随笔分类 - 工具
摘要：记录下下载过程，为自己和后人避坑。 1.Conda连接不上镜像源问题 首先是anaconda安装软件或创建环境时遇到的问题。即使换完清华源和其他镜像源以后依旧报错。 CondaHTTPError: HTTP 000 CONNECTION FAILED for url <https://mirrors
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摘要：前言 虽然我的win版本R已经用4了，但之前在Linux环境一直没用R4.0，因为Linux涉及的东西太多，担心不稳定，牵一发而动全身。 但现在有好些R包必须要用更新到R4.0以上才能用了（主要是Rcpp版本太低），有的包本身升级时也要考虑不同版本的R，不更新一些函数功能用不了。 今天又碰到了这个问
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摘要：Wox是快速搜索小工具，内置了everything（需要先安装），但比everything好用。不止是搜文件，网页、系统等都可以快速搜索，还可以自定义。 下载安装 地址：https://github.com/Wox-launcher/Wox/releases 插件地址：http://www.wox.
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摘要：最近安装github上的R包，经常显示Error in utils::download.file(url, path, method = method, quiet = quiet, : 无法打开URL'https://api.github.com/repos/之类的错误。起初以为是网络的问题，换了
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摘要：1.分析软件 很多很多软件，最常用的有： MEGA PHYLIP 构建进化树一般的步骤是：序列比对，构树（距离法，独立元素法），Booststrap验证。 通常如果是fasta序列，选用方法和软件直接构建就好。 如果要从vcf或hapmap等格式文件构建，则需要做一些处理。可以用类似SNPhylo的
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摘要：之前一直用的putty，现在改用Xshell了，首次配置记录下，免得以后折腾。 双击复制，右击粘贴 双击复制全路径 将以下分隔符中默认的.（点）,-(减号)，/（反斜杠）去掉，注意不要重置，确定即可。 复制窗口：双击窗口 编码：设置utf-8 终端——编码-utf-8 外观设置： 窗口化文件传输 搭
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摘要：服务器部署简介 之前学过一点点R shiny，但只是自己随便在本地R中试用，没试过部署服务器。最近老板要我写个小工具供用户使用，没搞过，头有点大。 一般地，可将shiny部署在shinyapps.io上，适合小工具，但免费数量有限，国外服务器访问慢，不宜公开部署。 部署示例代码： #### 部署在s
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摘要：生信人员主要还是做序列信息的数据分析，平时自己的工作，直接跑代码运行得到结果。但如果要开发一个小工具给普通用户使用，就一个简单的上传数据，然后得到数据分析的结果，这就难倒了一大批人。前端的展示甚至比功能代码部分更让人头疼，CSS+HTML+Javascript了解一下，Django、Flask、To
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摘要：1.准备本地数据库文件 NR(Non-Redundant Protein Sequence Database)非冗余蛋白库，是所有GenBank+EMBL+DDBJ+PDB中的非冗余蛋白序列。Taxonomy物种分类数据库，包括大于7万余个物种的名字和系谱，这些物种都至少在遗传数据库中有一条核酸或蛋
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摘要：根据相似性原理，序列相似，功能相似，所有功能注释无非是用比对工具将输入序列比对到数据库序列，再将输入ID对应数据库ID，进一步对应到功能条目的关系。 数据库要么建到本地，要么联网调用API，一般的软件或包做注释都是通过联网来获得，或者调用依赖的一些专门注释的包（文件较大）。工业生产中，一般需要构建本
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摘要：2015年的综述文章，marker一下，供以后比较试用。蛋白质基因组学研究中的质谱仪与生物信息学方法。 针对蛋白质基因组学的分析研究，总结了质谱仪和蛋白质基因组学流程分析软件的选择，重点评述了常用的生物信息学计算工具，如PepLine 、Proteogenomic Mapping Tool InsP
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摘要：1.简介 2016年，德国马普所的Cox和蛋白质组学领域巨擘Matthias Mann合作开发了MaxQuant软件（MQ），并发表在nbt上，protocol也相应发表在nature protocols上。不足五年，MQ的引用率已高达上万次，其中不乏CNS级别文章（有大佬的加持果然不一样）。毫不夸
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摘要：1.简介 PD全称Proteome Discoverer，是ThermoFisher在2008年推出的商业Windows软件，没错，收费，还不菲。而且主要也是针对他们家的obitrap产出数据。但在业内用得比较多，尤其是在学术界（因为大部分科研人员只会鼠标点点框）。蛋疼的是你就算买了软件还得配个Wi
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摘要：1.简介 MSGF+也是近年来应用得比较多的蛋白鉴定软件。java写的，2008年初次发表JPR，2014年升级发表NC，免费开源，持续更新维护，良心软件。而且，有研究者对不同蛋白质组学鉴定软件进行比较分析，MSGF+的表现也是非常不错的（一下子找不到文献出处~~）。 Github源码：https:
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摘要：1.简介 Mascot是非常经典的蛋白鉴定软件，被Frost & Sullivan形容为“质谱数据检索的黄金标准”，更新维护速度也很快（已发布到2.7版New features in Mascot Server 2.7）。but，它是商业软件（国内康昱盛代理），收费。虽然有在线版本，但仅支持少量谱图
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摘要：1.简介 官网：http://comet-ms.sourceforge.net/ 1993年开发，持续更新，免费开源 适用Windows/Linux 多线程，支持多种输入输出格式：输入谱图文件（mzXML, mzML, mgf, or ms2/cms2），输出.pep.xml/.pin.xml/.s
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摘要：1. 简介 X!Tandem是GPM：The Global Proteome Machine（主要基于Web的开源用户界面，用于分析和显示蛋白质鉴定数据。关于GPM的更多内容可参考https://www.thegpm.org/GPM/faq.html）中的一个成员，此外还有X! P3 、X! Hun
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摘要：先来看一则招聘信息： 关于生物信息流程，不同的分类标准可能得到不一样的分类结果，比如： A review of bioinformatic pipeline frameworks这篇综述中，按照隐式公约框架、明确框架、配置框架和基于类的框架等对现代的生物信息流程框架进行分类。 生信分析流程构建的几大
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摘要：1. DML 数据操作指令 select 查 select 列 from 表 #取某列 select * from 表 #取全部 update 改 update 表 set 列=新值 where 列=某值 #更新列中某个值 update 表 set 列1=新值1, 列2=新值2 where 列=某值
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