随笔分类 - 文献
摘要：葡萄是一种具有重要经济价值的多年生水果作物，可作为水果食用或作为酿造葡萄酒的原材料，已有逾万年的驯化历史[1]，并且在驯化过程中积累了大量的有害突变[1-3]。由于育种周期长，育种性状的遗传学研究不深入，遗传转化体系不成熟，尚未广泛应用多组学与人工智能等革命性技术，葡萄的生物育种体系明显滞后于一年生
阅读全文
摘要：近日，华中农大玉米李林教授团队联合西北农林朱万超副教授、中国农科院作科所张红伟研究员，在JIPB在线发表了题为 “Big data and artificial intelligence–aided crop breeding: Progress and prospects” 的特约综述文章。 ht
阅读全文
摘要：分享一篇2023年7月25日发表在Molecular Plant上的一篇综述文章：“Plant genome resequencing and population genomics: Current status and future prospects”，总结了植物基于群体的基因组重测序研究的进
阅读全文
摘要：植物育种历经数千年演变，从古代的基础选择策略发展到如今的育种4.0阶段，旨在增强作物多样性和保障粮食安全。面对气候变化、人口增长和耕地有限等挑战，人工智能（AI）成为关键解决方案。本综述探讨了植物育种的历史进程，阐述了AI在作物改良各方面的应用及其重要作用，强调了其对培育适应全球粮食安全挑战的作物品
阅读全文
摘要：2024年7月，美国丹佛斯植物科学中心的Katherine M. Murphy等人在Annual Review of Plant Biology发表了题为 Deep Learning in Image-Based Plant Phenotyping 的文章，综述了深度学习技术在植物表型分析中的应用。
阅读全文
摘要：2024年7月，Genomics, Proteomics & Bioinformatics （GPB）在线发表了由中国农业大学王向峰教授团队撰写的题为“Machine learning for AI breeding in plants”的观点文章。 机器学习 （ML） 使人工智能 （AI） 变得智
阅读全文
摘要：近日，中国热带农业科学院/热带生物技术研究所甘蔗研究中心在“国家热带农业科学中心科技创新团队”和“热带作物生物育种全国重点实验室科研项目”等专项资助下，研究并发布了甘蔗智慧育种的全新架构。相关研究成果以_Digital evolution and twin miracle of sugarcane
阅读全文
摘要：在玉米从其祖先大刍草驯化而来的8000至10000年历史中，其株型和穗型经历了显著的演变。尽管株型和穗型分别与营养器官和生殖器官相关，但它们在发育过程中有着紧密的联系和共同的遗传基础。尽管已知几个关键基因如_tb1、tga1、tru1、gt1_在玉米驯化中起作用，但这些基因如何协同调控株型和穗型的变
阅读全文
摘要：近年来，大语言模型（LLMs）已在自然语言、计算机视觉等通用领域引发了新一轮技术革命，通过大规模语料和模型参数进行预训练，LLMs能够掌握语言的共性规律，能够对多种下游任务产生质的提升，已经形成了新的人工智能范式。在生命科学领域，单细胞组学技术的突破产生了大量不同物种细胞的基因表达谱数据，形成了海量
阅读全文
摘要：导读：七月份，李恒开发的基因内容图谱构建软件——Pangene，以标题为：Exploring gene content with pangene graphs 的论文论文形式一并发表，发表期刊为Bioinformatics杂志。该软件迎合了群体基因组学时代数据井喷的现状，而一定程度上分析工具和软件算
阅读全文
摘要：2024年6月，北京大学高歌教授课题组在Quantitative Biology期刊上发表了一篇题为“Foundation models for bioinformatics”的前瞻性综述。文章从基于文本的大语言模型在生物学信息任务上的应用与基于生物学数据预训练的基础模型两个角度探讨了基础模型对生物
阅读全文
摘要：2024年2月22日，中国科学院遗传与发育生物学研究所田志喜课题组在《遗传》杂志“优博专栏”发表了题为“大豆泛基因组研究进展”综述文章。该综述总结了作物泛基因组的研究脉络，并且以大豆为例介绍了泛基因组研究的一般策略和研究内容，为研究者开展泛基因组工作提供了参考。 DOI: 10.16288/j.yc
阅读全文
摘要：文章摘要 上海师范大学杨仲南教授团队在《中国水稻科学》发表综述，回顾了中国两系杂交水稻的发展历史；介绍了两系法中光/温敏型核不育系遗传资源的发现和选育，重点介绍了农垦58S的光敏位点, 安农S-1的温敏位点, 衡农S-1的温敏位点及其作用机理, _tms10, tms15和 tms18_位点及其作用
阅读全文
摘要：近期，德国波恩大学作物功能基因组实验室Frank Hochholdinger教授和于鹏博士在Trends in Plant Science发表了题为Molecular concepts to explain heterosis in crops的综述文章，该文章以玉米为例深入探讨了杂种优势的分子机理
阅读全文
摘要：分享一篇近期发表在 Bioinformatics 上的文章：AssemblyQC: A Nextflow pipeline for reproducible reporting of assembly quality，这是一个基因组组装质量评估的综合性流程，集合了准确性、连续性和完整性等多项指标（这
阅读全文
摘要：分享一篇Y叔（余光创）联合同行老师近期在The Innovation Life上发表的综述文章：Bioinformatics software development: Principles and future directions。文章主要讨论了生物信息学软件开发的原则和未来的发展方向，强调了人
阅读全文
摘要：分享一篇最近发表《New Phytologist》上一篇文章：Genomic selection in western redcedar: from proof of concept to operational application。文章主要研究了基因组选择（GS）在西部红杉（western r
阅读全文
摘要：计算机视觉智能系统融合了计算机视觉、人工智能和机器学习技术，使机器能够模仿人类的视觉和认知能力做出决策，已广泛融入现代人类生活的各个层面。自 20 世纪后期以来，自动化的视觉系统已革新了各多个行业。鉴于世界人口的增长、可耕地的减少以及劳动力的短缺等问题，农业从业者需要各种信息来做出关于作物管理的决策
阅读全文
摘要：分享一篇最近发表在NC的一篇文章：CoPheScan: phenome-wide association studies accounting for linkage disequilibrium。文章介绍了一种新的贝叶斯方法CoPheScan（Coloc adapted Phenome-wide
阅读全文
摘要：现代作物育种正迈入全新的基因组设计时代，以基因组编辑技术为主流的基因组靶向修饰工具引领了作物育种方式的颠覆性变革和作物育种效率的大幅提升，其研发和应用水平将对未来的农业发展和粮食安全产生深刻的影响。 中国科学院遗传与发育生物学研究所高彩霞研究组长期致力于基因组编辑技术的自主创新，在精准基因组编辑技术
阅读全文
