【Perl】如何安装Bioperl模块？

目录

• 失败尝试一：使用cpanm
• 失败尝试二：使用CPAN
• 成功尝试：直接conda安装bioperl
• 没有尝试：源码安装bioperl

生信软件绕不过Perl，Perl绕不过Bioperl。而Bioperl的安装总让人头大，尤其是对普通用户。以下错误你肯定经常遇到：

Can't locate Bio/Seq.pm in @INC (you may need to install the Bio::Seq module) (@INC contains:.....

这里记录尝试的过程，虽然前面几个失败了。但方向是没有错的，只是Bioperl太大，依赖的模块太多了，即便你用conda隔离，某个地方也会依赖系统环境，导致安装失败。这些方法也许对我而言失败了，说不定你一尝试就成功了，就是这么玄学。

失败尝试一：使用cpanm

有两个方法，一是直接用conda，简单。

conda install -c conda-forge perl-app-cpanminus

二是用系统自带的perl安装和配置local::lib和cpanm。这个详见徐州更的博文：如何安装perl模块

# 安装local::lib
wget https://cpan.metacpan.org/authors/id/H/HA/HAARG/local-lib-2.000024.tar.gz
tar xf local-lib-2.000024.tar.gz
cd local-lib-2.000024
perl Makefile.PL --bootstrap=~/opt
make test && make install
# 加入环境变量
echo 'eval "$(perl -I$HOME/opt/lib/perl5 -Mlocal::lib=$HOME/opt)"' >> ~/.bashrc
# 安装cpanm
wget https://cpan.metacpan.org/authors/id/M/MI/MIYAGAWA/App-cpanminus-1.7043.tar.gz
tar xf App-cpanminus-1.7043.tar.gz
cd App-cpanminus-1.7043
perl Makefile.PL
make test && make install
# 设置镜像
echo 'alias cpanm="cpanm --mirror http://mirrors.163.com/cpan --mirror-only"' >>~/.bashrc

这时，你可以用cpanm ModuleName来安装模块了，普通模块安装或许没问题。不过前面说了，Bioperl是个庞然大物，你等了很久，很可能还是装不上某些依赖的，即使你用--force强制安装。

失败尝试二：使用CPAN

前面的方法不行，我干脆自己源码编译一个新的Perl，用cpanm或CPAN来继续肝。

cd ~/src
wget -4 http://www.cpan.org/src/5.0/perl-5.26.1.tar.gz
tar xf perl-5.26.1.tar.gz
cd perl-5.26.1
./Configure -des -Dprefix=$HOME/opt/sysoft/perl-5.26.1
make test
make install

cpanm还是一样的，能安装简单模块，但对于Bioperl，就是不行！

尝试CPAN：

cpan
install Bio::Seq

因为没用国内的镜像，可能比cpanm还要更长时间，等来的确是Error，一些依赖照样装不上。

成功尝试：直接conda安装bioperl

Perl模块一开始没想着用conda安装，因为很少有模块能直接安装。但既然bioperl是个庞然大物，何不查看试下。果然是可以的：

conda install -c bioconda perl-bioperl

安装成功。此时仍不能用bioperl，需要加入环境变量。怎么找到安装路径是个技术活。

$ find anaconda3/* -name "Seq.pm"
anaconda3/envs/repeat/lib/perl5/site_perl/5.22.0/Bio/Seq.pm
anaconda3/envs/compare/lib/perl5/site_perl/5.22.0/Bio/Seq.pm
anaconda3/lib/perl5/site_perl/5.22.0/Bio/Seq.pm
anaconda3/pkgs/perl-bioperl-1.6.924-4/lib/perl5/site_perl/5.22.0/Bio/Seq.pm

可以看到，其实我装其他软件的时候已然有了Bioseq。只是都没加入@INC 而已。很显然，最后一个bioperl是我刚安装的。我可以选择它，或者加以上全部模块路径都加入环境，反正perl从头到尾找就是了。

export PERL5LIB=~/biosoft/anaconda3/pkgs/perl-bioperl-1.6.924-4/lib/perl5/site_perl/5.22.0/:$PERL5LIB

Perl的环境变量是PERL5LIB，PERLLIB应该也可以，我没试，你两个都可加入。

source一下成功。此时你可以用perl -V查看一下你当前的@INC。

查看已安装模块：perldoc perllocal。

没有尝试：源码安装bioperl

直接源码下载bioperl安装，我没有试。以上都不行的话，你可以试试，可参考：bioperl安装（无需root权限）