随笔分类 -  数量遗传学

摘要:long long ago,小野记录了关于重测序基因定位和GWAS相关的笔记。打开古老的文件夹,发现有些东西依然不过时,零零散散,随意发布。 QTL定位策略: 群体类型:作图群体,自然群体 选材策略:全群个体分析,选择基因型分析,混合分组分析 优点:适合稀有基因研究;群体可控,目的性和结果预期性强 阅读全文
posted @ 2024-06-16 10:36 生物信息与育种 阅读(57) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:此幻灯片是来自“Omics辅助育种统计方法”短期课程中的一节: Genomic heritability。作者Malachy Campbell,博后毕业于康奈尔大学,是一名计算生物学家,专注于统计基因组学和数量遗传学。热衷于从大规模、复杂且常常带有噪音的多维数据中提取生物学意义。研究目标是利用高维度 阅读全文
posted @ 2024-01-09 21:29 生物信息与育种 阅读(26) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:此幻灯片是来自“Omics辅助育种统计方法”短期课程中的一节:Applications for Ordinary Least Squares and Mixed Models。作者Malachy Campbell,博后毕业于康奈尔大学,是一名计算生物学家,专注于统计基因组学和数量遗传学。热衷于从大规 阅读全文
posted @ 2024-01-09 21:29 生物信息与育种 阅读(9) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:此幻灯片是来自“Omics辅助育种统计方法”短期课程中的一节:genomic BLUP and ridge regression BLUP。作者Malachy Campbell,博后毕业于康奈尔大学,是一名计算生物学家,专注于统计基因组学和数量遗传学。热衷于从大规模、复杂且常常带有噪音的多维数据中提 阅读全文
posted @ 2024-01-09 21:28 生物信息与育种 阅读(201) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:此幻灯片是来自“Omics辅助育种统计方法”短期课程中的一节:Bayesian Networks。作者Malachy Campbell,博后毕业于康奈尔大学,是一名计算生物学家,专注于统计基因组学和数量遗传学。热衷于从大规模、复杂且常常带有噪音的多维数据中提取生物学意义。研究目标是利用高维度的表型数 阅读全文
posted @ 2024-01-09 21:28 生物信息与育种 阅读(6) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:目录书籍信息书籍目录第1章:基因频率第2章:连锁第3章:亲缘相似性第4章:相似性度量第5章:基因效应第6章:方差分量第7章:方差估计第8章:交配设计第9章:选择响应第10章:G x E第11章:多性状选择第12章:多环境试验:线性混合模型第13章:仿真建模植物育种的基础免费电子书获取方式 书籍信息 阅读全文
posted @ 2023-12-10 16:56 生物信息与育种 阅读(36) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:背景 每年国际水稻所(IRRI)的雨养稻育种(Rainfed Rice Breeding,RRB;所谓雨养就是无人工灌溉,仅靠自然降水作为水分来源)计划都会与区域合作伙伴共享耐旱、耐盐、耐热和耐淹的育种种质进行表型评估,从不同地点的几项试验中获得原始表型数据。例如,RRB在2019年从NARES合作 阅读全文
posted @ 2023-12-10 16:51 生物信息与育种 阅读(115) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:[toc] > 徐扬老师综述得很到位,读完此文基本能对目前植物GS有个大概的了解。 ![Schematic-drawing-of-a-generalised-genomic-selection-strategy-showing-the-training.png](https://upload-ima 阅读全文
posted @ 2023-06-19 18:40 生物信息与育种 阅读(862) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:我已经通过Gemma得到了关联分析的结果,如下。 prefix.log.txt 中包含了一个总的PVE,这不是我们想要的。 那么,如何计算这些位点的表型解释率? 据了解,有些关联分析软件是可以同时得到这个信息的,比如Tassel。 参考:Whole-genome resequencing of wi 阅读全文
posted @ 2021-07-29 15:29 生物信息与育种 阅读(3846) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:在GWAS分析的结果中,偶尔会遇到到pvalue为0的SNP位点,这时如果直接做曼哈顿或QQ图,会出错,因为log0无意义。 此时,该如何处理? 如果你用的是Plink1.9来做的GWAS,可加一个参数: --output-min-p 1e-99,即将小于1e-99的pvalue都当成1e-99,0 阅读全文
posted @ 2021-05-04 21:43 生物信息与育种 阅读(1815) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:需求 客户随手丢来一个基因型文件,类似于hapmap格式,只是少了中间多余的那几列,像这种类hapmap格式文件,往往是芯片数据。 这样的数据因为缺乏等位基因:参考碱基和变异碱基信息,对应在vcf文件中就是REF和ALT,导致后续一些分析没法进行。 那么,问题来了:怎么根据这个基因型文件来推断参考和 阅读全文
posted @ 2021-03-25 22:26 生物信息与育种 阅读(479) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:GS应用主要在国外大型动物和种企,国内仍以学术为主。近期整理相关学术文献,了解到一些相关研究人员,记录下备忘查询,但不可能全面。 1.GS研究 Theo Meuwissen(挪威生命科学大学) GS概念提出者,号称“基因组选择之父”,贝叶斯方法为主,但是做动物的,所以可略过。 https://www 阅读全文
posted @ 2020-11-19 13:37 生物信息与育种 阅读(666) 评论(0) 推荐(1) 编辑
摘要:本课件来自百博智慧大讲堂65期:数量遗传、植物育种,由中国农科院作科所李慧慧老师主讲。仅供学习,侵删。 https://wx.vzan.com/live/tvchat-1033599316?jumpitd=1&fr=&sharetstamp=1601645963165&shareuid=204601 阅读全文
posted @ 2020-10-11 20:08 生物信息与育种 阅读(508) 评论(0) 推荐(1) 编辑

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