随笔分类 - 工具
摘要：分享一篇近期由华为和阿卜杜拉国王科技大学合作完成的一项生信分析与大语言模型相结合的工作，相关成果发表在《Advanced Science》上。 该文介绍了一个名为AutoBA（Automated Bioinformatics Analysis）的人工智能代理，它专门设计用于全面自动化的多组学分析。A
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摘要：生信人员基本都是半路出家的野路子，大多没有系统学习过IT知识，只是在终端运行一些简单命令。而IT人员往往不懂生物、不懂统计、也不懂生信，因此要开发生物领域的系统和平台往往需要双方通力合作完成。 假设问题 假设你是生信人员，有一个命令行是：vcftools --vcf input.vcf --max-
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摘要：DNA Subway 是一个综合性的生物信息学资源平台，由 CyVerse 开发，旨在提供一个教育性的生物信息学平台，通过将研究级的生物信息学工具、高性能计算和数据库整合到工作流程中，使得用户能够通过一个易于使用的界面进行基因预测、基因注释、基因组分析、系统发育分析和下一代测序数据的分析。 地址：h
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摘要：CherryPy 是一个用于构建 Web 应用的微框架。它通过简洁的 API 和强大的功能，使开发者能够快速创建高性能的 Web 应用。在生物信息开发中，数据库搭建和模型部署等场景可能会用到，因此记录下。 学习资源 官方文档：https://docs.cherrypy.dev/en/latest/
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摘要：所有的软件产品都值得用AI重塑一次，基因组工具也不例外。 今日分享一篇发表在Nature子刊上的文章：Neural ADMIXTURE for rapid genomic clustering。Neural Admixture可替代Admixture，实现快速计算。 原理 Neural ADMIXT
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摘要：分享一篇近期发表在 Genome Biology 上 的一个基因家族分析软件：Seqrutinator。该软件用于识别和去除基因家族数据集中的无功能基因，包括假基因、测序错误、基因结构错误、比对错误等，从而避免基因家族鉴定中的假阳性结果，进一步确保基因家族注释的准确性，以便于后续系统发育分析和功能聚
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摘要：分享一篇Y叔（余光创）联合同行老师近期在The Innovation Life上发表的综述文章：Bioinformatics software development: Principles and future directions。文章主要讨论了生物信息学软件开发的原则和未来的发展方向，强调了人
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摘要：GATK（Genome Analysis Toolkit）中的joint calling是一种变异检测策略，它允许同时对多个样本进行变异位点的分析，以提高变异检测的准确性和效率。 以下是joint calling的一些关键原理和优势： 数据共享：在joint calling过程中，信息在所有样本间共
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摘要：分享一篇最近发表在NC的一篇文章：CoPheScan: phenome-wide association studies accounting for linkage disequilibrium。文章介绍了一种新的贝叶斯方法CoPheScan（Coloc adapted Phenome-wide
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摘要：“ 近日，《自然·植物（Nature Plants）》在线发表了中国农业科学院深圳农业基因组研究所（岭南现代农业科学与技术广东省实验室深圳分中心，以下简称“基因组所”）张兴坦团队联合南方科技大学陈国安副教授课题组、湖南农业大学易自力教授团队的研究论文，题为“Chromosome-level scaf
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摘要：基于长reads进行结构变异的工具有很多，很多文章也进行过综合比较。今天分享一个新工具VolcanoSV。 Github： https://github.com/maiziezhoulab/VolcanoSV 结构变异（SV）对人类基因组多样性有重要贡献，并在精准医学中发挥关键作用。尽管单分子长读序
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摘要：Liftoff 是一个可以准确根据同一物种或近缘物种基因组进行基因注释映射的工具（与liftOver进行不同基因组版本的染色体位置转换有点类似）。该工具仅需两个基因组序列和参考基因组的基因注释文件即可进行基因注释。 Liftoff使用minimap2将参考基因组的基因序列与目标基因组比对，这样的好处
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摘要：Resistify是一个用于快速且准确地注释植物中的NLRs（Nucleotide-binding domain Leucine-rich Repeat，核苷酸结合域富含亮氨酸重复序列）并提供准确结构分类的工具。NLRs是植物先天免疫系统的关键组成部分，具有显著的存在/缺失变异和序列多样性。Resi
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摘要：RNAseqQC通过一个提供一系列数据可视化功能来帮助RNAseq数据质量控制的R包，它允许识别具有不需要的生物或技术影响的样品，并探索差异测试结果。 源码：https://github.com/frederikziebell/RNAseqQC 安装指南 安装过程简单明了，只需在R环境中执行以下命令
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摘要：Resistify是一个用于快速且准确地注释植物中的NLRs（Nucleotide-binding domain Leucine-rich Repeat，核苷酸结合域富含亮氨酸重复序列）并提供准确结构分类的工具。NLRs是植物先天免疫系统的关键组成部分，具有显著的存在/缺失变异和序列多样性。Resi
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摘要：vcf2gwas 是一个 Python 构建的 API，用于 GEMMA、PLINK 和 bcftools，直接从 VCF 文件执行 GWAS 以及多个分析后操作。 如何使用？ vcf2gwas的使用非常简单。用户只需提供变异调用格式（VCF）文件和表型数据文件，即可通过一条命令行启动GWAS分析。
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摘要：VIPdb简介 VIPdb（Variant Impact Predictor database）是一个专门收集和总结变异影响预测工具（Variant Impact Predictors，简称VIPs，也称为Variant Effect Predictors，简称VEPs）的数据库。这些工具用于帮助科
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摘要：今年4月，华中农业大学焦文标团队在Genome Biology上发表论文：A comprehensive benchmark of graph‑based genetic variant genotyping algorithms on plant genomes for creating an a
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摘要：本文来自CABI的一篇综述要点。文章探讨了通过选择、杂交、诱变和重组实现的新的遗传变异性，以及植物育种技术创新如何为作物改良提供更精准和更高分辨率的方法。 引言 随着全球人口的增长和气候变化带来的挑战，粮食安全成为全球关注的重点。预计到 2050 年，世界人口将达到 100 亿，这要求我们不仅要养活
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摘要：本综述系统梳理了近20年来开发的水稻生物信息数据库和在线分析工具，并基于内置数据集和功能对它们进行了分类和总结。 水稻基因组数据库 水稻转录和转录后调控数据库 水稻基因网络数据库 水稻种质资源信息数据库 水稻常用的基因编辑系统 水稻基因编辑生物信息工具与数据库 水稻智能育种生物信息工具 专家简介:
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