R包MetaboAnalystR安装指南（Linux环境非root）

前言

这是代谢组学数据分析的一个R包，包括用于代谢组学数据分析、可视化和功能注释等众多功能。最近有同事在集群中搭建蛋白和代谢流程，安装这个包出现了问题，于是我折腾了一上午。

这个包的介绍在：https://github.com/xia-lab/MetaboAnalystR，安装确实还比较复杂，依赖的东西太多太多。废话不多说，记录下安装历程。

安装过程

首先最好是已经安装了自己的R版本（非root），比如我的是R-3.5.2。然后进入R中，依照文档给的顺序依次安装：

第一步：安装依赖包

install.packages("pacman")

library(pacman)

pacman::p_load(Rserve, ellipse, scatterplot3d, Cairo, randomForest, caTools, e1071, som, impute, pcaMethods, RJSONIO, ROCR, globaltest, GlobalAncova, Rgraphviz, preprocessCore, genefilter, pheatmap, SSPA, sva, Rcpp, pROC, data.table, limma, car, fitdistrplus, lars, Hmisc, magrittr, methods, xtable, pls, caret, lattice, igraph, gplots, KEGGgraph, reshape, RColorBrewer, tibble, siggenes, plotly, xcms, CAMERA, fgsea, MSnbase, BiocParallel, metap, reshape2, scales)

这里很耗时，慢慢等吧。也不会盯着它看哪一步有么有报错。

第二步：安装困难

# Step 1: Install devtools
install.packages("devtools")
library(devtools)

### For users with devtools > v2.0.0 ###

# Step 2: Install MetaboAnalystR without documentation
devtools::install_github("xia-lab/MetaboAnalystR", build = TRUE, build_opts = c("--no-resave-data", "--no-manual", "--no-build-vignettes"))

继续慢慢等吧，等着报错吧。。。果不其然，出现以下错误：

说没有安装xcms, CAMERA, MSnbase等R包，那就一个个装呗。

又出现一堆错误，总而言之，缺少的那些包都依赖于这个ncdf4这个R包，那就继续装吧。

直接装报错，按它提示，用R CMD INSTALL --configure-args="--with-nc-config=/home/joe/bin/nc-config" ncdf4也不行，原因是没有安装nc-config，Linux环境中which nc-config，是找不到的，说明我的环境中确实没有安装这玩意。

于是我去查了下这究竟是个什么玩意。NetCDF全称为network Common Data Format，中文译法为“网络通用数据格式”，这是一种文件格式的标准。netcdf文件开始的目的是用于存储气象科学中的数据，现在已经成为许多数据采集软件的生成文件的格式。

这其实是一个库，包括C，C++，Java等等，下载网址：https://www.unidata.ucar.edu/downloads/netcdf/index.jsp
文件很小，好像还不太好下下来，我搭了个梯子到美国才下下来，下的是这一个：

经验告诉我们，非root直接在Linux中源码安装没那么顺利：

cd netcdf-c-4.7.0
./configure --prefix=/your/path/
make check
make install

用不到三板斧，安装就已经报错了，具体什么的我找不到了，大概就是缺少什么什么库。

网上查了些资料，说是netcdf依赖zlib和hdf5，前者我已经安装了，指定路径就行，后者也是一个用于存储和分发科学数据的一种自我描述、多对象文件格式的软件。ok，那就先安装hdf5吧（https://support.hdfgroup.org/HDF5/），我装的是最新的这个：

三板斧继续：

cd hdf5-1.10.5
./configure --with-zlib=/zlib/path --prefix=/hdf5/path -enable-fortran -enable-cxx 
make check
make install

#PS. hdf5也是依赖zlib库的，所以必须要指定--with-zlib=/zlib/path，否则会报错相关库文件找不到。

成功安装后，接下来安装netcdf：

CPPFLAGS=-I/hdf5/path/include LDFLAGS=-L/hdf5/path/lib  ./configure --prefix=/netcdf/path --enable-netcdf-4 --enable-largefile --disable-dap
make check
make install

#PS. 必须指定CPPFLAGS=-I/hdf5/path//include LDFLAGS=-L/hdf5/path/lib，否则报错提示相关文件找不到

这两个软件都要装很久很久，尤其是check那一步，需要耐心，最后终于搞定！

安装成功后，安装路径下会有4个文件夹，如下图，忙活这么多，就只为了这个nc-config文件。我们只是临时用一下这个破玩意，就不添加到环境变量了。

第三步：正式安装
直接`install.packages("ncdf4")是不行的（我也不知道为什么，因为指定不了nc-config吧），于是下载源码安装：

R CMD INSTALL ncdf4_1.13.tar.gz --configure-args="--with-nc-config=/netcdf/path/bin/nc-config"

至此，xcms、CAMERA、MSnbase等依赖的ncdf4包安装成功，下面就畅通无阻，将缺少的依赖包全部装上。最后

devtools::install_github("xia-lab/MetaboAnalystR", build = TRUE, build_opts = c("--no-resave-data", "--no-manual", "--no-build-vignettes"))

安装成功！

Ref:https://blog.csdn.net/laomai/article/details/1740747
https://blog.csdn.net/Mrhiuser/article/details/69603826
https://www.jianshu.com/p/90ecc0580bd1