MIPAV - Talairach ACPC transform
源地址：http://blog.sina.com.cn/s/blog_64cfe24f0100h358.html
1.打开MIPAV软件，File>open image from disk>图片所在路径，本人电脑上为C:\Program Files\mipav\
NeurosurgicalPlanningTutorialData\patient_dataset\3D_SPGR打开图片，要说明的是MIPAV支持很多种格式的图片，此处选择IMA格式，注意选择的时候要在右下角的Options里的Open as multifile前面打钩，这样就能将该文件夹下面的图片全部加载进来，如图1所示。
图1 打开MIPAV软件并且选择图片
2.选择第一行菜单Algorithms>Brain tools>Talairach transform，弹出对话框Talairach Transform, 图片在打开之后默认为1386_151 71/ 143 M: 0.5，如图2所示。
图2 选择Talairach Transform变换
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补充：
1. 关于ACPC转换：http://www.brainvoyager.com/bvqx/doc/UsersGuide/BrainNormalization/AutomaticACPCAndTalairachTransformation.html。
2. 关于Talairach坐标系：http://www.qnr.cn/med/data/jcyx/xbswx/201003/343228.html，主要看1.1。
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3.单击ACPC按钮，出现一个对话框Create AC-PC image,其中有五个要标记的点，分别为AC superior edge（前联合上缘），AC posterior margin（前联合后缘），PC inferior edge（后联合下缘），First midsagittal point（中矢面上的第一个点），Another midsagittal point（中矢面上的另一个点），图3是操作界面，图4是大脑中矢面结构示意图。 AC与PC就是两个联合体，注意一般要求所选的AC superior edge和PC inferior edge两点Y值是相同的。选定了后再选AC posterior margin点，就是在AC联合体的后下方，之后再选择First midsagittal point和Another midsagittal point，要求二者之间距离在20mm以上，一般就选择在和AC,PC同一矢状面上。选择好了之后，点击Apply之后出现一个表示进程的小窗口，几秒之后就出现图1386_15_acpc 85/170 M: 2.0，如图3。
图3 确定六个点的过程与结果图
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补充：
1. 如何寻找各个点：http://mipav.cit.nih.gov/documentation/presentations/talairach.pdf（这个pdf基本是手把手教你找点，很有用！），我们标注的点的位置要和Talairach atlas中各点的位置一致。
2. Talairach坐标：http://blog.sina.com.cn/s/blog_4d25466d0101ljtw.html。
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图4 大脑中矢面结构示意图（该图已流传于互联网，本处引自互联网，特此声明）
图5 ACPC标记后得到的图像
4.点击Save，出现一个对话框，选择相应的路径保存即可。点击对话框上的刷新按钮之后之后在New image to transform栏选择1386_15_acpc，再点击Load，之后再选择刚刚存好的1386_15_talairach_info.txt,在transformation一栏选择acpc to orig,然后在点击Compute，几秒过后出现图片1386_15_acpc_orig，如图6，对比一下原图，之后在保存起来，如图7。
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这里没搞清做什么的...自己需要用ACPC变换之后的T1做预处理，所以直接点击ACPC转换后得到的图像，在主界面保存为nii格式就可以用了。
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图6 ACPC标记后的的图片再转换为原图的对比效果
图7 保存图片示意图
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补充：在Utilities中有reorientation，有时只用mid-sagittal+ACPC transform并不能得到理想结果，那么在之后加一次reorientation就可以了（个人经验）。
