随笔分类 - 文献
摘要：基因组选择（GS）被认为是加速优良基因型评估和选择的关键方法，可以在传统育种中实施。GS通过基因组预测（GP）模型预测目标性状的基因型值，并在育种方案中使用这些预测值进行选择。GS实现了基于预测基因型值的个体选择和杂交选择，减少了目标性状的田间评估次数，从而实现高效快速的育种。然而，GS本身并不旨在
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摘要：尽管基因组预测的育种值通常是基于各种统计方法计算的，如基因组最佳线性无偏预测（GBLUP）、贝叶斯回归模型等，但这些方法通常假设复杂性状受许多微效基因影响，且基因型和表型之间的关系是线性的。虽然有效，但线性假设可能限制了它们在全基因组预测上的表现。 机器学习模型的发展允许进行高维非线性回归，有效捕捉
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摘要：近期，安徽农业大学信息与人工智能学院在期刊 npj | systems biology and applications 上发表论文：Crop-GPA: an integrated platform of crop gene-phenotype associations。提出了Crop-GPA（ h
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摘要：近期，瑞典Rodomiro Ortiz团队在Molecular Plant发表综述：Genomic selection in plant breeding: Key factors shaping two decades of progress，总结了近20年植物基因组选择育种的影响因素和重要进展。
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摘要：近期，华中农大严建兵团队在Journal of Genetics and Genomics上发表综述：Engineering the future cereal crops with big biological data: towards an intelligence-driven breedi
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摘要：油菜综述刚发JIPB（往期：），又见Plant Com，同一家单位同一作物连综述内容都及其相似，这么严重的撞车还能接连发不同的国产期刊，也是少见。 近日，华中农大刘克德&洪登峰团队在Plant Communications上发表了综述：The story of a decade: genomics,
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摘要：近期，华中农大赵虎&郭亮团队在JIPB上发表发表综述：Functional genomics of Brassica napus: Progresses, challenges and perspectives，总结了近年来油菜功能基因组学的研究进展，包括种质资源、组学数据库和克隆功能基因的可用性以
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摘要：近日，Wing-Kin Sung(宋永健)博士在Nature Methods发文Creating diploid assemblies from Nanopore and Illumina reads with hypo-assembler，报道其开发的基因组组装新工具hypo-assembler，
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摘要：摘要：为探究我国智慧农业未来发展的目标、任务与政策，本文基于系统工程学视角，阐释了智慧农业的概念与内涵，介绍了国外智慧农业相关战略布局与行动计划，分析了我国智慧农业发展现状、特点以及与国际上的差距，提出了我国智慧农业未来发展目标、重点任务与政策建议。美、德、英、日等国在农业传感器、农业大数据智能、农
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摘要：分享一篇近期来自华中农大王旭彤老师（即SoyDNGP作者）的综述，以SoyDNGP为例。建议参考之前的推文：基于深度学习框架的基因组预测新模型SoyDNGP。 摘要 人工智能（AI）与作物育种的结合代表了向数据驱动型农业实践的范式转变，旨在提高作物改良的效率和精度。本文对大豆深度神经网络等基因组预测
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摘要：近日，扬州大学张韬团队在aBIOTECH发表综述“Integrating machine learning and genome editing for crop improvement”。 随着大数据的积累，越来越多基于机器学习的方法被应用于植物科学研究，包括功能性基因和调控元件的挖掘，蛋白质结构
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摘要：本文旨在比较机器学习方法在基因组预测中的表现，并评估其对高维数据的处理能力。作者使用了正则化回归、深度学习、集成和实例基础学习等不同类型的监督学习方法，分别应用于模拟动物育种数据集和三个实际玉米育种数据集中。 结果表明，机器学习方法的表现和计算成本取决于数据和目标性状，简单线性混合模型和正则化回归方
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摘要：中国农业科学院作物科学研究所联合国际玉米小麦改良中心（CIMMYT）等单位在《The Crop Journal》发表论文：Genomic prediction of yield performance among single-cross maize hybrids using a partial
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摘要：最近国人有几个新的基因定位方法发表，记录下备忘。 Mol Plant | 中国农科院蔬菜所开发异交物种基因高效定位的新算法工具OcBSA 经典的基因位点快速定位方法Bulked Segregant Analysis（BSA，集群分离分析法）具有适用范围广、实验成本低的优势，但现有BSA算法（例如SN
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摘要：近日，四川农业大学刘登才组在《The Crop Journal》发表了综述文章：Towards cultivar-oriented gene discovery for better crops，回顾了引起基因发掘与品种创新“脱节”的几个常见问题，并提出了一些建议。 许多基因在论文中被描述为有利于提
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摘要：介绍一篇Rajeev Kumar Varshney于2021年在Trends in Plant Science专题《养活世界：植物育种的未来》上的综述，强调了基因组学辅助育种（genomics-assisted breeding, GAB）的作用和意义。 关于Rajeev Kumar Varshne
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摘要：本文来自《基因组选择对培育气候适应性作物的意义》一些研究和观点。 重点摘要 基因组选择是改善植物复杂性状（如生物和非生物胁迫耐受性）和实现可持续生产的有力工具。基因组选择能够显著提高植物的气候适应性和产量，并且预测准确性高。 不同统计模型对预测精度的影响：比较了单因素线性模型（SSGBLUP）、半参
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摘要：近日，中国农科院深圳基因组所程时锋团队在aBIOTECH发表上综述：Innovations in Functional Genomics and Molecular Breeding of Pea: Exploring Advances and Opportunities，总结了豌豆功能基因组学和分
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摘要：本文介绍了一个名为SeqBreed的Python工具，用于评估基因组预测在复杂情况下的表现。该工具可以模拟任何数量的由任意数量的因果位点决定的复杂表型，可实现了GBLUP、SSGBLUP、PBLUP等，并支持多种基因组预测方法和复杂染色体类型。作者使用了果蝇和四倍体马铃薯的数据集进行了测试，并展示了
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摘要：这是美国爱荷华州立大学工业工程系王立志老师联合同校老师发表的一篇文章。Front. Plant Sci.虽然影响因子不高（大家应该都知道偏应用的数量遗传学发表的期刊普遍不高），但本文的引用还是蛮高的，好像是年度最佳论文之一吧。 本文介绍了一种基于深度学习的框架，用于预测作物产量。该框架结合使用卷积神
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