随笔分类 - 基因组学
摘要：最近看了不少统计基因组方面的资料，以为懂了，其实懵逼。实在是因为统计学基础太菜，似懂非懂，似是而非。记录下自己的理解，求轻喷。 1.GWAS模型 GWAS是表型和基因型之间的相关性分析，然而这个相关性用什么统计方法？ GWAS模型的发展： 1.1卡方检验 实际比例是否符合预期分离比例，若不符合则认为
阅读全文
摘要：参考： 视频PPT来自欧易生物讲座：如何开启一个动植物基因组三代de novo项目？
阅读全文
摘要：1.混合测序基础 测序成本虽然下降了，但对于植物育种应用研究来说还是很高，动不动就上百群体，小小植物个体价值又低，测完了很可能后面就用不到了。这时，混合样本测序是一种省钱的好办法。 混池测序（Pool-seq）相对于GWAS或其他精细定位策略而言，其实是一个初定位产品，其结果很有可能是跟性状相关的候
阅读全文
摘要：转自公众号Eric生信小班。学习群体遗传套路 中科院昆明动物园吴东东研究团队联合国外研究团队2019年在Genome Biology发表题为Whole genomes and transcriptomes reveal adaptation and domestication of pistachi
阅读全文
摘要：转自公众号Mol Plant植物科学，学习三代组装策略 PacBio+BioNano+Hi-C+遗传图谱 薏苡，又称薏米或薏苡仁，起源于亚洲，是远古乃至中国夏商时代最重要的作物之一。据文献记载及考古学发现互相印证，薏苡在中国有~7000年的栽培和驯化历史[1]。薏苡除了作为我国原产的传统药、食两用经
阅读全文
摘要：转自希望组公众号。学习二代+三代组装策略的流程 垂枝桦（Betula pendula）是一种速生乔木，能在短短一年时间内开花，木质坚实，可做细工、家具等，经济价值极高。近日，芬兰研究人员对垂枝桦自交系个体进行全基因组测序，并对80个来自不同地理范围的桦树个体进行群体重测序，为林木基因组学研究和遗传改
阅读全文
摘要：1. 组装算法 一般有基于OLC（Overlap-Layout-Consensus, 先重叠后扩展）和基于DBG（De Brujin Graph）两种组装算法。基于OLC的组装方法适合长序列组装，运行依赖的数据结构需要消耗大量的内存，且运行速度比较慢，错误率高，而DBG组装方法内存消耗相对较低，运算
阅读全文
摘要：肿瘤基础 特点： 疾病，无线增殖 基因相关 细胞进化过程中发展异常，突变积累 概念： germline mutation: 生殖细胞突变 somatic mutation: 体细胞突变，不可遗传 driver mutation 关键突变 passenger mutation 无关紧要 二次打击学说：
阅读全文
摘要：华大的春季培训课程之一： "人类群体基因组学研究进展和策略" ，很好的扫盲课程（侵删）。
阅读全文
摘要：华大的春季培训课程之一： "https://ke.qq.com/course/1128997?taid=7160092735650341" ，我认为讲得很好，介绍全面而详细，加了一些个人经验（侵删）。 流程众多，对于结果会有一些差异，尤其是对低频变异。如果很关注低频位点，可多种几款流程比较。 实际上
阅读全文
摘要：WGS/WES Mapping to Variant Calls Version 1.0 "htslib" 官网上给的一个 "WGS/WES的流程" 。关于htslib、samtools和bcftools之间的关系，可以在 "sanger官网" 查看其解释： HTSlib is a software
阅读全文