随笔分类 - 蛋白质组学
摘要：前言 在工业界，天天做着重复的简单工作，已失去了对领域新技术发展的敏感性和好奇心，对技术人员来说这是件可怕的事情。因为没时间，也没兴趣看文献，不能掌握第一手资料，只能在网上找找已有的信息，随便翻翻大佬的博客，看看人家在做什么。这样也能稍稍了解行业动态，有助于对知识的思考和业务水平的提升。 工具包 B
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摘要：我们为什么需要蛋白质组学？ 1. 蛋白质组学从其他组学中带来的信息是独一无二的。 2. 为什么要这么具体？ 蛋白组信息，要么鉴定，要么定量，总是依赖于时空性。 蛋白主要通过互作发挥功能 很多蛋白以翻译后形式存在 3. 蛋白组和传统蛋白研究有何不同？ 数据获取和处理形式基于高通量和大规模的组学视角 蛋
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摘要：前言 之前本来打算根据自己对蛋白质组学数据分析的经验和理解写一系列相关教程出来供复习参考，没想到在网上查到别人已经做过了，而且笔记相当全面，从样本处理到质谱仪原理再到数据分析等等都有提及，虽然是2016 2017年的课程，但内容并未过时，对我自己也大有益处。虽然其中一些内容有重复，但我也不想再进行整
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摘要：当前，关于高通量蛋白质组学的研究远不如NGS这般火热，网上关于这方面的知识也寥寥无几，从事这一行也有一段时间了，但还没好好总结过。加之过段时间可能要去做培训，所以是时候把知识点总结一下，权当复习。当然整个蛋白质组学研究也算纷繁复杂，不可能面面俱到，而且很多东西我也在学习当中，肯定会出现不少纰漏。毕竟
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摘要：从事基于质谱的蛋白质组学信息分析也有一年多时间了，回过头来还是需要缕一缕这个领域的方方面面，温故知新。 简要概述 蛋白质组学（Proteomics）是研究一种细胞乃至一种生物所表达的全部蛋白质的统称。作为系统生物学中的重要组成部分，处于中心法则下游，相比于基因组和转录组学而言，发展比较缓慢。 蛋白质
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摘要：一、质谱仪 1. 质谱与质谱仪 质谱仪是一类物质分析仪器，它将分析样品转化成带电离子并根据质荷比实现分离，检测质荷比相对强度后生成质谱图进行分析。 由于检测质荷比的特性，质谱仪可以确定化合物的质量进而确定化合物的分子式。并且，根据中间产物的性质，质谱仪甚至可以唯一地确定某些化合物的结构式，测出浓度，
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摘要：前言 一般我们挑出一堆感兴趣的基因想临时看看它们的功能，需要做个富集分析。虽然公司买了最新版的数据库，如KEGG，但在集群跑下来嫌麻烦。这时网页在线或者本地化工具派上用场了。 DAVID "DAVID地址" 以前我会首选DAVID，原因是方便简单。有人说它数据库更新慢，不准确（据说被science点
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摘要：1. Blast （1）格式化数据库 主要参数： i 输入需要格式化的源数据库名称 p 文件类型，是核苷酸序列数据库（F nucleotide）/蛋白质序列数据库（T – protein），default = T a 输入数据库的格式是否为ASN.1/FASTA [T/F]，default = F
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