水稻遗传育种相关生物信息数据库和工具

本综述系统梳理了近20年来开发的水稻生物信息数据库和在线分析工具，并基于内置数据集和功能对它们进行了分类和总结。

水稻基因组数据库

水稻转录和转录后调控数据库

水稻基因网络数据库

水稻种质资源信息数据库

水稻常用的基因编辑系统

水稻基因编辑生物信息工具与数据库

水稻智能育种生物信息工具

专家简介:

刘琦，研究员，广东省农业科学院水稻研究所生物信息与大数据育种研究室主任，博士毕业于中国林业科学研究院林木遗传育种专业，随后在哈佛大学医学院从事博士后研究工作，主要研究领域是生物信息学、比较基因组学与系统生物学。作为第一作者和通信作者在《Molecular Cell》《Nucleic AcidsResearch》《Journal of Clinical Investigation》《Briefings in Bioinformatics》《EMBO Reports》《Bioinformatics》《PLoS Computational Biology》和《Human Mutation》等期刊上发表多篇高水平论文，作为主要生物信息学作者在《Nature》《NatureProtocols》《Nature Communications》等上发表转录后调控研究相关论文。建立了多种生物信息学算法、软件和数据库，为基因调控研究提供重要的生物信息学支持。目前开展的研究主要为开发新的软件、技术和方法在个体和群体水平研究水稻生长发育、杂种优势、抗逆的系统调控机制，挖掘水稻优势性状的分子标记，为基于大数据的精准育种提供重要理论基础和生物信息学支持。