【动植物研究动态】20220508文献解读
Plant Com | 浙大张国平&湖南农大吴德志：解析盐生植物海大麦基因组及其耐盐机制
The genome and gene editing system of sea barleygrass provide a novel platform for cereal domestication and stress tolerance studies
海大麦 (Hordeum marinum Huds., 2n = 2x = 14, XaXa) 是大、小麦的野生近缘种，属于盐生植物，具有耐盐、耐渍等优异特性，且与普通小麦有一定的可交配性，可为作物抗逆遗传改良提供优异基因资源。目前，由于缺乏基因组信息及有效的遗传转化体系，海大麦的相关研究及其育种利用进展缓慢。
浙江大学张国平教授团队联合湖南农业大学、诺禾致源生物科技公司等单位历时五年完成了海大麦参考基因组组装及高效基因编辑体系构建。利用PacBio SMRT、Illumina PE、10×Genomics和Hi-C技术组装了一个3,816 Mb的染色体水平基因组，Contig和Super-scaffold N50值分别为6.83 Mb和524.47 Mb，96.8% (3.69 Gb) 的序列被定位到7条染色体上。在全基因组序列中注释得到41,405个高置信度基因，BUSCO完整性指数为98.4%；LTR组装指数（LAI）为12.7，属于参考基因组级别。
在组装基因组的基础上，构建了海大麦的高效转化体系和基因编辑体系，遗传转化效率为28.7%.
点评：我喜欢这样的合作方式，我只负责分析就好。可是我没有，好累~~~
Plant Com｜法国农业发展研究中心：香荚兰基因组组装与基因组部分核内复制现象
**A chromosome-level, haplotype-phased genome assembly for Vanilla planifolia highlights that partial endoreplication challenges accurate whole genome assembly **
通过整合流式细胞术（FCM）、细胞遗传学和全基因组测序相关技术，组装了兰科植物香荚兰（Vanilla planifolia）在染色体水平上的基因组序列，并证实其基因组的部分核内复制，为香荚兰的部分核内复制现象提供了首个分子证据。
点评：亮点核内复制。
Mol Plant | 湖南农科院柏连阳&康奈尔大学费章君：稻田杂草千金子基因组揭示其在中国的传播机制
**Genomic insights into the origin, adaptive evolution and herbicide resistance of Leptochloa chinensis, a devastating tetraploid weedy grass in rice fields **
首次公布了稻田恶性杂草千金子的染色体级别参考基因组，揭示了千金子的基因组特征及虎尾草亚科的进化机制。鉴定到与除草剂耐受性有关的基因家族特异性扩张，并揭示了中国千金子的群体结构及传播机制。
研究发现四倍体千金子基因组约在1090万年前由两个二倍体祖先结合形成，作者首次对千金子的两套亚基因组进行了划分，研究表明千金子的两套亚基因组既没有发生分离偏好性也没有发生亚基因组表达量的偏好性。通过比较基因组学分析发现，千金子从其虎尾草亚科共同祖先分离出来后，发生了大量的染色体重排，结合转录组分析发现，千金子中许多抗除草剂相关基因来源于千金子的四倍化。
对89份来自中国的千金子进行群体基因组学分析发现，来自中国南部和西南部省份的千金子的核苷酸多样性显著高于长江中下游地区的千金子。表明千金子在中国的传播路径很有可能是由南部，西南部省份传向长江中下游地区。在这一传播过程中，千金子表现出越来越强的抗除草剂能力，并有大量抗除草剂相关基因受到了选择。
点评：懂的都懂，我愿称之费老师的作品。
Hortic Res | 南京农大：海滨木槿基因组解析其对于水淹和高盐环境的适应性
The genome of hibiscus hamabo reveals its adaptation to saline and waterlogged habitat
完成了海滨木槿全基因组测序和分析，揭示了海滨木槿对水淹和高盐环境的耐受机制，并提示多倍化对其适应性进化具有重要贡献。
组装（1.7Gb，46条染色体），比较基因组，转录组。
PNAS | 美国农业部：利用异花授粉作物地方品种优化基因组选择育种
Theoretical and experimental assessment of genome-based prediction in landraces of allogamous crops
该项研究开创了一个理论框架的发展，即将植物遗传资源的分子组成与表型变异联系起来，从而可以对地方品种及其杂交伙伴进行有依据的选择。
与配子捕获相比，DH方法具有明显的优势，通常具有更高的预测精度，并且没有此种风险—即掩盖地方品种有价值的变异。
Hortic Res | 群体遗传合集
有空看看。
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