DNA Subway：一个综合性的生物信息学资源平台

DNA Subway 是一个综合性的生物信息学资源平台，由 CyVerse 开发，旨在提供一个教育性的生物信息学平台，通过将研究级的生物信息学工具、高性能计算和数据库整合到工作流程中，使得用户能够通过一个易于使用的界面进行基因预测、基因注释、基因组分析、系统发育分析和下一代测序数据的分析。

地址：https://dnasubway.cyverse.org/

该平台的特色在于它使用地铁线路的隐喻来指导用户完成 DNA 序列注释和比较所需的分析步骤。DNA Subway 提供了不同的“线路”（如红线、黄线、蓝线、绿线和紫线），每条线路都对应不同的分析任务：

• 红线（Red Line）：用于预测和注释长达 150kb 的 DNA 中的基因。

• 黄线（Yellow Line）：用于在已测序的基因组中识别同源基因。

• 蓝线（Blue Line）：使用 DNA 条形码和系统发育树来识别物种。

• 绿线（Green Line）：用于检查 RNA-Seq 数据集以分析转录本的差异表达。

• 紫线（Purple Line）：使用 QIIME 分析宏条形码和环境 DNA 样本。

用户可以上传自己的 DNA 序列或使用提供的样本数据进行分析。注册和登录后，用户可以保存和分享他们的分析结果。DNA Subway 还提供了样本数据集和参考数据，所有线路都接受用户数据，并且有可以立即使用的样本数据来创建项目。

此外，DNA Subway 是 CyVerse 网络基础设施的一部分，用户无需支付数据存储或分析费用，即使是像 RNA-Seq 这样需要大量数据存储和高性能计算的大型项目。DNA Subway 支持注册用户和访客用户两种使用模式，项目默认为私有，但可以通过设置为公开来共享。

要开始使用 DNA Subway，用户需要注册一个 CyVerse 账户，并且可以请求访问 DNA Subway。这个平台不仅为教育和研究提供了强大的工具，而且还支持通过导出、发布和在后续实验中使用学生研究的产品，为分布式科学和基于课程的研究经验提供了可能。

一些参考文档：

• DNA Barcoding 101

• CyVerse Learning Center

• DNA Subway Guide

• CyVerse 官方文档