【WDL】4. 内置函数

目录

• 输入输出函数
  • • 标准输出/报错获取
    • 文件输入输出
• 信息获取函数
• 变量操作函数
• 小结

内置函数主要分为三大类：

• 输入输出：stdout, stderr,read_tsv

• 信息获取类：defined, glob, basename, select_first

• 变量操作：prefix, sub

WDL函数的目的主要在于粘合task，不要用于一般的数据处理操作（放在task中处理）

输入输出函数

对内容汇总，其基本功能也可通过command多行命令实现，但不利于协作开发，尤其是代码维护，可以强制输出文件的格式类型。

标准输出/报错获取

stdout()函数用于捕获command中命令生成的标准输出。

task demo_echo{
	String a = "Hello world"
	command{echo ${a}}
	output{File demo = stdout()}
}

stderr()函数用于捕获command中命令生成的标准报错。

task demo_echo{
	command{sm_cmd ...}
	output{File demo = stderr()}
}

stderr比stdout更常用，更多用于捕获warning信息

文件输入输出

文件输入输出函数的主要作用是讲WDL中的数据传递成为文件，并将文件内容转化为WDL变量。通常与stdout联合使用。

• 文件读入：read_tsv, read_json, read_lines... #文件转化为变量

• 文件输出：write_tsv, write_lines... #变量转化为文件

基本格式：TSV

• tab分隔，类似R中的data.frame。

• tsv文件在wdl解析时，没有表头行（header），因此在scatter时需要进行特别处理。

基本格式：JSON

• 结构化存储，key-value

• 对于结构相对复杂的数据类型，如Map、Object，非常适合json输入输出

输入函数以read_json为例：将一个json文件转化为Object变量

# json file: person.json
{
	"name":"John",
	"age":42
}

# WDL read
workflow demo{
	File json_file = "person.json"
	Object p = read_json(json_file)
	...
	call record{
		input:
			name = p.name,
			age = p.age
	}
}

输出函数以write_tsv为例：将一个WDL的二维数组转化为一个文件（路径）作为参数

task write_record{
	Array[Array[String]] my_table
	command{
		cat ${write_tsv(my_table)}
	}
	...
}

信息获取函数

与其他语言类似

• glob：获取某一类型文件，返回文件数组

• defined：判断变量是否被定义，返回布尔值True/False

• select_first：输入为数组，返回某个不为空的元素。很重要的函数！

WDL的空为NULL

变量操作函数

粘合task之间工作

• prefix：为数组变量加上前缀。对于同类型的多输入文件非常重要！

• sub：提供正则表达式功能（不建议在WDL中使用）

小结

• WDL内置函数集主要是针对流程串写而设置的，因此和一般语言略有不同

• 可通过WDL内置函数进行文件与变量之间的转化

• 除上述函数外，WDL还有十分丰富的功能函数，用户可根据需求使用

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