[linux] mv: cannot move $ to $: Directory not empty

最近测试某流程时,跑的过程报错了,于是检查脚本修改后重新测试。脚本是改过来了,但在shell中运行某步时碰到了如题报错!

$ mv MP_genus_network_files/ tax_network
mv: cannot move `MP_genus_network_files/' to `tax_network/MP_genus_network_files': Directory not empty

这个错误是这样的:mv命令移动的东西如果在目标路径中已存在(不为空),那么它是移动不了的,这是mv的一种保护机制,防止错误覆盖。

但是这一点发生在流程中就不友好了。由于各种各样的原因,分析人员运行到中间步骤很可能报错,但过程文件已经生成了,如果修改脚本后再次运行的话就覆盖不了,导致流程又一次强制报错退出,这可不是我们想要的。怎么在自动化流程中设置这个因素呢?条件判断的话又长又臭,而且那么多文件目录没法一一判断。这里最好用rsync 来代替mv命令。

rsync -a MP_genus_network_files/ tax_network/MP_genus_network_files

注意要将该目录文件作为目标目录的子目录的话,目标目录也要加上子目录的名称,否则加入的只是子目录中包含的文件。

复制后不忘了删除原目录文件:

rm  -rf MP_genus_network_files/

很显然,这里用cp -r也一样实现,那么用rsynccp备份文件到底有什么区别呢?因为这不是本篇重点,只是简单列出:

rsync相当于从源到目的拷贝文件,而且可以设置参数,保持很多文件和文件夹的属性。对于拷贝文件实现备份,rsync总体而言比cp要好,因为rsync只拷贝那些改动了的内容。但这也不是绝对的,比如cp -u也可以实现同样的效果。

Ref: https://askubuntu.com/questions/269775/mv-directory-not-empty
Ref:https://www.crifan.com/linux_command_rsync_vs_cp/

posted @ 2019-09-03 23:10  生物信息与育种  阅读(10849)  评论(0编辑  收藏  举报