随笔分类 - 基因组学
摘要：葡萄是一种具有重要经济价值的多年生水果作物，可作为水果食用或作为酿造葡萄酒的原材料，已有逾万年的驯化历史[1]，并且在驯化过程中积累了大量的有害突变[1-3]。由于育种周期长，育种性状的遗传学研究不深入，遗传转化体系不成熟，尚未广泛应用多组学与人工智能等革命性技术，葡萄的生物育种体系明显滞后于一年生
阅读全文
摘要：分享一篇2023年7月25日发表在Molecular Plant上的一篇综述文章：“Plant genome resequencing and population genomics: Current status and future prospects”，总结了植物基于群体的基因组重测序研究的进
阅读全文
摘要：DNA Subway 是一个综合性的生物信息学资源平台，由 CyVerse 开发，旨在提供一个教育性的生物信息学平台，通过将研究级的生物信息学工具、高性能计算和数据库整合到工作流程中，使得用户能够通过一个易于使用的界面进行基因预测、基因注释、基因组分析、系统发育分析和下一代测序数据的分析。 地址：h
阅读全文
摘要：要找到基因组上特定位置，仅凭标记引物序列，可以采用以下几种方法： 利用在线工具进行In-Silico PCR： 可以使用UCSC Genome Browser提供的In-Silico PCR工具（http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgPcr）进行在线分析。这个工具允许你输
阅读全文
摘要：导读：七月份，李恒开发的基因内容图谱构建软件——Pangene，以标题为：Exploring gene content with pangene graphs 的论文论文形式一并发表，发表期刊为Bioinformatics杂志。该软件迎合了群体基因组学时代数据井喷的现状，而一定程度上分析工具和软件算
阅读全文
摘要：分享一篇近期发表在 Bioinformatics 上的文章：AssemblyQC: A Nextflow pipeline for reproducible reporting of assembly quality，这是一个基因组组装质量评估的综合性流程，集合了准确性、连续性和完整性等多项指标（这
阅读全文
摘要：分享一篇近期发表在 Genome Biology 上 的一个基因家族分析软件：Seqrutinator。该软件用于识别和去除基因家族数据集中的无功能基因，包括假基因、测序错误、基因结构错误、比对错误等，从而避免基因家族鉴定中的假阳性结果，进一步确保基因家族注释的准确性，以便于后续系统发育分析和功能聚
阅读全文
摘要：GATK（Genome Analysis Toolkit）中的joint calling是一种变异检测策略，它允许同时对多个样本进行变异位点的分析，以提高变异检测的准确性和效率。 以下是joint calling的一些关键原理和优势： 数据共享：在joint calling过程中，信息在所有样本间共
阅读全文
摘要：“ 近日，《自然·植物（Nature Plants）》在线发表了中国农业科学院深圳农业基因组研究所（岭南现代农业科学与技术广东省实验室深圳分中心，以下简称“基因组所”）张兴坦团队联合南方科技大学陈国安副教授课题组、湖南农业大学易自力教授团队的研究论文，题为“Chromosome-level scaf
阅读全文
摘要：基于长reads进行结构变异的工具有很多，很多文章也进行过综合比较。今天分享一个新工具VolcanoSV。 Github： https://github.com/maiziezhoulab/VolcanoSV 结构变异（SV）对人类基因组多样性有重要贡献，并在精准医学中发挥关键作用。尽管单分子长读序
阅读全文
摘要：首个豌豆大规模群体基因组与GWAS见刊 今天，浙江省农科院与浙江大学联合在Nature Genetics （NG）上发表豌豆群体基因组文章：Reference genome sequence and population genomic analysis of peas provide insigh
阅读全文
摘要：Liftoff 是一个可以准确根据同一物种或近缘物种基因组进行基因注释映射的工具（与liftOver进行不同基因组版本的染色体位置转换有点类似）。该工具仅需两个基因组序列和参考基因组的基因注释文件即可进行基因注释。 Liftoff使用minimap2将参考基因组的基因序列与目标基因组比对，这样的好处
阅读全文
摘要：分享一篇去年由中国农科院作物所张红伟和华中农业大学李林团队发表在Cell Reports上的综述文章：Next-generation bulked segregant analysis for Breeding 4.0。 该综述在总结传统混池测序技术（BSA）的基础上，提出了NG-BSA的研究策略。
阅读全文
摘要：近期，Rajeev K. Varshney团队在Nature genetics发表综述文章：Unlocking plant genetics with telomere-to-telomere genome assemblies。 摘要 连续基因组序列组装将帮助我们实现作物转化基因组学的全面潜力。最
阅读全文
摘要：Resistify是一个用于快速且准确地注释植物中的NLRs（Nucleotide-binding domain Leucine-rich Repeat，核苷酸结合域富含亮氨酸重复序列）并提供准确结构分类的工具。NLRs是植物先天免疫系统的关键组成部分，具有显著的存在/缺失变异和序列多样性。Resi
阅读全文
摘要：果树基因组与遗传改良 2023年，南京农业大学吴俊教授团队发表在Plant Physiology的题为 “Genomic insights into domestication and genetic improvement of fruit crops”的长篇综述，系统总结了果树基因组学与遗传改良
阅读全文
摘要：Resistify是一个用于快速且准确地注释植物中的NLRs（Nucleotide-binding domain Leucine-rich Repeat，核苷酸结合域富含亮氨酸重复序列）并提供准确结构分类的工具。NLRs是植物先天免疫系统的关键组成部分，具有显著的存在/缺失变异和序列多样性。Resi
阅读全文
摘要：果树基因组与遗传改良 2023年，南京农业大学吴俊教授团队发表在Plant Physiology的题为 “Genomic insights into domestication and genetic improvement of fruit crops”的长篇综述，系统总结了果树基因组学与遗传改良
阅读全文
摘要：黄学辉教授师从韩斌院士，韩是国内数量遗传学应用作物育种研究的先驱者，黄是实践者，名师出高徒的典范。 来源：https://pms.shnu.edu.cn/36/64/c26333a734820/page.htm 课题组网站：http://www.xhhuanglab.cn/index.html 让我
阅读全文
摘要：VIPdb简介 VIPdb（Variant Impact Predictor database）是一个专门收集和总结变异影响预测工具（Variant Impact Predictors，简称VIPs，也称为Variant Effect Predictors，简称VEPs）的数据库。这些工具用于帮助科
阅读全文
