Tropical Plants | 改进的日本晴单倍型基因组UQ_NIP

昆士兰大学Robert J. Henry教授团队利用改进的单倍型水平基因组组装揭示更多的水稻基因。

本研究利用更准确的测序技术，分析组装了一个改进的单倍型水平水稻基因组。该改进的基因组组装包含了早期基因组序列中缺失的区域，并且基于更高的序列准确性注释了3000多个新的基因。这个单倍体型基因组将成为水稻研究的有用资源。

研究内容

基因组改进： 利用PacBio HiFi读取产生更准确的基因组序列组装，包括所有染色体上的端粒区域（T2T），并添加了完全解析的单倍型。

注释比较分析： 对新基因组（UQ Nipponbare）和IRGSP-1.0参考基因组的注释进行比较，发现了3050个额外基因，其中超过95%有转录证据支持。

研究结果

基因组序列改进： 新的基因组组装比IRGSP-1.0参考基因组长约11.3 Mb，并且在所有染色体上都显示出改进。

额外基因的发现： 研究发现了3050个新基因，这些基因具有广泛的功能，其中58个基因位于IRGSP基因组中缺失的新区域。

单倍型解析： 首次对Nipponbare基因组进行了单倍型解析，这对于水稻研究人员来说是一个有价值且重要的资源。

基因组获取地址：

GWHEQBP00000000 that is
publicly accessible at https://ngdc.cncb.ac.cn/gwh.（但目前并没有释放，要到十月中旬）。