随笔分类 - 群体遗传学
摘要：分享一篇2023年7月25日发表在Molecular Plant上的一篇综述文章：“Plant genome resequencing and population genomics: Current status and future prospects”，总结了植物基于群体的基因组重测序研究的进
阅读全文
摘要：所有的软件产品都值得用AI重塑一次，基因组工具也不例外。 今日分享一篇发表在Nature子刊上的文章：Neural ADMIXTURE for rapid genomic clustering。Neural Admixture可替代Admixture，实现快速计算。 原理 Neural ADMIXT
阅读全文
摘要：分享一篇最近发表在NC的一篇文章：CoPheScan: phenome-wide association studies accounting for linkage disequilibrium。文章介绍了一种新的贝叶斯方法CoPheScan（Coloc adapted Phenome-wide
阅读全文
摘要：vcf2gwas 是一个 Python 构建的 API，用于 GEMMA、PLINK 和 bcftools，直接从 VCF 文件执行 GWAS 以及多个分析后操作。 如何使用？ vcf2gwas的使用非常简单。用户只需提供变异调用格式（VCF）文件和表型数据文件，即可通过一条命令行启动GWAS分析。
阅读全文
摘要：黄学辉教授师从韩斌院士，韩是国内数量遗传学应用作物育种研究的先驱者，黄是实践者，名师出高徒的典范。 来源：https://pms.shnu.edu.cn/36/64/c26333a734820/page.htm 课题组网站：http://www.xhhuanglab.cn/index.html 让我
阅读全文
摘要：1. 原版 安装比较简单。 wget https://reich.hms.harvard.edu/sites/reich.hms.harvard.edu/files/inline-files/XPCLR.tar tar xvf XPCLR.tar 直接运行bin下的XPCLR即可，若不能运行，则编译
阅读全文
摘要：原始帖 Admixture做群体结构分析是好用，但也有一些不顺手的地方。最大的问题是不支持非整数的染色体号！ 相信我们手里绝大部分vcf或plink格式文件，染色体ID基本是文本类型的吧。注意plink处理时加上-allow-extra-chr，若染色体数超过人类，可使用--chr-set设置。 s
阅读全文
摘要：群体遗传中的驯化起源和基因流（基因漂移）分析是顶刊杂志最关注的亮点之一，能部分解答这方面的问题，IF应该就不会低。 这里选取几篇近几年的相关研究，以借鉴用。 MP (2019) | 全球油菜种质资源全基因组测序揭示了其生态型差异的遗传基础 Whole-genome resequencing of a
阅读全文
摘要：问题一：各区域注释之和大于变异总数？ snpEff的结果很简单，但常常遇到如下问题。 我的SNP总数： 但是，注释的exon、intron和intergenic之和2,278,570就已经大于了总SNP数。 我大概能知道是什么原因。一个snp会落在多个基因上，所以既有可能落在exon，又有可能落在i
阅读全文
摘要：我已经通过Gemma得到了关联分析的结果，如下。 prefix.log.txt 中包含了一个总的PVE，这不是我们想要的。 那么，如何计算这些位点的表型解释率？ 据了解，有些关联分析软件是可以同时得到这个信息的，比如Tassel。 参考：Whole-genome resequencing of wi
阅读全文
摘要：知名的拷贝数变异分析工具几乎都是为人类变异检测开发，对于动植物重测序分析有些尴尬。不过好在植物群体研究不必那么精细，用同样的工具也可做分析。 地址：https://github.com/abyzovlab/CNVnator 1.安装 建议直接用conda。 conda create -n cnv c
阅读全文
摘要：问题 一直以来用Eigensoft的smartpca来做群体遗传的PCA分析很顺畅，结果也比较靠谱。 但今天报错如下： $ ~/miniconda3/bin/smartpca -p smartpca.par parameter file: smartpca.par ### THE INPUT PAR
阅读全文
摘要：iTOL基本用法已经会了，之前记录过一点：系统发育（进化）树绘制小结。最近重用，调图时又发现了些细节，记录下备忘。 1. 注册 不注册也可用，但注册登录可保存树在itol网站上。 2. 去枝长 进化树能展示枝长是最好的，能用来判断材料和群体间的特殊性。但现在大部分文章中的进化树都是去掉了枝长的，也可
阅读全文
摘要：生信其实很简单，就是用别人的工具调参就行了。生信也很折腾，哪一步都可能遇到问题，随时让你疯掉（老辩证法了~）。但是，你遇到的问题大部分人也都经历过。这时，检索技能就显得很重要了。平时Biostar和StackOverflow之类的网站肯定要经常光顾的。 另外，Researchgate论坛上有一些整理
阅读全文
