随笔分类 - 基因组学
摘要：今年4月，华中农业大学焦文标团队在Genome Biology上发表论文：A comprehensive benchmark of graph‑based genetic variant genotyping algorithms on plant genomes for creating an a
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摘要：SV鉴定方法概述 近日，范德堡大学发表一篇关于长读长鉴定SV比较的文章。 Tradeoffs in alignment and assembly-based methods for structural variant detection with long-read sequencing data
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摘要：近日，Wing-Kin Sung(宋永健)博士在Nature Methods发文Creating diploid assemblies from Nanopore and Illumina reads with hypo-assembler，报道其开发的基因组组装新工具hypo-assembler，
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摘要：通过代码指导 Minimmap2 基因组比对和 seq-seq-pan 泛基因组比对，并在 R 中进行可视化。本教程提供了一个示例，该示例使用Heliconius butterflies中optix基因位点的两种单倍型。 教程： https://stevenvb12.github.io/ 代码： h
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摘要：mapmixture简介 群体结构（admixture）绘图，R包pophelper是神器（https://github.com/royfrancis/pophelper），立个flag，下次投稿。今天给大家介绍的是另一个R包mapmixture，同样可绘制群体结构图，并与地图分布相结合。小小R包竟
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摘要：如题，如何从vcf文件中快速提取基因型Genotype，得到基因型表格文件？ vcf作为标准的存储变异的文件格式。虽是标准格式，但可扩展性极强，变异属性可随意添加，真是很妙的设计！其实vcf格式和vcftools软件文章发表也不过13年而已。 基因型矩阵，类似于HapMap格式，市场上大多数芯片也是
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摘要：最近国人有几个新的基因定位方法发表，记录下备忘。 Mol Plant | 中国农科院蔬菜所开发异交物种基因高效定位的新算法工具OcBSA 经典的基因位点快速定位方法Bulked Segregant Analysis（BSA，集群分离分析法）具有适用范围广、实验成本低的优势，但现有BSA算法（例如SN
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摘要：目录论文概述论文速读论文方法论文实验论文总结 论文概述 本文主要探讨了第三代测序技术在不同基因组中的组装策略比较。随着长读序列技术的发展，如Pacific Biosciences和Oxford Nanopore技术，组装精度和计算成本得到了显著提高。然而，从头组装仍然存在计算成本高、结果质量差等挑战
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摘要：2024年1月13日，中国农科院深圳基因组研究所武志强教授团队综述了植物细胞器基因组研究进展，文章发表在《Trends in Plant Science》，题为：Plant organellar genomes: much done, much more to do。 质体和线粒体是唯一具有内共生起
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摘要：今天处理一个客户的基因型数据，遇到了一个格式转化的问题。 我想将标准vcf转为某特定格式（类hapmap），之前基于pysam库写了一个比较成熟的脚本，运行了n年都没问题。 但这次出错如下： a,b = v['GT'] ValueError: not enough values to unpack
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摘要：今年4月，华中农业大学焦文标团队在Genome Biology上发表论文：A comprehensive benchmark of graph‑based genetic variant genotyping algorithms on plant genomes for creating an a
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摘要：昆士兰大学Robert J. Henry教授团队利用改进的单倍型水平基因组组装揭示更多的水稻基因。 本研究利用更准确的测序技术，分析组装了一个改进的单倍型水平水稻基因组。该改进的基因组组装包含了早期基因组序列中缺失的区域，并且基于更高的序列准确性注释了3000多个新的基因。这个单倍体型基因组将成为水
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摘要：今年2月，Nature Biotechnology在线发表论文：Quality assessment of gene repertoire annotations with OMArk，描述了一个用于评估蛋白质编码基因注释质量的OMArk软件包。 许多研究直接依赖于从基因组组装中预测的蛋白质编码基因
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摘要：推荐一个高效做PCA分析的工具，从VCF文件到直接出图的一键式分析，对于小白非常友好。小明哥刚开发时小编就在用了，那时还叫MingPCACluster，今年五月终于发表见刊，恭喜。 VCF2PCACluster 是基于群体SNP数据VCF格式开发的PCA分析和聚类软件，同时兼并了Genotype 等
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摘要：目录影响组装的基因组特性长读长和长范围（long-range）测序技术近T2T基因组组装核心组装算法评估序列组装李恒的观点 生信领域大神李恒今年发在预印本上的一篇综述：Genome assembly in the telomere-to-telomere era，小编总结下要点。 影响组装的基因组特
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摘要：目录Mastering Python for BioinformaticsPlant BioinformaticsComparative GenomicsBioinformatics with Python CookbookBioinformatics Data SkillsBioinformati
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摘要：目录 近日，西北农林科技大学生命科学学院马闯教授科研团队发布了植物多组学数据跨物种比较和进化研究的在线分析平台 IPOP (Integrative Plant multi-Omics Platform)。 IPOP平台地址：http://omicstudio.cloud:4012/ipod/。 相关
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摘要：目录基本信息背景方法结果碎碎念 前不久才刚总结完大豆T2T基因组：哪个才是首个（中国）大豆的T2T基因组版本？，谁能想到最近又出来一个大豆品种Jack的T2T基因组。 基本信息 标题: A complete reference genome for the soybean cv Jack (大豆品种
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摘要：目录摘要泛基因组的重要性植物泛基因组的主要结构变异（SV）驱动力植物泛基因组的发展植物泛基因组应用育种 今日分享一篇去年底今年初发表的植物泛基因组综述，作者史俊鹏、田志喜、赖锦盛、黄学辉，全员大佬。 该文详细介绍了植物泛基因组的概念、研究进展和应用。 摘要 植物基因组高度多样化，很大一部分序列在不同
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摘要：目录问答1问答2问答3问答4问答5问答6问答7问答8问答9问答10 关于生物信息的专业回答与建议，GPT4刷新了我对它的认知。 详见如下对话： 问答1 问答2 问答3 问答4 问答5 反过来又测试它一下。 问答6 会通过Bing联网进行检索。 问答7 问答8 问答9 会联网进行检索。 问答10 不得
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