函数。 eval 简言之就是： 对表达式对象的求值
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