随笔分类 - R编程
摘要：前言 虽然我的win版本R已经用4了，但之前在Linux环境一直没用R4.0，因为Linux涉及的东西太多，担心不稳定，牵一发而动全身。 但现在有好些R包必须要用更新到R4.0以上才能用了（主要是Rcpp版本太低），有的包本身升级时也要考虑不同版本的R，不更新一些函数功能用不了。 今天又碰到了这个问
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摘要：一个简单的需求： 拼接两个图，一行两列，但不要一样大，让主图占的比例大些（如2/3），另一个图小一些（如1/3） 如上，我想突出曼哈顿图。 R相关的拼图函数及包： 基础函数如par(mar =c(3, 2, 2, 1)), par(mfrow=c(1,2))，layout(matrix(c(2,1)
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摘要：最近安装github上的R包，经常显示Error in utils::download.file(url, path, method = method, quiet = quiet, : 无法打开URL'https://api.github.com/repos/之类的错误。起初以为是网络的问题，换了
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摘要：DT和downloadButton应用 library(shiny) library(DT) ui <- shinyUI( fluidPage( titlePanel("DT test"), downloadButton('downloadData', 'Download'), fluidRow(
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摘要：服务器部署简介 之前学过一点点R shiny，但只是自己随便在本地R中试用，没试过部署服务器。最近老板要我写个小工具供用户使用，没搞过，头有点大。 一般地，可将shiny部署在shinyapps.io上，适合小工具，但免费数量有限，国外服务器访问慢，不宜公开部署。 部署示例代码： #### 部署在s
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摘要：一般而言，我们修改ggplot2图例标题，常用以下三种方法： + guides(fill=guide_legend(title="New Legend Title")) + labs(fill="New Legend Title") + guides(fill=guide_legend(title=
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摘要：初始数据类似： 蛋白质组数据虽不是严格的正态分布，但目前最常用的检验方法还是T检验（两组比较）和方差分析（多组比较）。这个话题值得深究，这里不展开。 主要是求多个蛋白的Pvalue值或FDR，用于差异筛选。 Pvalue <- c() type<-factor(c(rep("S01CC",3),re
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摘要：初始数据类似如下： 填充下缺失值 data[data==0] <- NA data[is.na(data)] <- min(data,na.rm = T)*0.01 pheatmap(log10(data)) pheatmap(data,scale = "row") 直接取log绘制不报错，但做sc
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摘要：1.皮肤 shinydashboard有很多颜色主题和外观的设置。默认为蓝色，可指定黑丝、紫色、绿色、红色和黄色，如dashboardPage(skin = "black")。 个人认为还是蓝色显得稳重一点。 2.注销面板 当使用Shiny Server Pro运行Shinydashboard应用程
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摘要：1.Shiny和HTML Shiny UI的构建方式和网页HTML的对应关系。 div(class = "my-class", "Div content") 对应 <div class="my-class">Div content</div> div(class = "my-class", p("P
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摘要：shiny和shinydashboard使用虽然简单，但控件众多，需及时总结归纳。 install.packages("shinydashboard") shinydashboard的UI包括三部分结构：头header，侧边栏siderbar和主体body: ## ui.R ## library(s
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摘要：目的 走一遍R包开发过程，并发布到Github上使用。 步骤 1. 创建R包框架 创建完成后，在R包文件夹下有如下文件（夹）： man： 存放 文件 R： 存放R脚本 DESCRIPTION： R包描述信息 NAMESPACE： 命令空间 rmytools.Rproj： R工程文件 2. 自定义R包
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摘要：表达矩阵 要做两两样本的相关性散点图，并计算标明相关系数。 编写函数要点： 直接在aes中传参是不行的 线性回归表达式 函数 方法1：用!!ensym myplot Ref: "https://stackoverflow.com/questions/15323269/addressing x and
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摘要：最近打算开始写一个多组学（包括宏基因组/16S/转录组/蛋白组/代谢组）关联分析的R包，避免重复造轮子，在开始之前随便在网上调研了下目前已有的R包工具，部分罗列如下： 1. mixOmics 应该是在多组学领域知名度最高的一个R包，有专门的团队，做了十余年了，引用量也比较高。 官网： "http:/
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摘要：[toc] 这个需求还是很常见的，因为我们在处理数据的时候无法全面考虑到数据框中含有哪些类型的数据，比如含有NA、NaN或Inf，甚至是一些乱七八糟的字符串。这时不论做统计分析还是作图，都会带来意想不到的错误。为防止这种现象发生，有必要在分析数据前将这些含有特殊字符的行去掉。 1. 去掉指定列中包含
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摘要：最近读取一个数据时，报如标题的错误。 这是因为select函数对于有重复列名的数据框，选择不了。（即使不选择重复的列也会报此错误）。 可以用以下脚本查下重复的列名： 发现有两个Protein_ID的列。 如何解决呢？可改用readr读取，会智能解析。 all % dplyr::select(Prot
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摘要：表的绘制，主要是临床三线表。 1.tableone包 table1结果： table2结果： 快速导出tableone产出的表格。 ReporteRs包安装失败。 2.table1包 修饰表格。 进一步细节修饰。 这个包更多使用参考： "临床三线表"
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摘要：1.生存曲线 基础包survival+扩展包survminer。 survival包内置肺癌数据集lung。 生存曲线进一步修饰。 其他类型生存曲线绘制。 fun参数默认pct (survival probability in percentage)，即累计生存率，此外fun还可设为cumhaz（c
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摘要：1.海盗图 参数众多，其语法与基础包类似。 基础图。 散点图展示年龄分布，盒形图展示平均年龄，beans展示年龄大致分布，越胖越集中。 不同主题的海盗图。 设置透明度。 自定义坐标轴。 2.词云图 3.日历图 可展示随时间的变化。 如一年中每一天的大气污染物数据。 只展示前3个月的数据。 从上看出计
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摘要：1.plotly包 动态散点图 其他动态图 2. recharts包 接近基础绘图语法。 散点图 其他动态图 3. rChart包 语法近似于lattice绘图系统。在R中实现Polychart、Morris、NVD3等多个js绘图库。 "https://github.com/ramnathv/rC
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