随笔分类 - 多组学
摘要：在对动植物杂交种（或F1子代）的基因组和转录组的关联研究中，要回答这么一个问题：基因组变异到底与基因表达有什么关系？ 这个问题很难，因为涉及影响基因表达调控的因素可太多了！多少科研人员围绕着这个问题研究毕生。 但不可避免的要做等位基因特异性表达（allele-specific expression,
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摘要：注：此PPT来自上海交通大学附属第六人民医院陈璐老师的讲座，侵权删。\ 陈老师主要做代谢疾病的，讲座中提到的两个工具可下源码：https://github.com/chentianlu 另外，想要代谢入门的同学可读读她写的代谢组学数据分析综述文章： 梁丹丹，李忆涛，郑晓皎，陈天璐等，代谢组学全功能软
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摘要：2015年的综述文章，marker一下，供以后比较试用。蛋白质基因组学研究中的质谱仪与生物信息学方法。 针对蛋白质基因组学的分析研究，总结了质谱仪和蛋白质基因组学流程分析软件的选择，重点评述了常用的生物信息学计算工具，如PepLine 、Proteogenomic Mapping Tool InsP
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摘要：mGWAS（metabolome based genome wide association studies）的研究方法和GWAS类似，只是将代谢物含量作为表型性状来与基因位点进行关联。但同时它也有自己独特的优势，首先，因为表型测定是比较复杂的，尤其是数量性状表型，极易受环境影响，人为测量可能会有偏
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摘要：最近打算开始写一个多组学（包括宏基因组/16S/转录组/蛋白组/代谢组）关联分析的R包，避免重复造轮子，在开始之前随便在网上调研了下目前已有的R包工具，部分罗列如下： 1. mixOmics 应该是在多组学领域知名度最高的一个R包，有专门的团队，做了十余年了，引用量也比较高。 官网： "http:/
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摘要：当我们测完序拿到原始数据之后，第一件事肯定是进行rawdata进行过滤。质控过滤软件如fastqc、multiQC、trimmomatic等。 得到基因组的clean reads后，无非两件事，一是denovo组装，构建参考序列；二是重测序，分析变异及后续基因表达定量、功能等下游分析。 1. 基因组
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摘要：概念 利用蛋白质组学数据，结合基因组数据(DNA)、转录组数据(RNA)来研究基因组注释问题，被称为蛋白质基因组学。“蛋白质基因组学”一词由Jaffe 等于2004 年首次提出，作者采用串联质谱数据匹配DNA翻译得到氨基酸序列的方法，在仅有810 kb 大小的细菌基因组上直接鉴定开放阅读框(open
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摘要：目的 和转录组或蛋白组的分析原理类似，目的是： 将大量的差异代谢物降维到少量的显著富集的代谢通路，方便解释科学问题； 从通路水平上可以更好解释表型背后的生物学原理/过程。 富集分析方法 富集分析的本质：某个代谢通路在不同的状态下（如疾病与健康）是否发生了显著变化？ ORA富集 回答的问题：一个代谢物
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摘要：概念 生物标志物，即传说中的biomarker，是一类可测量的，用来表征疾病状态的物质，通常用于表征： 疾病的状态（是否为某种疾病/某种亚型）； 药物敏感性，用于用药指导； 生理状态监测。 类型 预后指标 预测疾病的预后效果（独立于治疗），如AB1 42可用于诊断老年痴呆预后。 预测型标志物 预测疾
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摘要：非靶向代谢组实验设计 1.代谢物提取，一般要求每组至少10个样； 2.在所有提取好的样本中取等量混合作为QC； 3.QC样本与实验样本穿插上机，开始十个QC，结尾三个QC，中间每十个样本穿插一个QC样本 。 得到质谱谱图数据经软件处理后得到峰表。 峰表格式一般为：每行为一个m/z，每列为一个样本 数
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摘要：代谢物的鉴定流程 蛋白组比基因组和转录组落后一档次，代谢组学比蛋白组又落后一档次，仅化合物的鉴定就让人头疼。 流程如下： 化合物精确质量数 数据库检索 一级鉴定（筛选分子量相同的离子）。 解决质量数问题。 一级鉴定（通过同位素分布比对，筛选分子量和元素组成相同的离子）。 解决同位素问题。 二级鉴定。
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摘要：基本概念 代谢物 ：所有分子量小于1500Da的小分子物质，包括糖类、核苷、有机酸、酮类化合物、多肽、氨基酸、有机胺类、醛类化合物、脂质、萜类、类固醇、生物碱、小分子药物等等。 代谢组 ：一个细胞、组织、器官中所有代谢物的集合。 代谢组学 ：利用高通量的技术来鉴定和定量一个细胞、组织或器官中所有小分
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摘要：导入数据 BGI开发的一款web工具，用于可视化GO注释结果。自己平时不用，但要介绍给别人，简单记录下要点，避免每次授课前自己忘了又要摸索。 地址： "http://wego.genomics.org.cn/" 导入文件到灰色框中，可同时导入多个文件进行比较（点一次弹出一次）。支持多种文件格式导入，
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摘要：前言 pathview是一个通路可视化友好的R包，最主要的是它支持多组学数据映射（基因/蛋白 代谢）。自己用过它的R包，后来发现有网页版的，果断介绍给学员。因为不常用，记录要点，以后温习备用。 目前web版本和R包访问和应用次数如下，显然R群体用户占主导。Web界面是在PHP上使用Laravel F
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摘要：在文章或宣传稿中经常看到两者滥用，实际上是不同的。 首先是各个字母的含义： 16S中的"S"是一个沉降系数，亦即反映生物大分子在离心场中向下沉降速度的一个指标，值越高，说明分子越大。 rDNA 和rRNA中的小写字母"r"是ribosome(核糖体)的缩写。 rDNA指的是基因组中编码核糖体RNA（
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摘要：需求 我有一个物种taxonomy ID的list，想获得相应的物种名，不要一个个去NCBI Taxonomy官网查。反之根据物种名list查询对应的taxid。 实现 因为之前没怎么用过，我的第一个想法是通过下载到集群的taxonomy数据库文件来匹配。一般下载下来的数据库会有names.dmp和
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摘要：MetaboAnalyst是做代谢的R包，功能十分强大。也开发了 "web版本" ，代谢组学的分析这里不介绍，主要讲讲它开发的多组学分析的相关内容。 既然是做代谢的工具，即使是增加了多组学内容，肯定也是以代谢为核心。以代谢组为中心的多组学分析想想无非就是以下几点：多元变量统计分析、网络分析、path
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摘要：整理了一下以质谱技术为核心的多组学方面的讲座，主要是中科新生命的，感觉质量还可以，适合入门观看。是直播课，首次应该需要填写资料才能进入直播间。 生命表型体现者，从“代谢到脂质到修饰”组学专场报告 http://xy.bioon.com/live/webinar_play_new/442.html 蛋
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摘要：前言 之前本来打算根据自己对蛋白质组学数据分析的经验和理解写一系列相关教程出来供复习参考，没想到在网上查到别人已经做过了，而且笔记相当全面，从样本处理到质谱仪原理再到数据分析等等都有提及，虽然是2016 2017年的课程，但内容并未过时，对我自己也大有益处。虽然其中一些内容有重复，但我也不想再进行整
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摘要：`MEGAN（Metagenome Analyzer） Diamond+MEGAN6`已经是一套比较完整的物种和功能注释流程了。 但是由于各种原因，我们在流程中使用的并非最新版。不同版本的 使用方法差别较大，尤其在命令行模式下。网上的关于这方面的资料也寥寥无几，这里简单记录下使用方法，主要是针对 平
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