随笔分类 -  多组学

摘要:前言 一般我们挑出一堆感兴趣的基因想临时看看它们的功能,需要做个富集分析。虽然公司买了最新版的数据库,如KEGG,但在集群跑下来嫌麻烦。这时网页在线或者本地化工具派上用场了。 DAVID "DAVID地址" 以前我会首选DAVID,原因是方便简单。有人说它数据库更新慢,不准确(据说被science点 阅读全文
posted @ 2019-05-28 11:20 生物信息与育种 阅读(19469) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:从三大核酸数据库NCBI、Ensembl、UCSC 下载参考序列及注释文件 0.人类基因组版本对应关系 1.NCBI 人类基因组 GRCh38下载(默认): ftp://ftp.ncbi.nih.gov/genomes/H_sapiens/ GRCh37下载: ftp://ftp.ncbi.nlm. 阅读全文
posted @ 2018-09-20 16:44 生物信息与育种 阅读(26960) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:1.为什么写? 网上教程一抓一大把,有的能重复,有的不能重复不了,很多原因。别人能做的不代表你能复制,实践出真知。 不做搬运工,只写有用的,防止以后忘记。每个人理解不同,记录下来,供自己今后参考,顺便分享他人。 2.GSEA基本概念 Gene Set Enrichment Analysis 思路: 阅读全文
posted @ 2018-08-29 17:40 生物信息与育种 阅读(37214) 评论(0) 推荐(1) 编辑