随笔分类 -  微生物组学

人类肠道菌群参考序列数据库
摘要：人类微生物组计划HMP https://commonfund.nih.gov/hmp 国家基因库MDB https://db.cngb.org/microbiome/ Human Gut (9.9M) https://db.cngb.org/microbiome/genecatalog/geneca 阅读全文
posted @ 2020-12-30 12:01 生物信息与育种 阅读(1579) 评论(0) 推荐(0) 编辑
MEGAN4，MEGAN5和MEGAN6的Linux安装和使用
摘要：MEGAN（Metagenome Analyzer）是宏基因组学进行物种和功能研究的常用软件，实际上现在的Diamond+MEGAN6已经是一套比较完整的物种和功能注释流程了。 但是由于各种原因，我们在流程中使用的并非最新版。不同版本的MEGAN使用方法差别较大，尤其在命令行模式下。网上的关于这方面 阅读全文
posted @ 2020-12-30 12:00 生物信息与育种 阅读(893) 评论(0) 推荐(0) 编辑
如何根据taxid（或taxname）快速获得taxname（或taxid)?
摘要：需求 我有一个物种taxonomy ID的list，想获得相应的物种名，不要一个个去NCBI Taxonomy官网查。反之根据物种名list查询对应的taxid。 实现 因为之前没怎么用过，我的第一个想法是通过下载到集群的taxonomy数据库文件来匹配。一般下载下来的数据库会有names.dmp和 阅读全文
posted @ 2020-12-30 11:58 生物信息与育种 阅读(1221) 评论(0) 推荐(0) 编辑
【宏蛋白组】iMetaLab平台分析肠道宏蛋白质组数据
摘要：[toc] 一、iMetaLab简介 宏蛋白组学是个非常小众的领域，即使从事的学者也并非专门做这个，大多是作为系统生物学的延伸研究。业界有几个比较有影响力的研究团队，一是比利时根特大学的 "(COMPOMICS)" 团队，开发了有代表性的宏蛋白分析工具如 "Unipept" 、 "MetaProte 阅读全文
posted @ 2020-05-13 15:23 生物信息与育种 阅读(1332) 评论(0) 推荐(0) 编辑

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