随笔分类 -  GS

摘要:在机器学习中,模型评估和最终建模的过程通常遵循以下步骤: 数据划分: 首先,将数据集划分为训练集(Training Set)、验证集(Validation Set)和测试集(Test Set)。 训练集用于训练模型。 验证集用于模型选择和超参数调整。 测试集用于最终评估模型的性能,且在整个建模过程中 阅读全文
posted @ 2024-12-05 17:58 生物信息与育种 阅读(42) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:在育种计划中,品种测试占据了成本的很大一部分,预计这一成本将会持续增加。与此同时,基因分型的成本每年都在降低,而每个样本的信息量(数据点)却在显著增加。 随着预测基因型表现及其与田间表现相关性的工具开发,基因组预测正成为常规育种计划中越来越受欢迎的组成部分,它将对植物育种产生重大影响。 育种周期的最 阅读全文
posted @ 2024-10-06 22:17 生物信息与育种 阅读(30) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:2024年9月18日,袁隆平农业高科技股份有限公司(以下简称“隆平高科”)发布投资者关系活动记录表显示,公司全面熟化运用水稻商业化育种信息化系统,进一步提升分子育种信息化,升级规范化、标准化的基因型鉴定流程和实验室信息管理系统,研发的全基因组选择模型已在长江流域杂交中籼水稻育种中取得显著成效,在淘汰 阅读全文
posted @ 2024-10-06 22:08 生物信息与育种 阅读(60) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:近日,四川农业大学玉米研究所兰海教授团队在《Frontiers in Plant Science》上发表了题为“Genomic prediction of yield-related traits and genome-based establishment of heterotic pattern 阅读全文
posted @ 2024-10-06 21:56 生物信息与育种 阅读(77) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:分享一篇最近发表《New Phytologist》上一篇文章:Genomic selection in western redcedar: from proof of concept to operational application。文章主要研究了基因组选择(GS)在西部红杉(western r 阅读全文
posted @ 2024-10-06 21:48 生物信息与育种 阅读(43) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:自上个世纪以来,无核一直是鲜食葡萄育种中的一个重要性状。几乎所有无核化的水果,都在全球市场上取得了巨大的成功,葡萄如此,香蕉、柑橘、西瓜、菠萝等亦如此。高可食率的果肉和无籽的口感,深受消费者的青睐。目前,获取无核葡萄的方法可以分为两种,一种是在盛花期喷施或浸泡赤霉素和细胞分裂素类似物,模拟受精信号, 阅读全文
posted @ 2024-09-08 16:10 生物信息与育种 阅读(56) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:2024年8月8日,Cell旗下的遗传学顶级综述期刊Trends in Genetics在线发表了中国农科院作科所/南繁院李慧慧团队联合国内外多家单位撰写的特邀综述:Artificial intelligence in plant breeding。 亮点 基因组学、表型组学和分子生物学的快速发展正 阅读全文
posted @ 2024-09-08 16:09 生物信息与育种 阅读(594) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:全基因组预测(或全基因组选择)在缩短动植物育种周期、提高育种效率等方面起到越来越重要的作用。在以往的研究中,通常只有基因组序列信息被用于全基因组预测中,但植物复杂性状的形成受到多个维度的遗传信息调控,包括基因组序列、基因转录调控、基因甲基化修饰、染色体三维结构与修饰等等。2016年拟南芥1001基因 阅读全文
posted @ 2024-09-08 16:09 生物信息与育种 阅读(198) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:近期,中国农大张毅教授联合华南农大张哲团队利用贝叶斯神经网络算法提高了奶牛基因组预测的准确性,文章发表在JASB(一区top)上:Improving the accuracy of genomic prediction in dairy cattle using the biologically a 阅读全文
posted @ 2024-09-08 15:47 生物信息与育种 阅读(40) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:目前,《生物信息与育种》公众号已经发布了50来篇有关基因组选择(GS)的推文,包括了一些教程、书籍、文献、工具、案例等,基本上阅读了这些文章,对GS有个较为全面的了解应该是没问题的。 《生物信息与育种》GS合集 近期,中国农科院团队首席将于6月28~30日举办第三期全基因组选择学习交流会,从经典数量 阅读全文
posted @ 2024-06-22 16:56 生物信息与育种 阅读(213) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:近期,中国农科院作物所联合国内多家单位,构建了用于水稻基因组选择的大规模中国栽培稻群体数据集,提出了配套的全基因组预测深度学习模型DeepCCR,为育种者快速、高效地培育优良品种提供了有利工具。相关研究成果以简讯方式在线发表在《Plant Biotechnology Journal》上。 水稻是世界 阅读全文
posted @ 2024-06-18 22:55 生物信息与育种 阅读(260) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:近日,中国农科院植保所联合扬州大学、湖南农大等在中国工程院主刊 Engineering (一区top, IF=12.8)上发表了题为《Development of Machine Learning Methods for Accurate Prediction of Plant Disease Re 阅读全文
posted @ 2024-06-16 11:22 生物信息与育种 阅读(217) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:植物和动物在GS实施上有很大的差异,这一点很多学者做过系统的比较,只能说各有优劣。不管如何,动物的GS走在了前列,有很多地方值得植物借鉴。 GS技术最早在奶牛育种得到广泛应用,因此我们来看看奶牛GS的发展及国内外现状。 2001年,Meuwissen等首次提出GS的概念,其基本思想是利用覆盖个体基因 阅读全文
posted @ 2024-06-16 11:03 生物信息与育种 阅读(62) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:近日,《生物技术通报》特邀扬州大学农学院徐辰武教授团队发表综述《作物全基因组选择育种技术研究进展》。本文首先分析了影响作物GS功效的主要因素,继而从非加性效应模型、群体构建方案、多性状与多环境预测、多组学预测和育种芯片技术现状等方面阐述了GS技术在作物育种中的研究进展,并指出研究所面临的问题和发展前 阅读全文
posted @ 2024-06-16 10:58 生物信息与育种 阅读(280) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:基因组选择(GS)被认为是加速优良基因型评估和选择的关键方法,可以在传统育种中实施。GS通过基因组预测(GP)模型预测目标性状的基因型值,并在育种方案中使用这些预测值进行选择。GS实现了基于预测基因型值的个体选择和杂交选择,减少了目标性状的田间评估次数,从而实现高效快速的育种。然而,GS本身并不旨在 阅读全文
posted @ 2024-06-16 10:57 生物信息与育种 阅读(38) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:尽管基因组预测的育种值通常是基于各种统计方法计算的,如基因组最佳线性无偏预测(GBLUP)、贝叶斯回归模型等,但这些方法通常假设复杂性状受许多微效基因影响,且基因型和表型之间的关系是线性的。虽然有效,但线性假设可能限制了它们在全基因组预测上的表现。 机器学习模型的发展允许进行高维非线性回归,有效捕捉 阅读全文
posted @ 2024-06-16 10:55 生物信息与育种 阅读(67) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:近期,安徽农业大学信息与人工智能学院在期刊 npj | systems biology and applications 上发表论文:Crop-GPA: an integrated platform of crop gene-phenotype associations。提出了Crop-GPA( h 阅读全文
posted @ 2024-06-16 10:52 生物信息与育种 阅读(107) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:近期,瑞典Rodomiro Ortiz团队在Molecular Plant发表综述:Genomic selection in plant breeding: Key factors shaping two decades of progress,总结了近20年植物基因组选择育种的影响因素和重要进展。 阅读全文
posted @ 2024-06-16 10:49 生物信息与育种 阅读(435) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:分享一篇近期来自华中农大王旭彤老师(即SoyDNGP作者)的综述,以SoyDNGP为例。建议参考之前的推文:基于深度学习框架的基因组预测新模型SoyDNGP。 摘要 人工智能(AI)与作物育种的结合代表了向数据驱动型农业实践的范式转变,旨在提高作物改良的效率和精度。本文对大豆深度神经网络等基因组预测 阅读全文
posted @ 2024-06-16 10:32 生物信息与育种 阅读(568) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:在基因组选择领域,"准确性"(Accuracy)和"预测能力"(Prediction Ability)是两个常用的评价指标,用于衡量基因组选择模型的性能。 在学术研究中,两者都有用到,但没有明显区分,容易出现混用情况。 以下是一篇文章中的定义: https://bmcgenomics.biomedc 阅读全文
posted @ 2024-06-16 10:26 生物信息与育种 阅读(56) 评论(0) 推荐(0) 编辑

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