随笔分类 - Linux和Shell编程
摘要：`bash shell`脚本语法怪异，其他语言循环写入数组或列表都很简单实现，或有相应函数来做。 以下用两种方法来实现： 方法一 c=0 for i in ;do pre= filelist[$c]="$pre" ((c++)) done echo $c for i in ${filelist[@]
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摘要：tmux（terminal multiplexer） 是Linux上的终端复用神器。 1. 安装 （1）下载 下载及其依赖软件。 （2）安装 先安装依赖，再安装tmux。 （3）设置环境 设置环境变量。 2. 常用命令使用 tmux的结构包括 会话(session)、窗口(window)、窗格(pa
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摘要：说明 接上一篇。 "【Linux】非root安装Python3及其包管理" 上一篇虽然成功安装了Python3及一些常用的模块，但因为一直装不上SSL模块，导致一些包无法安装，尝试了不少方法都失败了（网上好多教程都是错误的，或者是只针对有root权限的用户）。这次重新编译Python3，并一次性解决
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摘要：1. Python 3.8.1安装 源码安装常规操作： make后没报错，但出现了如下提示： 下载libssl（替代openssl） "https://ftp.openbsd.org/pub/OpenBSD/LibreSSL/" 源码编译安装成功。我想指定libssl来编译python3，做了如下尝
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摘要：今天写了个较长的 脚本，结构嵌套比较多，最后运行时，出现了 的错误。 这个之前碰到过，经常在 系统转移脚本文件到 系统时出现，但这次我是在 环境中写的，不存在这个问题，改了试也没用。关于系统文件格式转化： 在网上查了一圈，全部都是文件格式错误的答案！程序人生CSDN中的答案真是烂透了，抄来抄去解决不
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摘要：以前由于 命令行传参不友好，经常嵌套在其他程序语言（如 ）中来进行传参，但现在也陆续有一些方式来实现 的传参了，这里简单罗列下。 方法一 最传统的方法就是使用系统自带的 函数，直接按位置顺序传入。这种方法简短、快速，适合个人使用。一般也能满足我们的需求了，但对于其他用户是不够友好的。 方法二 使用
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摘要：集群环境下安装 进行软件管理。 是`Anaconda Minconda3`进行软件安装管理。 安装 "下载地址" ，版本根据所需选择下载。 也可手动添加到环境变量： 这里提示一下：有的人说最好不要将 加入到环境变量中，因为会污染到非 安装的其他软件，造成不可预知的错误 "Anaconda is a
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摘要：记录说明 这篇文章本来是用来记录 非`root PMCMRplus R`包后，我换上了 来安装。经前人提醒，一开始安装 我是没加入环境变量的。但一直激活不了虚拟环境，所以后来我又加入了环境变量试着安装，结果这一弄还真的污染了我原有的环境，很多 包都加载和下载不了了。于是我卸了 ，重新安装 。但环境变
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摘要：说明 一般Linux系统自带或公共的 版本都很低，如目前我们的服务器版本的 还停留在 ，而 "官网" 已到达 版本（下载 "http://ftp.gnu.org/gnu/gcc/" ） ，有些项目编译时需要更高版本的 ，这时就需要自己额外安装一个了。 网上关于非 用户的教程有很多，但大多数都很旧且不
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摘要：需求 系统自带的python2版本太低，且没有想要的模块，非root用户无法安装。有些模块是python2写的，无法用python3，所以自己下载一个高版本的python2，可以自由下载模块。 实现 1.安装python2.7.15 最新的2.7.16可能不稳定，下了个2018年的修复版本。 可以把
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摘要：说明 软件是宏组学物种研究常用软件，一般大家用在线版本即可。但要搭建在 集群环境中有点烦，记录一下折腾过程。 安装 这个软件是 写的，因此假设我已经安装好了较高版本的 以及 等工具，在此基础上来安装 。 下载地址： "https://bitbucket.org/nsegata/lefse/src/d
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摘要：一个很简单的命令，使用频率非常高，但一没注意就会失策。 我将别人盘下的 目录软连接到自己盘中，想要删除时： 结果： 试了多次也删除不了，最后发现原因： 会把原来 下的内容删除，我因为没有权限，自然删除不了原内容。 正确地写法不应该加斜杠，即 ，这样就只删除软链接，而不删除实际数据。 Ref: "ht
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摘要：最近测试某流程时，跑的过程报错了，于是检查脚本修改后重新测试。脚本是改过来了，但在 中运行某步时碰到了如题报错！ $ mv MP_genus_network_files/ tax_network mv: cannot move tax_network/MP_genus_network_files':
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摘要：sort grep sed awk cut paste join split
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摘要：一不小心投了巨多任务，或者投递的资源不合理时，想批量杀掉这些任务。 kill的方法就不说了，我这里用qdel的方法。 用了这么一条命令： qstat |sed '1,2d' |awk -F' ' '{print $1}' |sed ':x;N;s/\n/ /;b x'|cat 再用qdel删除即可。
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摘要：在Linux中查看图片，这个需求是非常常见的。总不至于在集群中生成个图片，随便看下效果，也要用filezilla、winscp之类的远程文件传输工具导过来导过去吧，这样效率太低。 Linux图片查看常用eog和ImageMagick两款软件。可是关于eog的资料实在是太少了，就算下下来，我也没找到教
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摘要：前言 Shell 既是一种脚本编程语言，也是一个连接内核和用户的软件。Shell 将内核、程序和用户连接了起来。 任何代码最终都要被“翻译”成二进制的形式才能在计算机中执行。 有的编程语言，如 C/C++、Pascal、Go语言、汇编等，必须在程序运行之前将所有代码都翻译成二进制形式，也就是生成可执
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摘要：前言 R对windows使用很友好，对Linux来说充满了敌意。小数据可以在windows下交互操作，效果很好很棒。可是当我们要处理大数据，或者要在集群上搭建pipeline时，不得不面对在Linux上装R及想要的R包这个难题，尤其是对非root用户而言更是艰难重重。 准备依赖库 依次安装：zlib
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摘要：find /grep /xargs /sort /uniq /tr /cut /paste /sed /awk......待续...... 1.find 名字查找： find . -name file #eg: find -name *txt 正则查找： find . -regex "pattern
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