随笔分类 - 分子育种
摘要：1. SNP芯片 目前最常用的全基因组SNP分型方法，主流的SNP芯片： Illumina Infinium技术。全基因组扩增，不需PCR，采用50 mer寡核苷酸探针退火，利用特异荧光基团判定基因型。 Axiom原位光刻技术（原Affymetrix公司，后被Thermo收购）。需对DNA定量后进行
阅读全文
摘要：目前水稻、小麦和玉米等作物GS应用主要在两个有代表性的国际组织开展，一是国际玉米小麦改良中心（CIMMYT），二是国际水稻所（IRRI），这两个都是国际农业研究协商小组（CGIAR）下属16个国际农业研究中心之一。本文（Genomic Prediction: Progress and Perspec
阅读全文
摘要：基本介绍 作物智能设计育种是基于作物重要农艺性状形成的遗传和分子基础，通过人工智能决策系统设计最佳育种方案，进而定向、高效改良和培育作物新品种的一门新兴前沿交叉学科。 根据理论基础和技术手段的不同，未来智能设计育种可以分为两种范式： 一是智能化的杂交育种，根据作物目标性状的遗传结构，采用分子标记辅助
阅读全文
摘要：近期，又看到北京大学现代农业研究院2022分子育种研修班（MBA）的宣传了。 这个班针对动植物育种工作者提供全方位的分子育种理论、技术、平台、方法和应用的培训，为期2周，包括专题讲座、院内实习和考察、院外参观考察（包括种业公司、产业园区、蔬菜博览园）等内容。 本人没有金钱和时间参加，根据专题讲座（共
阅读全文
摘要：简介 R包SpATS （Spatial Analysis of field Trials with Splines） 通过使用P-splines方法，校正植物育种田间试验中的空间异质性，如不同田间地块的管理措施（施肥打药等）或其他各种不稳定的空间趋势带来的影响。 以使用二维（2-D）平滑表面模拟随机
阅读全文
摘要：这个报告来自扬州大学徐辰武老师，比较系统地总结了他们在GS应用于作物（主要是水稻）方面的研究，值得一看。 动物育种一般只考虑加性效应，而在植物育种中，除了加性效应，往往还需考虑显性和上位性效应，尤其是对杂交种预测。 MV-ADV：其他性状对目标性状有影响，作为协变量处理。 以上是测试群体有表型的情况
阅读全文
摘要：列了几个近期植物基因编辑与农业方面的讲座，科普科普。 百博智慧大讲堂 | 基因编辑与未来农业——美国明尼苏达大学张峰 中国作物学会 | 基因编辑技术与现代农业产业应用——中国农科院谢传晓 知耕 | 打开基因编辑走向商业化的未来之门--基因编辑植物育种创新图谱深度解读 农经观察26期 | 基因组编辑技
阅读全文
摘要：MP作为国内植物领域神刊，发展非常之快。开年之际，国人就已发表好几项卓越成果。这里摘取几项跟分子育种相关的研究，涉及工具、方法和数据库等资源。 Mol Plant | 华中农大杨庆勇团队发布油菜群体变异数据库，架起基因型与表型的桥梁、助力油菜分子育种 BnVIR: bridging the geno
阅读全文
摘要：GS两步走 示例 缩短周期和成本 分类 杂交类型 试验研究 选择响应 选择的强度 选择的周期 预测能力 数据分析的注意事项 GS实施 优缺点 GS的成功 展望 本课件来自Jose Osorio的报告（2013IIIinois Corn Breeders' School）
阅读全文
摘要：2020年10月张志武老师联合多家单位的大佬撰写的植物GS育种的最新进展，目前还只是预印版（改到第二版）。这篇综述涉及到GS在植物领域应用的最新进展，长达48页。不同于其他的综述描写空洞宽泛，这一篇特别对模型方法进行了介绍，正好解决了我的需求。缺点就是可能重点说明了他们自己开发的算法，其他模型算法介
阅读全文
摘要：简介 R包sommer内置了C++，运算速度还是比较快的，功能也很丰富，可求解各种复杂模型。语法相比于lme4包也要好懂一些。 建议查看文档：vignette("v1.sommer.quick.start") 混合线性模型关键在于协方差结构的建立，有以下几类： 复合对称（Compound Symme
阅读全文
摘要：1.混合测序基础 测序成本虽然下降了，但对于植物育种应用研究来说还是很高，动不动就上百群体，小小植物个体价值又低，测完了很可能后面就用不到了。这时，混合样本测序是一种省钱的好办法。 混池测序（Pool-seq）相对于GWAS或其他精细定位策略而言，其实是一个初定位产品，其结果很有可能是跟性状相关的候
阅读全文
摘要：本课件来自百博智慧大讲堂65期：数量遗传、植物育种，由中国农科院作科所李慧慧老师主讲。仅供学习，侵删。 https://wx.vzan.com/live/tvchat-1033599316?jumpitd=1&fr=&sharetstamp=1601645963165&shareuid=204601
阅读全文
摘要：博奥 http://www.capitalbiotech.com/territory.html?id=159。育种子业务主要做分子标记检测和芯片开发。 中玉金标记 http://www.cgmb.com.cn/（网站服务器不行，慢）。优势在芯片，后台也较硬（主要在北方）。 农博士（北京中农博思科技）
阅读全文
摘要：这是组学数据（现在还只是基因组/转录组）在农业领域的标志性应用，区别于基础研究的科技服务，我把它归为应用层面的科技服务。 这方面的公司不多，尤其是国内，这跟国内种企的状况是息息相关的，市场不是很大，需求不高。因为它的服务对象大多数就是种企，严格来说，是传统种企，因为国内大部分企业还是不具备分子育种平
阅读全文
摘要：[toc] 1. BSA（bulk segregant analysis） 针对表型差异明显，质量性状或主效基因控制性状。 检测到的两混池间DNA差异片段即为候选区域，可进一步定位到目标性状相关的基因或标记。 但是最好不要选择简化基因组进行BSA，因为简化基因组测序捕获到的基因组区域有限，若变异区域
阅读全文
摘要：实验材料 构建的群体，或自然群体，如各地方品种。 RAD文库构建 提取DNA后，构建文库，简要步骤如下： ① 限制性内切酶TaqＩ酶切； ② 连接P1接头； ③ DNA随机打断片断化； ④ 目的片段回收与末端修复； ⑤ 连接P2接头； ⑥ RAD片段富集； ⑦ 上机测序。 参考： "Rapid an
阅读全文
摘要：[toc] 两种算法 1. 欧氏距离（ED）算法 mut与wt分别代表突变型混池、野生型混池，A、C、G、T表示标记位点各突变型所占测序reads的比例，对于二倍体来说，大部分标记只有两种突变型。 MMAPPR，ED法是其中一个环节，通过计算不同混池间各突变型的频率距离，采用距离差异来反映标记与目标
阅读全文
摘要：原理 GWAS 的主要方法学依据是归纳法中的共变法，是探究复杂因果关系最主要的科学思维和方法。所谓共变法，是通过考察被研究现象发生变化的若干场合中，确定是否只有一个情况发生相应变化，如果是，那么这个发生了相应变化的情况与被研究现象之间存在因果联系。GWAS是利用连锁不平衡（Linkage Diseq
阅读全文
摘要：农业的组学技术应用虽然落后于人的研究，这是什么意义的问题，但有时农业基因组有自己无可比拟的优势，那就是材料。下面介绍GWAS应用。 GWAS(Genome wide association study)，即全基因组关联分析，是通过扫描基因组中数以百万计的单核苷酸多态性（single nucleoti
阅读全文