随笔分类 - 文献
摘要：2024年8月19日，上海师范大学生命科学学院的研究团队在_Plant Communications在线发表了题为“Landrace introgression contributed to the recent feralization of weedy rice in East China”的论
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摘要：2024年8月23日，中国水稻研究所王克剑团队与钱前院士团队、江西省农科院严松团队合作，在植物学知名期刊_Plant Communications_杂志在线发表了题为“Large-scale production of rice haploids by combining superior hapl
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摘要：“ 近日，《自然·植物（Nature Plants）》在线发表了中国农业科学院深圳农业基因组研究所（岭南现代农业科学与技术广东省实验室深圳分中心，以下简称“基因组所”）张兴坦团队联合南方科技大学陈国安副教授课题组、湖南农业大学易自力教授团队的研究论文，题为“Chromosome-level scaf
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摘要：PBJ近日在线发表了中国农业科学院和崖州湾国家实验室合作的题为“Wild rice: unlocking the future of rice breeding”的综述论文，文章系统梳理了稻属各物种间的系统进化关系、分类及地理分布，栽培稻育种中已鉴定的野生稻来源基因，分析了野生稻耐生物胁迫、非生物胁
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摘要：自上个世纪以来，无核一直是鲜食葡萄育种中的一个重要性状。几乎所有无核化的水果，都在全球市场上取得了巨大的成功，葡萄如此，香蕉、柑橘、西瓜、菠萝等亦如此。高可食率的果肉和无籽的口感，深受消费者的青睐。目前，获取无核葡萄的方法可以分为两种，一种是在盛花期喷施或浸泡赤霉素和细胞分裂素类似物，模拟受精信号，
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摘要：2024年8月8日，Cell旗下的遗传学顶级综述期刊Trends in Genetics在线发表了中国农科院作科所/南繁院李慧慧团队联合国内外多家单位撰写的特邀综述：Artificial intelligence in plant breeding。 亮点 基因组学、表型组学和分子生物学的快速发展正
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摘要：全基因组预测（或全基因组选择）在缩短动植物育种周期、提高育种效率等方面起到越来越重要的作用。在以往的研究中，通常只有基因组序列信息被用于全基因组预测中，但植物复杂性状的形成受到多个维度的遗传信息调控，包括基因组序列、基因转录调控、基因甲基化修饰、染色体三维结构与修饰等等。2016年拟南芥1001基因
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摘要：基于长reads进行结构变异的工具有很多，很多文章也进行过综合比较。今天分享一个新工具VolcanoSV。 Github： https://github.com/maiziezhoulab/VolcanoSV 结构变异（SV）对人类基因组多样性有重要贡献，并在精准医学中发挥关键作用。尽管单分子长读序
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摘要：杂种优势是指不同品种或品系间的杂交代在生长、发育、繁殖和抗病抗逆等性状优于亲代的现象。杂交能有效提高后代的生长发育性能、繁殖性能和抗病性，因此被广泛应用于农业生产。然而，现有杂种优势理论只能解释部分杂种优势现象；并且由于杂种优势理论不完善，现有的杂种优势预测方法准确性有限，需要提出新的预测理论；我国
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摘要：2024年8月8日，_Plant Physiology_在线发表了中国科学院分子植物科学卓越创新中心韩斌院士团队标题为Unlocking the mystery of heterosis opens the era of intelligent rice breeding的综述文章。重点关注作物杂交
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摘要：中国是世界人口最多的国家，在全球谷物生产方面排名第一。通过多样化作物种类的多熟制种植，可以显著增加农作物产量，并减少相关的环境影响。全球约12%的农田实行多熟制，其中34%的水稻地采用多熟制系统。中国用仅占全球7%的耕地养活了世界20%的人口。中国约三分之一的农田种植多熟作物，这一比例是全球平均水平
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摘要：首个豌豆大规模群体基因组与GWAS见刊 今天，浙江省农科院与浙江大学联合在Nature Genetics （NG）上发表豌豆群体基因组文章：Reference genome sequence and population genomic analysis of peas provide insigh
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摘要：近期，中国农大张毅教授联合华南农大张哲团队利用贝叶斯神经网络算法提高了奶牛基因组预测的准确性，文章发表在JASB（一区top）上：Improving the accuracy of genomic prediction in dairy cattle using the biologically a
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摘要：分享一篇去年由中国农科院作物所张红伟和华中农业大学李林团队发表在Cell Reports上的综述文章：Next-generation bulked segregant analysis for Breeding 4.0。 该综述在总结传统混池测序技术（BSA）的基础上，提出了NG-BSA的研究策略。
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摘要：所谓“Speed Breeding”（简称“SB”，额~），就是在环境可控的人工气候室中，通过改变光周期来加速植物的生长周期，从而起到加速育种的目的。 快速育种：加速作物研究和育种的强大工具 2017年7月9日，澳大利亚昆士兰大学Lee Hickey团队领衔在预印本网站bioRxiv上发表了“Spe
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摘要：近期，Rajeev K. Varshney团队在Nature genetics发表综述文章：Unlocking plant genetics with telomere-to-telomere genome assemblies。 摘要 连续基因组序列组装将帮助我们实现作物转化基因组学的全面潜力。最
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摘要：❝ 我们能教会计算机理解人类语言，同样也能让它们读懂DNA。 2023年10月31日，加利福尼亚大学伯克利分校的科学家们在《美国科学院院刊》（PNAS）上发表了一篇突破性研究，提出了一种基于无监督DNA语言模型的新方法，该方法在全基因组范围内预测基因变异效果上，超越了现有的保守性评分模型。 研究团队
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摘要：果树基因组与遗传改良 2023年，南京农业大学吴俊教授团队发表在Plant Physiology的题为 “Genomic insights into domestication and genetic improvement of fruit crops”的长篇综述，系统总结了果树基因组学与遗传改良
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摘要：分享一篇来自南洋理工大学Marek Mutwil团队发表在《Trends in Plant Science》上有关植物生物学方向的大语言模型综述：Large language models in plant biology。生物序列本身就是一种自然语言，与LLM是天作之合，实际上生物大模型已有很多开
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摘要：❝ 我们能教会计算机理解人类语言，同样也能让它们读懂DNA。 2023年10月31日，加利福尼亚大学伯克利分校的科学家们在《美国科学院院刊》（PNAS）上发表了一篇突破性研究，提出了一种基于无监督DNA语言模型的新方法，该方法在全基因组范围内预测基因变异效果上，超越了现有的保守性评分模型。 研究团队
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