随笔分类 - Perl编程
摘要：需求 客户反映，完整的基因组太大打不开，要我将之按各条染色体和scaffold拆分。如何快速实现？ 方法一 借助工具： $ pip install pyfaidx $ faidx -x sequences.fa 方法二 自己写脚本：split.pl #!/usr/bin/perl $f = $ARG
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摘要：生信软件绕不过Perl，Perl绕不过Bioperl。而Bioperl的安装总让人头大，尤其是对普通用户。以下错误你肯定经常遇到： Can't locate Bio/Seq.pm in @INC (you may need to install the Bio::Seq module) (@INC
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摘要：编写流程时，有一个好的习惯是将流程需要调用的软件、数据库等信息与脚本进行分离，这样可以统一管理流程的软件和数据库等信息，当它们路径改变或者升级的时候管理起来就很方便，而不需要去脚本中一个个寻找再修改。 在shell编程中，我们可以通过source config.txt来获取配置文件config.tx
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摘要：已知KEGG数据库中ko_map.tab文件，K——>ko： 目标文件：map——>K 代码示例： #! /usr/bin/perl -w use strict; my %seq; open IN, "ko_map.tab" or die $!; while(<IN>){ chomp; my ($k
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摘要：这个需求是在生信分析中几乎天天用到，各种语言都能实现，也都各有特点。这次以 为例。 已知 文件 为全部蛋白表达矩阵及其差异分析结果。 文件 为蛋白KEGG注释结果。 文件 为蛋白鉴定数据库（有的序列以多行展示）。 需求 将以上三表整合为一个表，输出需要的信息。 实现 编写的特点是 ，条条大道通罗马，
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摘要：啰嗦几句 Perl的时代已经过去，现在年轻的同事们基本上都在用Python了。但个人认为单就生物信息文本处理而言，Perl语言是绝对够用的。最主要的是，前辈们搭建的流程大多数是Perl写的，因此，如果从事流程维护和升级的工作，掌握Perl是必不可少的。即使领导也提出过全面改用Python，这么多流程
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摘要：第十四章 字符串与排序 index查找子字符串 substr操作子字符串 sprintf格式化字符串 不同于printf的是它能赋值给变量 排序 第十五章 智能匹配与given when结构 智能匹配操作符~~ 会根据两边操作数的数据类型自动判断何种方式进行比较和匹配，一般与前后顺序无关，特殊情况外
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摘要：第十章 其他控制结构 结构 结构 的相反，条件为假时重复执行。 表达式简化 裸块 去掉条件表达式的代码块，并非循环，仅执行一次。 子句 当条件太多时，会用 /`given when`等结构 自增自减 for结构 三目操作符（条件操作符）?: 使用简易模块 1. File::Basename模块 从文
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摘要：第6章 哈希 简介 键值对。键和值都是任意标量，但键总是会被转换成字符串。 键唯一，值可重复。 应用场景：一组数据对应到另一组数据时。 如找出重复/唯一/交叉引用/查表等 访问哈希元素 访问整个哈希 哈希赋值 哈希函数 keys函数返回键列表 values函数返回值列表 each函数迭代哈希，返回键
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摘要：第一章 简介 文字处理，编写小型CGI脚本（Web服务器调用程序）的最佳语言 : Perl综合典藏网 : 或` ! /usr/local/bin/perl` 第二章 标量 数字 运算符 单引号和双引号 字符串操作符 Perl内置警告 双目赋值操作符 标量内插 比较操作符 if控制结构 获取用户输入
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